237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2917 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  80.73 
 
 
400 aa  659    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  78.91 
 
 
384 aa  651    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  80.73 
 
 
384 aa  656    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 
384 aa  794    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  82.81 
 
 
384 aa  671    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  77.55 
 
 
392 aa  640    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  96.88 
 
 
384 aa  772    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  75.26 
 
 
397 aa  625  1e-178  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  59.21 
 
 
387 aa  477  1e-133  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  56.5 
 
 
391 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  56.61 
 
 
389 aa  450  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  54.93 
 
 
390 aa  445  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  57.84 
 
 
378 aa  444  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  55.53 
 
 
376 aa  432  1e-120  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  52.82 
 
 
405 aa  428  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  55.03 
 
 
399 aa  424  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  53.1 
 
 
379 aa  418  1e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  51.75 
 
 
382 aa  417  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  53.75 
 
 
408 aa  414  1e-114  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.05 
 
 
390 aa  401  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  54.03 
 
 
376 aa  398  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  49.36 
 
 
406 aa  396  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  50.67 
 
 
382 aa  390  1e-107  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.6 
 
 
399 aa  388  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  50 
 
 
375 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  50 
 
 
380 aa  370  1e-101  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  48.94 
 
 
385 aa  369  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  46.35 
 
 
380 aa  362  4e-99  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  46.48 
 
 
379 aa  362  5.0000000000000005e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.4 
 
 
390 aa  362  5.0000000000000005e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  48.27 
 
 
386 aa  357  2.9999999999999997e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  47.12 
 
 
400 aa  351  2e-95  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  44.39 
 
 
377 aa  341  2e-92  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  43.54 
 
 
382 aa  340  2e-92  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  43.27 
 
 
382 aa  339  5.9999999999999996e-92  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  43.8 
 
 
387 aa  337  1.9999999999999998e-91  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  45.31 
 
 
378 aa  336  3.9999999999999995e-91  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  43.01 
 
 
382 aa  335  9e-91  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  42.18 
 
 
408 aa  315  8e-85  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.77 
 
 
390 aa  306  3e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  40.91 
 
 
365 aa  280  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
365 aa  280  4e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  39.84 
 
 
365 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  40.16 
 
 
389 aa  275  7e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
365 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  40.64 
 
 
365 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  40.11 
 
 
365 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 
365 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  39.35 
 
 
387 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  39.84 
 
 
365 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  40.54 
 
 
365 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  40.27 
 
 
365 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  40 
 
 
365 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  38.54 
 
 
381 aa  264  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  38.77 
 
 
368 aa  263  4.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  38.24 
 
 
365 aa  262  6e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  39.05 
 
 
379 aa  261  1e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  38.27 
 
 
377 aa  256  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  37.74 
 
 
377 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  37.47 
 
 
365 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.71 
 
 
414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.8 
 
 
417 aa  242  7.999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  35.56 
 
 
365 aa  241  1e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  37.23 
 
 
376 aa  239  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  34.4 
 
 
1058 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  34.4 
 
 
1055 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  34.4 
 
 
1076 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  34.4 
 
 
1113 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  34.4 
 
 
1086 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  34.4 
 
 
1134 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  34.4 
 
 
1110 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  33.87 
 
 
375 aa  194  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  25.22 
 
 
481 aa  67.4  0.0000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  22.96 
 
 
411 aa  65.1  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  25.27 
 
 
878 aa  63.5  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0160  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.04 
 
 
434 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  24.75 
 
 
439 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  24 
 
 
418 aa  61.6  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  23.45 
 
 
416 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  21.96 
 
 
400 aa  61.6  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  22.49 
 
 
434 aa  61.2  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  25.26 
 
 
416 aa  60.8  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  26.12 
 
 
423 aa  60.1  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1495  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.73 
 
 
401 aa  59.7  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  23.84 
 
 
415 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  24.04 
 
 
415 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  25.72 
 
 
414 aa  58.2  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27 
 
 
393 aa  58.2  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  21.74 
 
 
430 aa  57.8  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  26.06 
 
 
431 aa  57.8  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  23.56 
 
 
415 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  24.93 
 
 
415 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2502  diaminopimelate decarboxylase  23.61 
 
 
465 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.512966  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  23.27 
 
 
436 aa  57  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2548  diaminopimelate decarboxylase  23.61 
 
 
465 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2602  diaminopimelate decarboxylase  23.61 
 
 
465 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2711  diaminopimelate decarboxylase  23.61 
 
 
465 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.757522  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2590  diaminopimelate decarboxylase  23.61 
 
 
465 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.851696  normal  0.439356 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  23.71 
 
 
415 aa  56.6  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  23.94 
 
 
435 aa  56.6  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>