More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0468 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 403 aa  818    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  66.08 
 
 		 401 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  62 
 
 		 399 aa  526  1e-148  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  60.44 
 
 		 412 aa  516  1.0000000000000001e-145  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  60 
 
 		 403 aa  506  9.999999999999999e-143  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  60.95 
 
 		 407 aa  504  1e-141  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  58.6 
 
 		 402 aa  485  1e-136  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  58.6 
 
 		 402 aa  483  1e-135  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  58.85 
 
 		 402 aa  483  1e-135  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  57.96 
 
 		 401 aa  462  1e-129  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  46.72 
 
 		 412 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  45.86 
 
 		 418 aa  383  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  44.7 
 
 		 416 aa  383  1e-105  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  46.37 
 
 		 422 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  45.96 
 
 		 434 aa  377  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  46 
 
 		 423 aa  372  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  46.84 
 
 		 427 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  43.83 
 
 		 417 aa  365  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  46.33 
 
 		 427 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  45.82 
 
 		 427 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  44.33 
 
 		 417 aa  367  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  46.21 
 
 		 415 aa  364  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  46.06 
 
 		 417 aa  364  2e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  44.08 
 
 		 417 aa  361  1e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  42.57 
 
 		 415 aa  359  6e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  46.6 
 
 		 418 aa  359  6e-98  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  45.45 
 
 		 415 aa  358  7e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  43.32 
 
 		 417 aa  358  8e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  46.31 
 
 		 414 aa  355  5e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  45.04 
 
 		 414 aa  356  5e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  43.56 
 
 		 425 aa  354  2e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  45.09 
 
 		 415 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  44.7 
 
 		 414 aa  352  8.999999999999999e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  44.84 
 
 		 415 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  43.26 
 
 		 416 aa  351  1e-95  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  45.82 
 
 		 417 aa  350  2e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  45.55 
 
 		 414 aa  350  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  47.47 
 
 		 419 aa  349  4e-95  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  45.29 
 
 		 417 aa  349  6e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  45.55 
 
 		 414 aa  347  1e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  45.29 
 
 		 415 aa  348  1e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  46.06 
 
 		 414 aa  348  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  44.84 
 
 		 415 aa  347  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  44.97 
 
 		 417 aa  347  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  45.84 
 
 		 415 aa  347  2e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  45.18 
 
 		 414 aa  347  2e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  45.18 
 
 		 414 aa  347  2e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  45.18 
 
 		 414 aa  347  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  45.2 
 
 		 415 aa  346  5e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  45.09 
 
 		 417 aa  345  8.999999999999999e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  45.34 
 
 		 419 aa  345  8.999999999999999e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  45.34 
 
 		 419 aa  345  8.999999999999999e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  44.72 
 
 		 417 aa  345  1e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  43.86 
 
 		 417 aa  344  2e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  45.41 
 
 		 414 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  44.85 
 
 		 414 aa  342  5e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  44.78 
 
 		 418 aa  342  8e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  45.96 
 
 		 423 aa  342  9e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  45.8 
 
 		 414 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  45.71 
 
 		 423 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  44.39 
 
 		 414 aa  340  2e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  44.14 
 
 		 417 aa  340  2e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  45.92 
 
 		 414 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  45.8 
 
 		 414 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  45.8 
 
 		 414 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  45.04 
 
 		 414 aa  338  7e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  42.32 
 
 		 415 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  42.42 
 
 		 415 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  42.32 
 
 		 415 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  44.08 
 
 		 423 aa  335  7e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  46.17 
 
 		 414 aa  333  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  45 
 
 		 451 aa  332  5e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  44.55 
 
 		 427 aa  332  5e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  40.94 
 
 		 419 aa  332  7.000000000000001e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  43.22 
 
 		 434 aa  331  1e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  42.57 
 
 		 415 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  43.58 
 
 		 418 aa  329  4e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  43.25 
 
 		 419 aa  329  6e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  43.47 
 
 		 418 aa  328  7e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  44.11 
 
 		 445 aa  328  8e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  44.42 
 
 		 420 aa  328  9e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  44.42 
 
 		 416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  43.64 
 
 		 422 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  44.22 
 
 		 414 aa  327  3e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  44.61 
 
 		 445 aa  327  3e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  41.48 
 
 		 420 aa  326  4.0000000000000003e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  43.62 
 
 		 420 aa  326  4.0000000000000003e-88  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  42.79 
 
 		 420 aa  325  7e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  44.56 
 
 		 421 aa  325  1e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  43.4 
 
 		 420 aa  325  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  41.56 
 
 		 416 aa  324  2e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  42.39 
 
 		 421 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  44.42 
 
 		 415 aa  323  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  42.42 
 
 		 417 aa  324  2e-87  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  42.46 
 
 		 415 aa  323  3e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  41.75 
 
 		 421 aa  322  6e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  41.15 
 
 		 421 aa  322  7e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  44.08 
 
 		 418 aa  321  9.999999999999999e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  44.5 
 
 		 423 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  44.33 
 
 		 423 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>