More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0681 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  76.79 
 
 		 421 aa  667    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 421 aa  853    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  71.63 
 
 		 434 aa  634  1e-180  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  63.92 
 
 		 425 aa  568  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  57.18 
 
 		 416 aa  508  1e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  38.81 
 
 		 409 aa  289  5.0000000000000004e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  36.48 
 
 		 398 aa  254  1.0000000000000001e-66  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  36.62 
 
 		 424 aa  255  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  36.39 
 
 		 407 aa  255  1.0000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  36.97 
 
 		 410 aa  252  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 430 aa  248  2e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  39.66 
 
 		 429 aa  242  7.999999999999999e-63  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  34.95 
 
 		 406 aa  241  1e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  38.33 
 
 		 430 aa  239  5e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  35.78 
 
 		 412 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  36.12 
 
 		 412 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  35.45 
 
 		 410 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  35.07 
 
 		 413 aa  234  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  39.19 
 
 		 878 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 412 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  35.63 
 
 		 412 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  35.63 
 
 		 412 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  35.44 
 
 		 417 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  35.37 
 
 		 412 aa  231  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  34.74 
 
 		 410 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  36.8 
 
 		 386 aa  229  8e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  34.94 
 
 		 412 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 415 aa  227  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  36.55 
 
 		 386 aa  225  1e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  34.83 
 
 		 410 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  36.92 
 
 		 430 aa  223  4e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  33.82 
 
 		 416 aa  223  6e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  31.3 
 
 		 406 aa  222  8e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  35.12 
 
 		 420 aa  220  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 414 aa  219  6e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  36.61 
 
 		 440 aa  219  6e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 420 aa  219  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 420 aa  219  1e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  35.31 
 
 		 420 aa  218  1e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 420 aa  218  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  33.81 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  36.05 
 
 		 402 aa  218  2e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  33.81 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 420 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  34.58 
 
 		 420 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  33.09 
 
 		 416 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  34.58 
 
 		 420 aa  216  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  34.33 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  35.11 
 
 		 433 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  34.33 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  34.89 
 
 		 418 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  36.14 
 
 		 435 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  37.62 
 
 		 453 aa  213  7e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  34.79 
 
 		 431 aa  212  9e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  34.89 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  35.48 
 
 		 415 aa  210  3e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  33.83 
 
 		 420 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  35.21 
 
 		 420 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  34.47 
 
 		 417 aa  210  5e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  35.89 
 
 		 419 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  36.32 
 
 		 407 aa  209  7e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 433 aa  208  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  35.17 
 
 		 440 aa  207  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  34.79 
 
 		 413 aa  207  3e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  31.48 
 
 		 420 aa  207  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  37.56 
 
 		 419 aa  206  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  34.99 
 
 		 466 aa  206  4e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  37.56 
 
 		 419 aa  206  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  34.23 
 
 		 859 aa  206  5e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1229  diaminopimelate decarboxylase  34.19 
 
 		 453 aa  206  6e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.972871  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  34.06 
 
 		 429 aa  206  7e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  33.01 
 
 		 419 aa  206  7e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  36.66 
 
 		 850 aa  206  7e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  34.39 
 
 		 401 aa  206  9e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 420 aa  205  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 420 aa  205  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 420 aa  205  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  32.82 
 
 		 382 aa  204  2e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2859  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.51 
 
 		 421 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000208534  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 		 445 aa  204  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  32.7 
 
 		 447 aa  204  3e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  34.08 
 
 		 434 aa  203  4e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2086  diaminopimelate decarboxylase  32.62 
 
 		 447 aa  202  7e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000557843  normal  0.888186 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  34.99 
 
 		 416 aa  202  7e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1355  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.51 
 
 		 421 aa  202  8e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.146910000000001e-28 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  33.96 
 
 		 859 aa  202  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  33.92 
 
 		 411 aa  201  9.999999999999999e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  36.91 
 
 		 451 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  34.57 
 
 		 417 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  34.62 
 
 		 416 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  35.8 
 
 		 423 aa  201  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 		 436 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  37.1 
 
 		 422 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  34.05 
 
 		 445 aa  199  7e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  32.59 
 
 		 417 aa  199  9e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0771  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 		 427 aa  198  1.0000000000000001e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.129495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>