More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3377 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_3377  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 452 aa  880    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411773  normal  0.115373 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  54.82 
 
 		 438 aa  402  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  48.82 
 
 		 431 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  48.09 
 
 		 421 aa  362  1e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  48.6 
 
 		 422 aa  361  1e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  43.57 
 
 		 420 aa  361  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 		 421 aa  360  3e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  48.1 
 
 		 421 aa  360  4e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  48.1 
 
 		 421 aa  359  5e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  49.65 
 
 		 421 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  48.34 
 
 		 421 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 		 421 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  47.82 
 
 		 421 aa  355  7.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  42.44 
 
 		 417 aa  355  1e-96  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  48.8 
 
 		 421 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  51.08 
 
 		 425 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  47.85 
 
 		 421 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  49.07 
 
 		 423 aa  351  1e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  49.04 
 
 		 421 aa  351  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  47.91 
 
 		 421 aa  349  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  48.46 
 
 		 421 aa  349  5e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  46.6 
 
 		 421 aa  347  4e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  48.56 
 
 		 432 aa  344  2e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  43.13 
 
 		 417 aa  341  1e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  47.18 
 
 		 422 aa  341  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  49.52 
 
 		 423 aa  342  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  45.95 
 
 		 422 aa  340  2.9999999999999998e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  48.55 
 
 		 430 aa  339  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  45.76 
 
 		 424 aa  338  9.999999999999999e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  47.75 
 
 		 422 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0203  diaminopimelate decarboxylase  48.34 
 
 		 419 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.628049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  47.82 
 
 		 421 aa  337  2.9999999999999997e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  47.82 
 
 		 421 aa  337  2.9999999999999997e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  43.26 
 
 		 417 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  45 
 
 		 445 aa  335  1e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  45.48 
 
 		 422 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  45.22 
 
 		 422 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  48.22 
 
 		 423 aa  333  4e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2675  diaminopimelate decarboxylase  46.52 
 
 		 419 aa  328  1.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  42.03 
 
 		 417 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  46.92 
 
 		 423 aa  327  2.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  47.61 
 
 		 421 aa  327  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  42.47 
 
 		 418 aa  326  7e-88  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  46.73 
 
 		 422 aa  325  1e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  43.93 
 
 		 434 aa  325  1e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  47.52 
 
 		 422 aa  325  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  45.74 
 
 		 414 aa  323  3e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2123  diaminopimelate decarboxylase  47.28 
 
 		 422 aa  322  7e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.520792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  43.66 
 
 		 419 aa  322  8e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  46 
 
 		 416 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  46.84 
 
 		 415 aa  320  5e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  39.9 
 
 		 420 aa  319  7e-86  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  41.71 
 
 		 417 aa  319  7.999999999999999e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  47.07 
 
 		 423 aa  317  3e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  41.34 
 
 		 418 aa  317  3e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  44.5 
 
 		 416 aa  316  4e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  47.32 
 
 		 415 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  46.55 
 
 		 423 aa  316  6e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  46.06 
 
 		 423 aa  316  7e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  45.85 
 
 		 415 aa  315  9e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  45.85 
 
 		 415 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  41.23 
 
 		 423 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  45.24 
 
 		 419 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  45.43 
 
 		 422 aa  313  2.9999999999999996e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  46.59 
 
 		 415 aa  313  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  45.15 
 
 		 420 aa  312  6.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  48.46 
 
 		 422 aa  312  6.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.181053 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  46.36 
 
 		 451 aa  312  7.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  44.93 
 
 		 415 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  44.93 
 
 		 415 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  40.6 
 
 		 447 aa  311  1e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  44.69 
 
 		 415 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  42.55 
 
 		 412 aa  311  2e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  45.85 
 
 		 415 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  41.45 
 
 		 414 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  41.69 
 
 		 414 aa  310  4e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  45.05 
 
 		 425 aa  310  4e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  46.1 
 
 		 415 aa  310  4e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  45.11 
 
 		 420 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  43.63 
 
 		 417 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  44.39 
 
 		 431 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  44.85 
 
 		 415 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  45.02 
 
 		 417 aa  307  3e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  44.16 
 
 		 431 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  46.75 
 
 		 423 aa  306  6e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  43.49 
 
 		 427 aa  306  7e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  41.5 
 
 		 414 aa  306  7e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 		 423 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 		 423 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 		 423 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 		 423 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 		 423 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 		 423 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 		 423 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  43.46 
 
 		 427 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  39.26 
 
 		 419 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  45 
 
 		 419 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  45 
 
 		 419 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  43.38 
 
 		 417 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  41.05 
 
 		 414 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>