More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2967 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 409 aa  848    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  61.35 
 
 		 424 aa  517  1.0000000000000001e-145  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  53.45 
 
 		 410 aa  468  9.999999999999999e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  53.5 
 
 		 407 aa  434  1e-120  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  53.18 
 
 		 398 aa  432  1e-120  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  50.89 
 
 		 406 aa  425  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  51.15 
 
 		 406 aa  410  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  38.73 
 
 		 434 aa  296  3e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  38.81 
 
 		 421 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  36.78 
 
 		 416 aa  285  8e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  37.93 
 
 		 425 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  37.53 
 
 		 421 aa  273  6e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  36.65 
 
 		 423 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  35.68 
 
 		 451 aa  243  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  35.92 
 
 		 423 aa  243  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  37.9 
 
 		 429 aa  242  9e-63  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  36.9 
 
 		 386 aa  241  1e-62  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  35.92 
 
 		 415 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  35.89 
 
 		 416 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  37.68 
 
 		 420 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  35.71 
 
 		 415 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  37.1 
 
 		 430 aa  238  2e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  36.66 
 
 		 420 aa  237  3e-61  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  36.64 
 
 		 386 aa  236  7e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  37.81 
 
 		 430 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  34.33 
 
 		 402 aa  233  4.0000000000000004e-60  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  34.89 
 
 		 412 aa  232  9e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  35.75 
 
 		 420 aa  232  9e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  35.75 
 
 		 420 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  35.75 
 
 		 420 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  37.81 
 
 		 430 aa  231  1e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  35.75 
 
 		 420 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  35.75 
 
 		 420 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  35.75 
 
 		 420 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 		 447 aa  231  2e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  35.5 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  35.5 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  34 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 		 418 aa  230  3e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  35.68 
 
 		 440 aa  230  4e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  35.25 
 
 		 420 aa  229  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  36.86 
 
 		 415 aa  229  7e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  37.72 
 
 		 419 aa  229  7e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  34.16 
 
 		 415 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  34.16 
 
 		 415 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  36.52 
 
 		 431 aa  228  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 417 aa  228  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  34.16 
 
 		 415 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  35.63 
 
 		 415 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  35.87 
 
 		 415 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  36.52 
 
 		 431 aa  227  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  37 
 
 		 417 aa  226  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  35.32 
 
 		 433 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  36.45 
 
 		 420 aa  225  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  34.08 
 
 		 416 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  36.27 
 
 		 427 aa  224  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  35.66 
 
 		 415 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  35.57 
 
 		 412 aa  224  3e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 412 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  33.9 
 
 		 413 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  36.16 
 
 		 422 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  35.34 
 
 		 420 aa  223  4e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  36.48 
 
 		 420 aa  223  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 415 aa  223  4.9999999999999996e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  34.4 
 
 		 412 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 		 445 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 		 445 aa  223  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  36.36 
 
 		 415 aa  223  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  35.59 
 
 		 417 aa  222  8e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  34.84 
 
 		 417 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  36.05 
 
 		 427 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  35.4 
 
 		 420 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  35.4 
 
 		 420 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  33.91 
 
 		 412 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  35.4 
 
 		 420 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  33.91 
 
 		 412 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  35.47 
 
 		 415 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  34.47 
 
 		 410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  35.15 
 
 		 420 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 417 aa  220  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 		 410 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  34.38 
 
 		 429 aa  220  3.9999999999999997e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  35.56 
 
 		 427 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 		 417 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  35.94 
 
 		 427 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  35.09 
 
 		 417 aa  219  6e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 434 aa  219  1e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  34.18 
 
 		 401 aa  218  1e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  34.83 
 
 		 417 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 412 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  34.9 
 
 		 420 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  34 
 
 		 421 aa  218  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  35.09 
 
 		 420 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  35.57 
 
 		 414 aa  218  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  34.73 
 
 		 417 aa  218  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 412 aa  218  2e-55  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  36.76 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 		 434 aa  218  2e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  35 
 
 		 434 aa  217  2.9999999999999998e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  36.52 
 
 		 420 aa  217  2.9999999999999998e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>