More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5227 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
415 aa  834    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  99.76 
 
 
415 aa  833    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  99.28 
 
 
415 aa  829    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  82.65 
 
 
415 aa  686    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  85.06 
 
 
415 aa  724    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  84.78 
 
 
415 aa  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  85.54 
 
 
415 aa  731    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  86.02 
 
 
415 aa  698    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  95.9 
 
 
415 aa  776    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  80.68 
 
 
415 aa  637    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  83.61 
 
 
415 aa  690    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  69.95 
 
 
416 aa  592  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  67.87 
 
 
417 aa  580  1e-164  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  67.15 
 
 
417 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  67.39 
 
 
414 aa  567  1e-160  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  66.67 
 
 
417 aa  562  1.0000000000000001e-159  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  64.01 
 
 
414 aa  558  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  64.51 
 
 
417 aa  559  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  62.8 
 
 
414 aa  555  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  64.42 
 
 
417 aa  555  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  63.04 
 
 
414 aa  550  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  62.56 
 
 
414 aa  545  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  62.56 
 
 
414 aa  545  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  62.32 
 
 
414 aa  545  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  62.56 
 
 
414 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  62.56 
 
 
414 aa  542  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  62.32 
 
 
414 aa  544  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  66.18 
 
 
414 aa  538  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  64.1 
 
 
415 aa  532  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  64.58 
 
 
434 aa  534  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  60.63 
 
 
414 aa  531  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  61.93 
 
 
445 aa  525  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  61.84 
 
 
414 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  62.08 
 
 
414 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  62.08 
 
 
414 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  67.79 
 
 
418 aa  523  1e-147  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  61.43 
 
 
420 aa  519  1e-146  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  59.95 
 
 
418 aa  521  1e-146  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  62.08 
 
 
414 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  62.08 
 
 
414 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  64.25 
 
 
415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  61.69 
 
 
417 aa  514  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  61.06 
 
 
416 aa  509  1e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  60.77 
 
 
418 aa  509  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  61.2 
 
 
415 aa  509  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  64.37 
 
 
423 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  59.86 
 
 
420 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  62.05 
 
 
423 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  62.05 
 
 
423 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  62.05 
 
 
423 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  62.05 
 
 
423 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  61.87 
 
 
423 aa  504  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  62.05 
 
 
423 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  62.05 
 
 
423 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  62.05 
 
 
423 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  60.49 
 
 
451 aa  496  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  59.62 
 
 
420 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  56.63 
 
 
417 aa  497  1e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  61.74 
 
 
414 aa  494  9.999999999999999e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  59.86 
 
 
420 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  61.69 
 
 
414 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  59.61 
 
 
423 aa  490  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  59.12 
 
 
423 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  59.76 
 
 
422 aa  485  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  58.45 
 
 
443 aa  483  1e-135  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  58.1 
 
 
421 aa  483  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  57.79 
 
 
443 aa  481  1e-134  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  56.55 
 
 
445 aa  479  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3116  diaminopimelate decarboxylase  60.19 
 
 
424 aa  474  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0675356 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  58.51 
 
 
419 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  54.01 
 
 
416 aa  455  1e-127  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  53.32 
 
 
432 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  58.35 
 
 
419 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  55.9 
 
 
419 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  58.77 
 
 
418 aa  445  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2176  diaminopimelate decarboxylase  58.31 
 
 
430 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  54.81 
 
 
419 aa  445  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  55.9 
 
 
419 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  54 
 
 
433 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  55.74 
 
 
427 aa  436  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  52.64 
 
 
417 aa  437  1e-121  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  54.92 
 
 
422 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  55.5 
 
 
427 aa  435  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  54.09 
 
 
427 aa  437  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0669  diaminopimelate decarboxylase  54.68 
 
 
428 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.478543  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  55.26 
 
 
427 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  53.66 
 
 
427 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  53.53 
 
 
412 aa  434  1e-120  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  51.7 
 
 
418 aa  429  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  50.12 
 
 
415 aa  431  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0083  diaminopimelate decarboxylase  51.31 
 
 
432 aa  428  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000822301 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  51.09 
 
 
423 aa  429  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  53.27 
 
 
434 aa  428  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  53.24 
 
 
431 aa  428  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  54.03 
 
 
425 aa  427  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  53 
 
 
431 aa  426  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  53.16 
 
 
427 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  51.82 
 
 
417 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  51.34 
 
 
417 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 
417 aa  409  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>