More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1495 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1495  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 401 aa  803    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2095  diaminopimelate decarboxylase, putative  55.61 
 
 		 907 aa  392  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1455  putative diaminopimelate decarboxylase  54.8 
 
 		 419 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0527  putative diaminopimelate decarboxylase  54.8 
 
 		 419 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.448896  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1853  diaminopimelate decarboxylase  54.8 
 
 		 462 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0842  putative diaminopimelate decarboxylase  54.8 
 
 		 419 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.145845  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0431  putative diaminopimelate decarboxylase  54.8 
 
 		 419 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2158  putative diaminopimelate decarboxylase  54.8 
 
 		 419 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.617766  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  31.53 
 
 		 421 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  27.23 
 
 		 416 aa  162  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  31.31 
 
 		 410 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  31.6 
 
 		 421 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  31.98 
 
 		 410 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  31.36 
 
 		 425 aa  155  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  30.53 
 
 		 434 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  31.23 
 
 		 466 aa  152  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  31.14 
 
 		 412 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  31.22 
 
 		 410 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 430 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  29.31 
 
 		 410 aa  145  8.000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 		 433 aa  145  1e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  30.63 
 
 		 412 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  29.18 
 
 		 416 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  30 
 
 		 414 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  30.4 
 
 		 412 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  29.18 
 
 		 398 aa  144  3e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  29.64 
 
 		 420 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  29.38 
 
 		 420 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  29.38 
 
 		 420 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  28.8 
 
 		 407 aa  142  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  30.02 
 
 		 417 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  26.91 
 
 		 859 aa  141  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  30.38 
 
 		 412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  29.38 
 
 		 420 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 		 412 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  27.51 
 
 		 406 aa  140  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2691  diaminopimelate decarboxylase  32.07 
 
 		 419 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  28.42 
 
 		 402 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  29.56 
 
 		 420 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  30.13 
 
 		 412 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  30.13 
 
 		 412 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  30.27 
 
 		 413 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  28.42 
 
 		 402 aa  139  7.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  29.53 
 
 		 419 aa  139  8.999999999999999e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  28.64 
 
 		 402 aa  138  2e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  28.17 
 
 		 402 aa  138  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  27.34 
 
 		 430 aa  138  2e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 420 aa  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  30.13 
 
 		 420 aa  136  7.000000000000001e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 420 aa  136  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 420 aa  136  8e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  29.02 
 
 		 420 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 420 aa  135  9e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 420 aa  135  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  29.02 
 
 		 420 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 420 aa  135  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  26.3 
 
 		 859 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 420 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  28.89 
 
 		 431 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  31.54 
 
 		 429 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  29.92 
 
 		 411 aa  134  3.9999999999999996e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  31.58 
 
 		 416 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  28.35 
 
 		 409 aa  133  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 		 424 aa  133  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  32.66 
 
 		 414 aa  133  6.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  27.68 
 
 		 406 aa  132  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.8 
 
 		 429 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  31 
 
 		 430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  28.24 
 
 		 420 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  29.88 
 
 		 421 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  28.21 
 
 		 420 aa  130  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  30.67 
 
 		 420 aa  129  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  26.8 
 
 		 417 aa  129  7.000000000000001e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  28.86 
 
 		 424 aa  129  7.000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  27.21 
 
 		 415 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  29.04 
 
 		 431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  29.2 
 
 		 420 aa  129  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  32.48 
 
 		 453 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  30.81 
 
 		 413 aa  127  3e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 		 416 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  29.29 
 
 		 421 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  30.3 
 
 		 421 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  27.39 
 
 		 420 aa  126  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  30 
 
 		 421 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 		 471 aa  125  9e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  27.73 
 
 		 445 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  30.55 
 
 		 421 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  29.32 
 
 		 418 aa  125  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  26.24 
 
 		 435 aa  125  2e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  28.02 
 
 		 399 aa  125  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  28.75 
 
 		 421 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  29.65 
 
 		 422 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0402  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  27.76 
 
 		 868 aa  124  3e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  30.85 
 
 		 415 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  29.27 
 
 		 425 aa  123  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  28.78 
 
 		 421 aa  122  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  25.58 
 
 		 412 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.78 
 
 		 431 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  30.35 
 
 		 415 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.33 
 
 		 422 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>