More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5726 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 416 aa  861    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  66.34 
 
 		 412 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  66.02 
 
 		 420 aa  548  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  66.02 
 
 		 420 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  66.59 
 
 		 420 aa  541  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  64.94 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  64.94 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  65.29 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  65.53 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  67.16 
 
 		 420 aa  540  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  66.1 
 
 		 420 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  64.94 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  65.53 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  65.53 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  64.94 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  65.19 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  66.1 
 
 		 420 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  64.94 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  65.19 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  66.1 
 
 		 420 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  64.94 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  64.94 
 
 		 420 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  66.67 
 
 		 420 aa  535  1e-151  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  65.05 
 
 		 420 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  65.62 
 
 		 420 aa  529  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  61.72 
 
 		 416 aa  522  1e-147  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  64.62 
 
 		 431 aa  518  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  63.02 
 
 		 413 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  61.84 
 
 		 417 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  61.65 
 
 		 412 aa  512  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  63.3 
 
 		 414 aa  512  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  61.89 
 
 		 412 aa  511  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  61.41 
 
 		 412 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  60.92 
 
 		 412 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  60.92 
 
 		 412 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  60.92 
 
 		 412 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  61.43 
 
 		 410 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  61.43 
 
 		 410 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  60.84 
 
 		 410 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  54.81 
 
 		 415 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  37.26 
 
 		 471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  35.44 
 
 		 434 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  33.82 
 
 		 421 aa  223  6e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  34.79 
 
 		 425 aa  216  5e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  34.94 
 
 		 421 aa  216  7e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  34.79 
 
 		 409 aa  212  7.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  33.95 
 
 		 466 aa  210  3e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  34.93 
 
 		 453 aa  209  9e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  32.23 
 
 		 416 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  34.21 
 
 		 410 aa  202  7e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  31.08 
 
 		 406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 		 424 aa  200  3.9999999999999996e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  33.64 
 
 		 447 aa  199  7.999999999999999e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 481 aa  197  4.0000000000000005e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 		 399 aa  193  4e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  31.65 
 
 		 406 aa  193  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  32.08 
 
 		 418 aa  192  1e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  31.44 
 
 		 412 aa  191  2e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  35.76 
 
 		 412 aa  190  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  32.48 
 
 		 401 aa  190  5e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  36.26 
 
 		 438 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 415 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  30.9 
 
 		 398 aa  189  7e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  36.32 
 
 		 429 aa  189  1e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  32.24 
 
 		 413 aa  188  2e-46  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  31.58 
 
 		 411 aa  187  3e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  35.75 
 
 		 419 aa  187  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  35.75 
 
 		 419 aa  187  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  33.77 
 
 		 850 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 420 aa  185  1.0000000000000001e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  34.61 
 
 		 430 aa  184  3e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  32.86 
 
 		 421 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0461  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  32.9 
 
 		 868 aa  182  7e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  31.58 
 
 		 403 aa  182  1e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0402  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  32.9 
 
 		 868 aa  181  2e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  31.53 
 
 		 421 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2691  diaminopimelate decarboxylase  32.24 
 
 		 419 aa  180  4.999999999999999e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  35.53 
 
 		 416 aa  179  7e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  31.8 
 
 		 407 aa  178  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 		 425 aa  178  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  32.39 
 
 		 421 aa  176  8e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  32.39 
 
 		 421 aa  176  8e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  31.46 
 
 		 423 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 		 402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 421 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 		 393 aa  173  3.9999999999999995e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 434 aa  173  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 		 402 aa  173  5e-42  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  32.39 
 
 		 421 aa  173  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  30.24 
 
 		 419 aa  173  5.999999999999999e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  33.18 
 
 		 418 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 421 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  33.03 
 
 		 430 aa  172  9e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 386 aa  172  9e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1995  diaminopimelate decarboxylase  31 
 
 		 439 aa  172  9e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000281435  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  32.08 
 
 		 421 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  30.72 
 
 		 433 aa  171  2e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  30.94 
 
 		 402 aa  171  3e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 386 aa  170  3e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  30.9 
 
 		 421 aa  170  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>