239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0903 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  93.49 
 
 		 400 aa  745    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  81.77 
 
 		 384 aa  662    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  81.51 
 
 		 397 aa  660    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 		 384 aa  789    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  85.94 
 
 		 384 aa  696    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  80.73 
 
 		 384 aa  656    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  86.2 
 
 		 384 aa  694    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  80.87 
 
 		 392 aa  658    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  62.83 
 
 		 387 aa  502  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  60.48 
 
 		 391 aa  478  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  60.7 
 
 		 389 aa  475  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  58.67 
 
 		 390 aa  463  1e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  55.73 
 
 		 382 aa  451  1.0000000000000001e-126  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  57.87 
 
 		 376 aa  451  1e-125  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  58.1 
 
 		 399 aa  447  1.0000000000000001e-124  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  58.65 
 
 		 378 aa  446  1.0000000000000001e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  56.92 
 
 		 405 aa  444  1e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  53.12 
 
 		 379 aa  417  9.999999999999999e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  52.16 
 
 		 406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.6 
 
 		 399 aa  406  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  51.2 
 
 		 382 aa  397  1e-109  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  53.49 
 
 		 376 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.32 
 
 		 390 aa  397  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  52.05 
 
 		 408 aa  394  1e-108  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  50.27 
 
 		 375 aa  383  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.21 
 
 		 390 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  48.18 
 
 		 380 aa  375  1e-102  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  47.81 
 
 		 385 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  49.21 
 
 		 380 aa  368  1e-101  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  49.06 
 
 		 386 aa  365  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  46.74 
 
 		 379 aa  359  5e-98  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  47.74 
 
 		 400 aa  353  2e-96  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  45.12 
 
 		 382 aa  351  1e-95  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  45.12 
 
 		 382 aa  350  2e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  44.85 
 
 		 382 aa  349  6e-95  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  47.18 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  44.12 
 
 		 377 aa  345  7e-94  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  44.59 
 
 		 387 aa  343  2e-93  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.81 
 
 		 390 aa  320  1.9999999999999998e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  42.93 
 
 		 408 aa  316  4e-85  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  41.18 
 
 		 365 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  41.98 
 
 		 365 aa  283  5.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  41.71 
 
 		 365 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 		 365 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 		 365 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 		 365 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 		 365 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  40.91 
 
 		 389 aa  275  9e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  39.3 
 
 		 365 aa  275  9e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 		 365 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  39.84 
 
 		 365 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  40.75 
 
 		 365 aa  272  7e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  40.48 
 
 		 365 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  40.21 
 
 		 365 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  40.16 
 
 		 368 aa  267  2.9999999999999995e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  38.68 
 
 		 379 aa  259  4e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  37.97 
 
 		 365 aa  255  7e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  36.66 
 
 		 387 aa  247  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.56 
 
 		 414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  35.85 
 
 		 381 aa  243  6e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.9 
 
 		 417 aa  238  2e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  36.12 
 
 		 377 aa  235  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  35.85 
 
 		 377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.65 
 
 		 1058 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.65 
 
 		 1055 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.65 
 
 		 1086 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.65 
 
 		 1076 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.65 
 
 		 1113 aa  229  8e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  37.07 
 
 		 1110 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  36.65 
 
 		 1134 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  35.03 
 
 		 376 aa  224  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  35.73 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  25.53 
 
 		 400 aa  65.1  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  24.87 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  25.18 
 
 		 433 aa  63.2  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  29.8 
 
 		 421 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  29.8 
 
 		 421 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  25.58 
 
 		 394 aa  62  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  24.28 
 
 		 437 aa  61.6  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  22.95 
 
 		 440 aa  60.8  0.00000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  23.75 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 		 421 aa  60.1  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  22.55 
 
 		 430 aa  59.7  0.00000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  24.15 
 
 		 418 aa  59.7  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0771  diaminopimelate decarboxylase  22.43 
 
 		 427 aa  59.7  0.00000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.129495  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  23.11 
 
 		 434 aa  59.3  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  24.57 
 
 		 440 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  26.41 
 
 		 386 aa  59.3  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  23.69 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  25.25 
 
 		 435 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  24.72 
 
 		 878 aa  57.8  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  24.05 
 
 		 439 aa  57.8  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1225  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.29 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  23.22 
 
 		 434 aa  57.8  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  22.64 
 
 		 434 aa  57.4  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  25.26 
 
 		 386 aa  57  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  27.92 
 
 		 421 aa  56.6  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  25.65 
 
 		 415 aa  56.2  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  27.82 
 
 		 422 aa  55.8  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  23.16 
 
 		 421 aa  55.8  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>