More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3620 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  86.84 
 
 
428 aa  706    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
429 aa  835    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  88.03 
 
 
431 aa  732    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  45.69 
 
 
416 aa  319  7.999999999999999e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.32 
 
 
411 aa  302  6.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  44.22 
 
 
415 aa  298  1e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  44.05 
 
 
402 aa  297  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  43.04 
 
 
402 aa  294  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.31 
 
 
411 aa  291  2e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.16 
 
 
410 aa  286  4e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.33 
 
 
417 aa  283  5.000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.74 
 
 
414 aa  282  6.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.16 
 
 
410 aa  282  7.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  43.49 
 
 
408 aa  280  3e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.91 
 
 
404 aa  278  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.17 
 
 
416 aa  276  7e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.43 
 
 
412 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.06 
 
 
442 aa  269  8e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.47 
 
 
508 aa  268  1e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.07 
 
 
414 aa  266  4e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.13 
 
 
440 aa  260  4e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  39.65 
 
 
402 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.56 
 
 
419 aa  257  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.05 
 
 
413 aa  239  6.999999999999999e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.13 
 
 
428 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.95 
 
 
408 aa  235  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.78 
 
 
430 aa  233  4.0000000000000004e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.13 
 
 
409 aa  226  8e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.5 
 
 
404 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.34 
 
 
418 aa  215  9.999999999999999e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.68 
 
 
415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.05 
 
 
416 aa  204  3e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 
418 aa  200  3e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  30.81 
 
 
418 aa  199  7e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  32.77 
 
 
435 aa  191  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
416 aa  189  9e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  30.79 
 
 
420 aa  189  1e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 
416 aa  188  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  32.36 
 
 
447 aa  187  3e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 
397 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  30.97 
 
 
417 aa  186  6e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 
421 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 
421 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  32.12 
 
 
416 aa  185  2.0000000000000003e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 
425 aa  185  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 
421 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 
416 aa  184  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  31.9 
 
 
415 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
429 aa  183  6e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  29.47 
 
 
437 aa  183  7e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  32.78 
 
 
421 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.02 
 
 
392 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  32.22 
 
 
448 aa  181  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
414 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  33.33 
 
 
413 aa  180  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  31.12 
 
 
441 aa  180  4.999999999999999e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  31.42 
 
 
417 aa  179  8e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  31.08 
 
 
421 aa  179  9e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 
417 aa  179  1e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  32.77 
 
 
419 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  33.59 
 
 
402 aa  179  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  32.61 
 
 
414 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  32.61 
 
 
414 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  34.13 
 
 
427 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  32.03 
 
 
414 aa  178  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  30.71 
 
 
445 aa  178  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  30.62 
 
 
423 aa  177  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  32.27 
 
 
434 aa  178  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  32.61 
 
 
414 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  31.57 
 
 
414 aa  176  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  32.87 
 
 
427 aa  176  9e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  30.52 
 
 
418 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 
417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  32.99 
 
 
418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  33.1 
 
 
427 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  31.88 
 
 
421 aa  175  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  31.73 
 
 
421 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 
431 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  33.56 
 
 
423 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 
431 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  34.62 
 
 
422 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  32.21 
 
 
421 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  31.59 
 
 
422 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  30.53 
 
 
424 aa  173  5e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.06 
 
 
388 aa  173  5e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  32.05 
 
 
421 aa  173  5e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  31.73 
 
 
421 aa  173  5e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  30.67 
 
 
417 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  27.21 
 
 
430 aa  173  5.999999999999999e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  34.79 
 
 
415 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  33.09 
 
 
418 aa  172  7.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  31.77 
 
 
432 aa  172  9e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  31.81 
 
 
421 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  33.1 
 
 
423 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  34.81 
 
 
419 aa  172  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  30.81 
 
 
431 aa  172  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  34.81 
 
 
419 aa  172  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.46 
 
 
408 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 
422 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  35.84 
 
 
422 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.181053 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>