More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1645 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 416 aa  850    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  66.18 
 
 		 431 aa  547  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  66.26 
 
 		 420 aa  542  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  64.94 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  64.94 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  64.69 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  64.94 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  64.69 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  64.94 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  64.94 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  64.69 
 
 		 420 aa  535  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  64.96 
 
 		 414 aa  535  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  66.09 
 
 		 420 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  64.44 
 
 		 420 aa  536  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  65.84 
 
 		 420 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  65.84 
 
 		 420 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  65.84 
 
 		 420 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  64.01 
 
 		 420 aa  534  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  64.01 
 
 		 420 aa  534  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  64.01 
 
 		 420 aa  534  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  66.83 
 
 		 420 aa  530  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  66.17 
 
 		 420 aa  529  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  65.35 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  65.94 
 
 		 420 aa  528  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  64.15 
 
 		 420 aa  524  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  61.72 
 
 		 416 aa  522  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  64.71 
 
 		 420 aa  518  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  62.01 
 
 		 412 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  62.08 
 
 		 413 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  61.76 
 
 		 412 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  61.76 
 
 		 412 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  61.43 
 
 		 412 aa  513  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  60.82 
 
 		 417 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  61.52 
 
 		 412 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  61.52 
 
 		 412 aa  511  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  61.35 
 
 		 412 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  60.87 
 
 		 410 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  60.39 
 
 		 410 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  59.9 
 
 		 410 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  53.57 
 
 		 415 aa  457  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  36.93 
 
 		 434 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  35.87 
 
 		 421 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  33.09 
 
 		 421 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  33.88 
 
 		 416 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  34.14 
 
 		 425 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  34.38 
 
 		 402 aa  207  2e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  35.51 
 
 		 471 aa  208  2e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  32.21 
 
 		 406 aa  207  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  34.67 
 
 		 401 aa  207  3e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  37.12 
 
 		 438 aa  206  5e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  34.38 
 
 		 402 aa  206  6e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  36.12 
 
 		 429 aa  206  8e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  35.38 
 
 		 425 aa  204  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 447 aa  203  4e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 		 402 aa  203  4e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  34.21 
 
 		 424 aa  202  8e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  34.72 
 
 		 453 aa  202  9.999999999999999e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  34.28 
 
 		 409 aa  199  7.999999999999999e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 420 aa  199  9e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  31.67 
 
 		 399 aa  199  1.0000000000000001e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 		 432 aa  196  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  35.53 
 
 		 415 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  31.68 
 
 		 412 aa  193  5e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  34.43 
 
 		 425 aa  192  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  35.29 
 
 		 415 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  32.86 
 
 		 433 aa  191  2e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  29.98 
 
 		 411 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  32.77 
 
 		 419 aa  190  4e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  31.71 
 
 		 398 aa  190  5e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 422 aa  189  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 418 aa  188  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  34.45 
 
 		 445 aa  189  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 		 402 aa  187  2e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  33.18 
 
 		 421 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  32.01 
 
 		 466 aa  187  4e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  33.1 
 
 		 423 aa  186  6e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  31.75 
 
 		 419 aa  186  6e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 422 aa  186  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  33.88 
 
 		 421 aa  186  9e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  34.36 
 
 		 415 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  32.81 
 
 		 859 aa  186  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  30.27 
 
 		 406 aa  185  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  34.62 
 
 		 427 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  33.26 
 
 		 421 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  33.26 
 
 		 417 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 421 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  32.23 
 
 		 410 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  31.29 
 
 		 412 aa  186  1.0000000000000001e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  30.29 
 
 		 413 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  34.52 
 
 		 422 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 		 430 aa  185  2.0000000000000003e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 415 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  34.62 
 
 		 427 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  34.62 
 
 		 427 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  32.28 
 
 		 859 aa  184  3e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 422 aa  184  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  36.6 
 
 		 419 aa  184  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  36.6 
 
 		 419 aa  184  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  34.67 
 
 		 415 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  32.94 
 
 		 421 aa  183  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>