More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3425 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 431 aa  841    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  88.04 
 
 		 429 aa  719    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  95.68 
 
 		 428 aa  779    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  47.51 
 
 		 416 aa  322  8e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  44.36 
 
 		 415 aa  303  5.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.61 
 
 		 411 aa  303  6.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.18 
 
 		 410 aa  301  2e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  43.29 
 
 		 402 aa  296  6e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  44.06 
 
 		 402 aa  295  8e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.79 
 
 		 411 aa  295  8e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.14 
 
 		 410 aa  290  4e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.57 
 
 		 414 aa  287  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  45.34 
 
 		 408 aa  285  9e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.61 
 
 		 417 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.91 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.01 
 
 		 416 aa  277  3e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.61 
 
 		 412 aa  273  5.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.41 
 
 		 419 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.46 
 
 		 414 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  40.2 
 
 		 402 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.07 
 
 		 508 aa  261  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.57 
 
 		 442 aa  250  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.6 
 
 		 440 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.75 
 
 		 413 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.96 
 
 		 408 aa  236  8e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.28 
 
 		 428 aa  233  6e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.2 
 
 		 409 aa  231  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.18 
 
 		 430 aa  230  4e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.59 
 
 		 418 aa  224  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.25 
 
 		 415 aa  218  2e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.95 
 
 		 404 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  31.8 
 
 		 418 aa  206  7e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.32 
 
 		 416 aa  203  5e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.9 
 
 		 416 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.63 
 
 		 397 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 418 aa  190  4e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  32.86 
 
 		 448 aa  188  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 		 416 aa  187  3e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 418 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  32.6 
 
 		 435 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  33.57 
 
 		 419 aa  183  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  34.35 
 
 		 427 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 		 420 aa  182  1e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  34.03 
 
 		 422 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  34.11 
 
 		 427 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  31.67 
 
 		 447 aa  181  2.9999999999999997e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  34.68 
 
 		 427 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 416 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  30.36 
 
 		 423 aa  178  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  34.56 
 
 		 425 aa  178  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.93 
 
 		 392 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  30.09 
 
 		 417 aa  177  4e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  33.42 
 
 		 413 aa  177  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  33.18 
 
 		 432 aa  177  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  33.1 
 
 		 421 aa  176  8e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  33.09 
 
 		 421 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  31.74 
 
 		 436 aa  176  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.68 
 
 		 408 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  30.17 
 
 		 441 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  33.02 
 
 		 429 aa  175  1.9999999999999998e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  34.55 
 
 		 402 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  30.67 
 
 		 403 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 419 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 419 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  29.6 
 
 		 437 aa  175  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  32.76 
 
 		 421 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  32.92 
 
 		 414 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 421 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  31.62 
 
 		 415 aa  173  5e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  34.93 
 
 		 419 aa  173  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  31.45 
 
 		 417 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  32.03 
 
 		 414 aa  172  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17190  diaminopimelate decarboxylase  30.77 
 
 		 395 aa  172  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.479032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3940  diaminopimelate decarboxylase  33.81 
 
 		 461 aa  172  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  30.5 
 
 		 401 aa  172  1e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  31.85 
 
 		 434 aa  172  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  31.59 
 
 		 417 aa  171  2e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  32.65 
 
 		 445 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  30.12 
 
 		 418 aa  171  2e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1364  diaminopimelate decarboxylase  34.75 
 
 		 434 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.844058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  34.62 
 
 		 420 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 414 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 414 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  32.85 
 
 		 414 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  34.47 
 
 		 415 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  31.81 
 
 		 421 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  30.31 
 
 		 421 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  31.39 
 
 		 445 aa  171  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  30.73 
 
 		 416 aa  170  4e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  31.36 
 
 		 432 aa  170  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  31.63 
 
 		 421 aa  170  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  34.22 
 
 		 415 aa  170  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0878  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 465 aa  170  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.109774  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  34.39 
 
 		 431 aa  170  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  33.68 
 
 		 398 aa  170  5e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  32.36 
 
 		 414 aa  170  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1914  diaminopimelate decarboxylase  28.44 
 
 		 438 aa  170  6e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0317  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 461 aa  169  6e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.241285 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  34.88 
 
 		 423 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 		 431 aa  169  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>