More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1818 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 431 aa  874    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  75.06 
 
 		 414 aa  628  1e-179  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  66.27 
 
 		 416 aa  556  1e-157  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  66.83 
 
 		 420 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  66.59 
 
 		 420 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  66.83 
 
 		 420 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  66.83 
 
 		 420 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  66.34 
 
 		 420 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  64.76 
 
 		 420 aa  537  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  65.17 
 
 		 420 aa  535  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  64.66 
 
 		 420 aa  531  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  66.08 
 
 		 420 aa  531  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  66.19 
 
 		 420 aa  531  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  64.66 
 
 		 420 aa  531  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  64.66 
 
 		 420 aa  531  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  65.02 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  65.02 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  65.27 
 
 		 420 aa  529  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  65.02 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  65.27 
 
 		 420 aa  529  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  65.02 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  65.02 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  64.49 
 
 		 416 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  64.78 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  63.53 
 
 		 413 aa  525  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  65.47 
 
 		 420 aa  521  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  65.28 
 
 		 420 aa  522  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  65.04 
 
 		 420 aa  522  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  63.17 
 
 		 412 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  62.5 
 
 		 417 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  62.84 
 
 		 412 aa  508  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  63.17 
 
 		 412 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  62.84 
 
 		 412 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  63.08 
 
 		 412 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  62.84 
 
 		 412 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  62.93 
 
 		 412 aa  503  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  58.71 
 
 		 410 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  58.89 
 
 		 410 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  58 
 
 		 410 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  54.81 
 
 		 415 aa  462  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  36.92 
 
 		 434 aa  232  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  34.98 
 
 		 471 aa  218  1e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  34.75 
 
 		 421 aa  216  5e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  36.63 
 
 		 421 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  37.38 
 
 		 409 aa  215  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  34.87 
 
 		 425 aa  209  7e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  33.18 
 
 		 416 aa  209  1e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  33.93 
 
 		 453 aa  207  2e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  34.47 
 
 		 419 aa  204  2e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  32.71 
 
 		 447 aa  204  3e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  36.12 
 
 		 429 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  34.91 
 
 		 427 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  34.13 
 
 		 407 aa  197  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  35.95 
 
 		 425 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 		 398 aa  197  4.0000000000000005e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  37.47 
 
 		 438 aa  196  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 		 431 aa  196  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  34.84 
 
 		 423 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 433 aa  194  3e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  32.95 
 
 		 466 aa  194  3e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  34.22 
 
 		 430 aa  193  6e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  33.88 
 
 		 421 aa  192  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.49 
 
 		 416 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  34.6 
 
 		 430 aa  192  1e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  33.11 
 
 		 481 aa  192  1e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  34.99 
 
 		 421 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  34.99 
 
 		 421 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  33.9 
 
 		 424 aa  191  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  32.08 
 
 		 401 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  31.34 
 
 		 406 aa  190  4e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  33.98 
 
 		 421 aa  190  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  34.46 
 
 		 420 aa  189  8e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 		 406 aa  189  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  36.3 
 
 		 415 aa  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  32.53 
 
 		 417 aa  188  2e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3377  diaminopimelate decarboxylase  37.12 
 
 		 452 aa  188  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411773  normal  0.115373 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 		 422 aa  187  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  32.52 
 
 		 399 aa  187  4e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  35.83 
 
 		 415 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  36.93 
 
 		 415 aa  186  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  36.34 
 
 		 412 aa  186  6e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  32.86 
 
 		 418 aa  186  6e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 421 aa  186  8e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  31.92 
 
 		 410 aa  186  8e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 		 422 aa  186  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  37.59 
 
 		 427 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  33.72 
 
 		 421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  34.37 
 
 		 421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  34.55 
 
 		 850 aa  184  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 407 aa  184  3e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 420 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 		 421 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  36.3 
 
 		 419 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  33.65 
 
 		 421 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  36.3 
 
 		 419 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  34.74 
 
 		 429 aa  183  6e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  32.93 
 
 		 423 aa  183  6e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  34.2 
 
 		 394 aa  183  6e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 386 aa  182  7e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 		 415 aa  182  7e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>