More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1746 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 435 aa  895    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  43.46 
 
 		 437 aa  375  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  42.15 
 
 		 447 aa  347  2e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  40.52 
 
 		 416 aa  322  8e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  41.47 
 
 		 417 aa  319  6e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  40.61 
 
 		 416 aa  318  2e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  39.72 
 
 		 416 aa  316  5e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  41.65 
 
 		 418 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  40.24 
 
 		 416 aa  313  5.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 417 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  40.52 
 
 		 423 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  39.21 
 
 		 417 aa  309  5e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  40.65 
 
 		 422 aa  309  6.999999999999999e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  40.42 
 
 		 419 aa  306  3e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  39.16 
 
 		 414 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  38.53 
 
 		 445 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  39.49 
 
 		 415 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  39.21 
 
 		 427 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 427 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  37.62 
 
 		 417 aa  301  2e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  40.8 
 
 		 417 aa  301  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  39.21 
 
 		 427 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  39.34 
 
 		 417 aa  298  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  39.91 
 
 		 416 aa  298  1e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  39.11 
 
 		 417 aa  297  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  39.39 
 
 		 425 aa  298  2e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  40.33 
 
 		 418 aa  297  3e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  39.57 
 
 		 417 aa  296  4e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  38.24 
 
 		 429 aa  296  4e-79  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  40.05 
 
 		 414 aa  296  5e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  38.48 
 
 		 414 aa  296  6e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  38.48 
 
 		 414 aa  295  8e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  38.03 
 
 		 415 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  39.34 
 
 		 414 aa  295  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  38.48 
 
 		 414 aa  295  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  38.8 
 
 		 421 aa  294  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  39.11 
 
 		 416 aa  293  3e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  38.32 
 
 		 419 aa  293  5e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  38.64 
 
 		 412 aa  293  5e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  39.07 
 
 		 421 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  38.28 
 
 		 420 aa  291  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  38.26 
 
 		 418 aa  290  2e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  36.92 
 
 		 414 aa  291  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  38.5 
 
 		 415 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  38.39 
 
 		 415 aa  290  3e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  37.32 
 
 		 419 aa  290  3e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  38 
 
 		 414 aa  290  4e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  37.79 
 
 		 415 aa  290  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  38.88 
 
 		 414 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  36.68 
 
 		 417 aa  289  6e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  37.79 
 
 		 414 aa  289  8e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  37.79 
 
 		 451 aa  287  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  37.06 
 
 		 415 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  36.98 
 
 		 434 aa  287  2.9999999999999996e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  36.68 
 
 		 417 aa  286  4e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  38.35 
 
 		 423 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  38.59 
 
 		 423 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  38.69 
 
 		 415 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  39.63 
 
 		 421 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  37.67 
 
 		 417 aa  285  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  37.91 
 
 		 421 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  38.03 
 
 		 415 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  37.91 
 
 		 421 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  38.03 
 
 		 415 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  39.2 
 
 		 414 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  38.03 
 
 		 415 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  38.02 
 
 		 432 aa  282  6.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  38.14 
 
 		 431 aa  283  6.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  37.79 
 
 		 417 aa  282  8.000000000000001e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  39.29 
 
 		 414 aa  281  1e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  38.05 
 
 		 416 aa  282  1e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  38.48 
 
 		 414 aa  281  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  36.77 
 
 		 418 aa  281  2e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  38.79 
 
 		 419 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  36.38 
 
 		 423 aa  281  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  36.74 
 
 		 421 aa  280  3e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 415 aa  280  4e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  37.83 
 
 		 445 aa  279  8e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  37.62 
 
 		 422 aa  279  9e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  38.63 
 
 		 418 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  37.35 
 
 		 421 aa  278  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  38.05 
 
 		 418 aa  277  3e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  36.49 
 
 		 421 aa  276  4e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  37.53 
 
 		 417 aa  276  6e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  37.18 
 
 		 420 aa  276  7e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0669  diaminopimelate decarboxylase  37.15 
 
 		 428 aa  275  9e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.478543  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  36.67 
 
 		 421 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  38.03 
 
 		 414 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  36.24 
 
 		 417 aa  275  2.0000000000000002e-72  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  35.83 
 
 		 421 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  36.3 
 
 		 421 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  36.53 
 
 		 414 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  37.03 
 
 		 420 aa  274  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0083  diaminopimelate decarboxylase  38.84 
 
 		 432 aa  273  6e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822301 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  36.94 
 
 		 419 aa  273  6e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  36.66 
 
 		 422 aa  273  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  36.94 
 
 		 419 aa  273  6e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  36.85 
 
 		 415 aa  272  7e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  37.62 
 
 		 422 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  36.66 
 
 		 422 aa  272  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>