More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1775 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 447 aa  920    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  48.45 
 
 		 421 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  46.9 
 
 		 427 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  47.26 
 
 		 421 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  46.78 
 
 		 431 aa  382  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  46.67 
 
 		 427 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  47.26 
 
 		 421 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  47.63 
 
 		 421 aa  385  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  46.19 
 
 		 417 aa  381  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  46.43 
 
 		 427 aa  381  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  47.03 
 
 		 421 aa  379  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  44.89 
 
 		 434 aa  381  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  47.49 
 
 		 421 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 		 416 aa  381  1e-104  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  44.5 
 
 		 429 aa  377  1e-103  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  45.48 
 
 		 415 aa  372  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  46.19 
 
 		 422 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  46.43 
 
 		 417 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  46.05 
 
 		 425 aa  371  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  46.19 
 
 		 417 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  42.12 
 
 		 419 aa  370  1e-101  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  44 
 
 		 418 aa  365  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  42.99 
 
 		 416 aa  367  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  44.89 
 
 		 419 aa  366  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  44.52 
 
 		 417 aa  364  2e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  45.58 
 
 		 430 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  45.61 
 
 		 412 aa  363  2e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  44.29 
 
 		 417 aa  363  3e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  45.56 
 
 		 418 aa  363  3e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  46.21 
 
 		 421 aa  363  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  43.5 
 
 		 445 aa  363  4e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  46.06 
 
 		 422 aa  358  9.999999999999999e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  45.11 
 
 		 417 aa  356  3.9999999999999996e-97  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  43.59 
 
 		 437 aa  356  3.9999999999999996e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  45.18 
 
 		 423 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  45.11 
 
 		 423 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  45.35 
 
 		 422 aa  355  7.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  44.66 
 
 		 422 aa  353  4e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  46.75 
 
 		 423 aa  353  4e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  44.05 
 
 		 422 aa  353  5e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  45.63 
 
 		 422 aa  350  3e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  44.29 
 
 		 421 aa  350  3e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  44.21 
 
 		 421 aa  350  3e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  44.79 
 
 		 415 aa  350  4e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  45.9 
 
 		 427 aa  349  6e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  43.84 
 
 		 421 aa  349  7e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  43.84 
 
 		 421 aa  349  7e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  44.39 
 
 		 422 aa  349  7e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  43.84 
 
 		 421 aa  348  9e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  40.38 
 
 		 418 aa  348  1e-94  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  44.87 
 
 		 422 aa  348  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  41.75 
 
 		 420 aa  348  1e-94  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2123  diaminopimelate decarboxylase  45.11 
 
 		 422 aa  348  1e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.520792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  44.29 
 
 		 414 aa  347  2e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  42.15 
 
 		 435 aa  347  2e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  40.95 
 
 		 416 aa  347  2e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  43.84 
 
 		 421 aa  347  4e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  44.52 
 
 		 421 aa  346  5e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  44.89 
 
 		 415 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0666  diaminopimelate decarboxylase  40.6 
 
 		 434 aa  346  6e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  44.52 
 
 		 415 aa  345  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  43.81 
 
 		 422 aa  344  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  43.6 
 
 		 421 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  44.76 
 
 		 415 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  44.76 
 
 		 415 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  44.76 
 
 		 415 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  43.84 
 
 		 417 aa  343  5e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  43.57 
 
 		 421 aa  343  5e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  43.57 
 
 		 431 aa  343  5e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  44.08 
 
 		 417 aa  343  5e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  44.66 
 
 		 415 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  44.79 
 
 		 425 aa  342  7e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  44.05 
 
 		 415 aa  342  9e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  42.79 
 
 		 417 aa  342  9e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  44.05 
 
 		 419 aa  341  1e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  44.76 
 
 		 419 aa  341  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  43.33 
 
 		 431 aa  341  1e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  44.05 
 
 		 419 aa  341  1e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  43.17 
 
 		 445 aa  342  1e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  44.66 
 
 		 433 aa  342  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  44.29 
 
 		 415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  44.29 
 
 		 415 aa  340  4e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  43.84 
 
 		 417 aa  339  7e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  44.52 
 
 		 414 aa  339  7e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  43.1 
 
 		 416 aa  338  8e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  45.24 
 
 		 415 aa  338  9e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  42.89 
 
 		 417 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  42.82 
 
 		 401 aa  338  9.999999999999999e-92  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  43.06 
 
 		 420 aa  338  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  44.42 
 
 		 427 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  45.13 
 
 		 416 aa  338  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  44.26 
 
 		 423 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  44.02 
 
 		 423 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  45.11 
 
 		 423 aa  337  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  42.34 
 
 		 443 aa  337  2.9999999999999997e-91  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  41.87 
 
 		 418 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  44.26 
 
 		 427 aa  337  2.9999999999999997e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  43.6 
 
 		 418 aa  336  3.9999999999999995e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  41.87 
 
 		 443 aa  336  5e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  43.03 
 
 		 415 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>