More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0209 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 412 aa  846    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  66.34 
 
 		 416 aa  566  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  64.3 
 
 		 420 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  64.06 
 
 		 420 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  64.3 
 
 		 420 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  64.3 
 
 		 420 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  63.93 
 
 		 420 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  63.93 
 
 		 420 aa  542  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  63.5 
 
 		 420 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  63.5 
 
 		 420 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  63.93 
 
 		 420 aa  543  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  63.93 
 
 		 420 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  63.93 
 
 		 420 aa  542  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  63.93 
 
 		 420 aa  542  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  63.68 
 
 		 420 aa  541  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  63.5 
 
 		 420 aa  544  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  63.57 
 
 		 420 aa  541  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  63.68 
 
 		 420 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  63.43 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  63.57 
 
 		 420 aa  540  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  63.81 
 
 		 420 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  65.12 
 
 		 420 aa  537  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  64.75 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  64.75 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  63.81 
 
 		 420 aa  521  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  62.68 
 
 		 412 aa  519  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  63.64 
 
 		 413 aa  520  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  62.77 
 
 		 412 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  62.44 
 
 		 412 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  62.53 
 
 		 412 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  62.53 
 
 		 412 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  62.53 
 
 		 412 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  62.22 
 
 		 410 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  63.59 
 
 		 431 aa  508  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  62.23 
 
 		 417 aa  511  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  61.35 
 
 		 416 aa  507  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  62.03 
 
 		 410 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  62.28 
 
 		 410 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  60.98 
 
 		 414 aa  500  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  52.29 
 
 		 415 aa  457  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  36.27 
 
 		 434 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  36.6 
 
 		 447 aa  229  5e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 		 416 aa  229  9e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  34.94 
 
 		 421 aa  228  1e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 409 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  35.55 
 
 		 425 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  36.49 
 
 		 407 aa  218  1e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  36.78 
 
 		 420 aa  216  7e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 		 406 aa  215  9e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  34.67 
 
 		 466 aa  215  9.999999999999999e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  35.51 
 
 		 471 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  34.71 
 
 		 421 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 398 aa  212  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  32.12 
 
 		 406 aa  209  1e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  34.54 
 
 		 399 aa  206  5e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 		 411 aa  206  6e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 410 aa  205  1e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 407 aa  204  3e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  33.87 
 
 		 453 aa  204  3e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  33.02 
 
 		 412 aa  203  6e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  34.29 
 
 		 418 aa  202  8e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  35 
 
 		 481 aa  202  9.999999999999999e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  36.07 
 
 		 412 aa  199  6e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  32.21 
 
 		 424 aa  196  5.000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  35.11 
 
 		 429 aa  196  5.000000000000001e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  32.78 
 
 		 402 aa  196  6e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 		 402 aa  196  6e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  36.94 
 
 		 425 aa  196  9e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  32.31 
 
 		 401 aa  195  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  35.02 
 
 		 430 aa  194  2e-48  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  33.1 
 
 		 413 aa  194  2e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  36.45 
 
 		 419 aa  194  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 		 423 aa  194  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  36.45 
 
 		 419 aa  194  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  36.3 
 
 		 416 aa  194  4e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 		 402 aa  193  5e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 		 403 aa  192  6e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  33.82 
 
 		 417 aa  193  6e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  36.05 
 
 		 429 aa  193  6e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 		 419 aa  192  7e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  35.41 
 
 		 415 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  35.58 
 
 		 415 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  35.89 
 
 		 415 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 		 432 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  34.12 
 
 		 850 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  34.13 
 
 		 430 aa  190  2.9999999999999997e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 		 403 aa  189  5.999999999999999e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  35.09 
 
 		 878 aa  189  9e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 435 aa  189  9e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 401 aa  188  1e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  34.76 
 
 		 445 aa  188  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  35.89 
 
 		 416 aa  189  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  33.97 
 
 		 415 aa  187  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  33.18 
 
 		 418 aa  187  4e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  34.81 
 
 		 417 aa  186  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 421 aa  186  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 402 aa  186  8e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  34.28 
 
 		 421 aa  186  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 421 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  31.91 
 
 		 859 aa  184  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>