More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0396 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 425 aa  847    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  60.57 
 
 		 431 aa  521  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  60.57 
 
 		 421 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  60.57 
 
 		 421 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  61.05 
 
 		 421 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  58.67 
 
 		 421 aa  505  9.999999999999999e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  61.76 
 
 		 422 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  58.43 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  59.86 
 
 		 421 aa  498  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  57.48 
 
 		 421 aa  486  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  58.91 
 
 		 421 aa  487  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  57.24 
 
 		 422 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  57.01 
 
 		 421 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  57.24 
 
 		 422 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  58.91 
 
 		 421 aa  478  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  58.91 
 
 		 421 aa  478  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  56.77 
 
 		 421 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  56.06 
 
 		 421 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  55.82 
 
 		 421 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  57.24 
 
 		 422 aa  478  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  57.48 
 
 		 421 aa  476  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  57.58 
 
 		 422 aa  477  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  59.1 
 
 		 422 aa  472  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  60.19 
 
 		 430 aa  471  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  55.58 
 
 		 421 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  60.19 
 
 		 423 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  56.77 
 
 		 421 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  57.58 
 
 		 423 aa  466  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  56.64 
 
 		 422 aa  461  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  52.97 
 
 		 420 aa  458  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  58.06 
 
 		 422 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2123  diaminopimelate decarboxylase  58.29 
 
 		 422 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.520792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  56.16 
 
 		 423 aa  450  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  55.63 
 
 		 423 aa  439  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  55.69 
 
 		 432 aa  435  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  49.53 
 
 		 417 aa  435  1e-121  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  51.07 
 
 		 424 aa  437  1e-121  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0203  diaminopimelate decarboxylase  53.79 
 
 		 419 aa  428  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.628049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  58.06 
 
 		 422 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.181053 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  52.58 
 
 		 425 aa  413  1e-114  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  51.8 
 
 		 419 aa  412  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  51.31 
 
 		 416 aa  412  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  48.46 
 
 		 417 aa  409  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  48.22 
 
 		 417 aa  404  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  49.41 
 
 		 417 aa  402  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2675  diaminopimelate decarboxylase  53.08 
 
 		 419 aa  402  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  47.74 
 
 		 417 aa  405  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  47.51 
 
 		 417 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 		 434 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  48.57 
 
 		 417 aa  397  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  50.97 
 
 		 445 aa  393  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  51.31 
 
 		 414 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 		 417 aa  390  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  49.64 
 
 		 417 aa  389  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  49.41 
 
 		 420 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  48.93 
 
 		 414 aa  386  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  48.21 
 
 		 414 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  48.21 
 
 		 414 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  48.81 
 
 		 414 aa  387  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  48.21 
 
 		 414 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  48.22 
 
 		 417 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  47.97 
 
 		 414 aa  384  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  47 
 
 		 415 aa  384  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  48.45 
 
 		 414 aa  383  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  52.87 
 
 		 418 aa  383  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  48.93 
 
 		 417 aa  382  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  46.68 
 
 		 434 aa  382  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  47.49 
 
 		 414 aa  381  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  47.73 
 
 		 414 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  51.31 
 
 		 415 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  48.45 
 
 		 417 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 		 418 aa  379  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  50.6 
 
 		 415 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  45.67 
 
 		 418 aa  380  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  48.33 
 
 		 416 aa  378  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  50.6 
 
 		 415 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  49.16 
 
 		 419 aa  378  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  49.29 
 
 		 415 aa  375  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  51.31 
 
 		 415 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  50.6 
 
 		 415 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  51.57 
 
 		 423 aa  378  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  49.16 
 
 		 419 aa  378  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  51.07 
 
 		 415 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  48.8 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  47.23 
 
 		 423 aa  374  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  50.84 
 
 		 415 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  51.07 
 
 		 415 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  46.78 
 
 		 414 aa  373  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  50.36 
 
 		 415 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  49.16 
 
 		 417 aa  372  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  46.78 
 
 		 414 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  48.43 
 
 		 412 aa  369  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  47.26 
 
 		 414 aa  368  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  47.26 
 
 		 427 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  47.26 
 
 		 414 aa  365  1e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  47.02 
 
 		 427 aa  364  1e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  47.26 
 
 		 414 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  46.54 
 
 		 415 aa  365  1e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  50.6 
 
 		 415 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  47.02 
 
 		 422 aa  364  2e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>