More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0976 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 416 aa  851    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  74.76 
 
 		 416 aa  657    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  65.87 
 
 		 417 aa  588  1e-167  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  67.15 
 
 		 435 aa  584  1e-166  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  66.83 
 
 		 417 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  65.38 
 
 		 416 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  65.71 
 
 		 418 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  46.36 
 
 		 417 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  47.07 
 
 		 415 aa  368  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  45.12 
 
 		 423 aa  365  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  46.1 
 
 		 414 aa  363  3e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  46.1 
 
 		 414 aa  363  3e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  46.1 
 
 		 414 aa  363  3e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  46.1 
 
 		 414 aa  359  6e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  44.04 
 
 		 418 aa  358  7e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  42.48 
 
 		 419 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  45.01 
 
 		 416 aa  355  6.999999999999999e-97  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  44.34 
 
 		 429 aa  355  1e-96  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  45.87 
 
 		 412 aa  354  2e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  44.42 
 
 		 414 aa  353  5e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  44.63 
 
 		 425 aa  352  8e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  44.93 
 
 		 415 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  43.41 
 
 		 434 aa  348  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  44.55 
 
 		 415 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  42.2 
 
 		 445 aa  347  2e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  43.2 
 
 		 417 aa  347  3e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  42.75 
 
 		 422 aa  345  1e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  45.85 
 
 		 414 aa  345  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  45.85 
 
 		 414 aa  345  1e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  45.61 
 
 		 414 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  45.61 
 
 		 414 aa  343  5e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  42.93 
 
 		 417 aa  342  9e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  41.65 
 
 		 417 aa  341  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  43.81 
 
 		 445 aa  342  1e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  43 
 
 		 419 aa  341  1e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  43.98 
 
 		 417 aa  342  1e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  44.53 
 
 		 418 aa  340  2.9999999999999998e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  43.98 
 
 		 417 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  45.37 
 
 		 414 aa  339  5e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  45.12 
 
 		 414 aa  339  5e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  42.44 
 
 		 414 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  42.21 
 
 		 418 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  42.41 
 
 		 443 aa  336  3.9999999999999995e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  42.2 
 
 		 417 aa  335  5.999999999999999e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  44.17 
 
 		 417 aa  335  7.999999999999999e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  42.51 
 
 		 427 aa  334  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  43.41 
 
 		 415 aa  333  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  44.53 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  42.93 
 
 		 414 aa  333  3e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  42.93 
 
 		 416 aa  332  6e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  42.93 
 
 		 414 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  42.27 
 
 		 427 aa  332  9e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  41.59 
 
 		 416 aa  332  9e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  43.17 
 
 		 414 aa  331  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  43.31 
 
 		 415 aa  330  2e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  43.66 
 
 		 451 aa  331  2e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  40.05 
 
 		 447 aa  331  2e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  42.03 
 
 		 427 aa  330  2e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  41.55 
 
 		 416 aa  329  5.0000000000000004e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  43.8 
 
 		 421 aa  329  7e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  41.2 
 
 		 443 aa  328  9e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  41.79 
 
 		 420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  43.38 
 
 		 423 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  43.38 
 
 		 423 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  43.55 
 
 		 421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  44.04 
 
 		 421 aa  327  3e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  43.06 
 
 		 420 aa  326  5e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  43.17 
 
 		 414 aa  326  5e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  43.51 
 
 		 419 aa  326  6e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  42.13 
 
 		 434 aa  325  7e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  42.96 
 
 		 432 aa  325  1e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  41.61 
 
 		 415 aa  325  1e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  42.93 
 
 		 415 aa  324  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  42.75 
 
 		 419 aa  324  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  43.07 
 
 		 417 aa  324  2e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0666  diaminopimelate decarboxylase  43.33 
 
 		 434 aa  323  3e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  42.79 
 
 		 418 aa  323  3e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  43 
 
 		 414 aa  323  4e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  41.63 
 
 		 417 aa  323  4e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  41.89 
 
 		 431 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  42.79 
 
 		 421 aa  322  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  42.58 
 
 		 415 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  42.44 
 
 		 414 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  41.89 
 
 		 431 aa  320  3e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  42.43 
 
 		 422 aa  319  5e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  42.17 
 
 		 415 aa  319  6e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  42.26 
 
 		 423 aa  319  6e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  42.58 
 
 		 415 aa  319  7e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  41.93 
 
 		 415 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  43.03 
 
 		 427 aa  318  9e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  41.93 
 
 		 415 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  42.82 
 
 		 421 aa  317  3e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  41.81 
 
 		 427 aa  316  4e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  42.75 
 
 		 423 aa  316  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  42.75 
 
 		 423 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  41.3 
 
 		 417 aa  316  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  42.75 
 
 		 423 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  42.75 
 
 		 423 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  42.75 
 
 		 423 aa  316  5e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  42.75 
 
 		 423 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>