107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2843 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  99.18 
 
 		 365 aa  756    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  88.49 
 
 		 365 aa  685    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  99.18 
 
 		 365 aa  756    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  100 
 
 		 365 aa  761    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  97.81 
 
 		 365 aa  748    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  75.62 
 
 		 365 aa  600  1e-170  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  75.62 
 
 		 365 aa  600  1e-170  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  75.62 
 
 		 389 aa  598  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  74.79 
 
 		 365 aa  594  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  72.05 
 
 		 365 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  70.96 
 
 		 365 aa  573  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  65.21 
 
 		 365 aa  509  1e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  67.86 
 
 		 365 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  66.76 
 
 		 365 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  67.03 
 
 		 365 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  62.84 
 
 		 368 aa  491  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  56.73 
 
 		 379 aa  434  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  53.77 
 
 		 417 aa  429  1e-119  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.38 
 
 		 414 aa  423  1e-117  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  50.68 
 
 		 387 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  51.5 
 
 		 381 aa  375  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  50.14 
 
 		 377 aa  365  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  49.86 
 
 		 377 aa  364  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  48.09 
 
 		 376 aa  355  7.999999999999999e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  41.67 
 
 		 378 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.02 
 
 		 387 aa  297  3e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  42.52 
 
 		 399 aa  295  1e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  40.74 
 
 		 382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 		 400 aa  280  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  40.37 
 
 		 384 aa  277  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  38.89 
 
 		 389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  37.9 
 
 		 382 aa  274  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  39.35 
 
 		 380 aa  273  3e-72  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  39.1 
 
 		 390 aa  272  6e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  39.84 
 
 		 384 aa  271  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  38.26 
 
 		 391 aa  271  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  38.74 
 
 		 392 aa  270  4e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  39.84 
 
 		 379 aa  269  4e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  39.84 
 
 		 384 aa  270  4e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  39.41 
 
 		 376 aa  267  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  38.24 
 
 		 384 aa  266  4e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  39.68 
 
 		 379 aa  266  5e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  39.2 
 
 		 384 aa  263  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  37.37 
 
 		 408 aa  263  4e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  39.04 
 
 		 397 aa  262  6.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  37.85 
 
 		 405 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  37.6 
 
 		 382 aa  258  2e-67  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  37.33 
 
 		 382 aa  256  6e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  40 
 
 		 380 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  37.33 
 
 		 382 aa  254  2.0000000000000002e-66  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  40.16 
 
 		 376 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  37.63 
 
 		 387 aa  248  1e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  37.63 
 
 		 386 aa  246  4e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  35.84 
 
 		 406 aa  242  7e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  35.23 
 
 		 377 aa  242  9e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  36.12 
 
 		 375 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  36.05 
 
 		 385 aa  239  5.999999999999999e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.08 
 
 		 399 aa  232  8.000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.65 
 
 		 390 aa  230  4e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.13 
 
 		 390 aa  224  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  36.02 
 
 		 400 aa  224  2e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  35.75 
 
 		 408 aa  223  4.9999999999999996e-57  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  34.22 
 
 		 378 aa  221  1.9999999999999999e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.4 
 
 		 390 aa  220  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.73 
 
 		 1055 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.73 
 
 		 1076 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.73 
 
 		 1086 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.73 
 
 		 1058 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.73 
 
 		 1113 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.73 
 
 		 1134 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  31.9 
 
 		 1110 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  33.96 
 
 		 375 aa  206  7e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  27.78 
 
 		 432 aa  56.6  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  22.31 
 
 		 447 aa  54.3  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  22.63 
 
 		 406 aa  54.3  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4745  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.68 
 
 		 582 aa  53.9  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0440633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  23.48 
 
 		 418 aa  53.1  0.000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  23.51 
 
 		 416 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  24.81 
 
 		 420 aa  51.2  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  26.87 
 
 		 400 aa  51.2  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  28.06 
 
 		 420 aa  50.4  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  22.28 
 
 		 440 aa  50.4  0.00005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  20.18 
 
 		 471 aa  50.4  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  21.5 
 
 		 421 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  21.38 
 
 		 421 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  22.81 
 
 		 394 aa  48.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  27.75 
 
 		 427 aa  47.8  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  29.38 
 
 		 416 aa  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  22.47 
 
 		 416 aa  47  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  22.09 
 
 		 416 aa  46.6  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  21 
 
 		 421 aa  46.6  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  21.09 
 
 		 420 aa  45.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  21.24 
 
 		 430 aa  45.8  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  20.52 
 
 		 435 aa  46.2  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0279  diaminopimelate decarboxylase  24.4 
 
 		 451 aa  45.8  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  22.02 
 
 		 420 aa  45.8  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  27.98 
 
 		 415 aa  44.7  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  25.28 
 
 		 418 aa  45.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  20.53 
 
 		 430 aa  45.1  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  20.77 
 
 		 421 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>