More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4745 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_4745  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 582 aa  1171    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0440633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  30.22 
 
 		 429 aa  159  2e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  31.21 
 
 		 430 aa  156  1e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  29.93 
 
 		 430 aa  156  1e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  30.34 
 
 		 430 aa  151  3e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  25.06 
 
 		 419 aa  145  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  27.64 
 
 		 433 aa  143  8e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3656  diaminopimelate decarboxylase  29.88 
 
 		 457 aa  140  6e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  30.83 
 
 		 414 aa  139  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  28.43 
 
 		 434 aa  138  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  29.6 
 
 		 418 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  27.54 
 
 		 417 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0541  diaminopimelate decarboxylase  27.12 
 
 		 421 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.407931  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  27.79 
 
 		 417 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  28.04 
 
 		 417 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  27.79 
 
 		 417 aa  134  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  29.5 
 
 		 416 aa  133  9e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  26.6 
 
 		 425 aa  133  9e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  29.63 
 
 		 420 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  28.97 
 
 		 422 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  28.91 
 
 		 445 aa  132  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 		 421 aa  131  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 		 417 aa  130  8.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  29.88 
 
 		 421 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  25.82 
 
 		 436 aa  130  9.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  29.43 
 
 		 422 aa  129  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  26.97 
 
 		 417 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  27 
 
 		 419 aa  129  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  26.97 
 
 		 386 aa  128  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  27.32 
 
 		 421 aa  127  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1229  diaminopimelate decarboxylase  28.7 
 
 		 453 aa  127  8.000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.972871  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  24.41 
 
 		 435 aa  126  1e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  26.67 
 
 		 418 aa  126  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  26.99 
 
 		 416 aa  126  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  25.19 
 
 		 436 aa  126  1e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  30.26 
 
 		 435 aa  125  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  25.91 
 
 		 414 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  24.69 
 
 		 401 aa  125  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  27.54 
 
 		 431 aa  125  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  27.87 
 
 		 415 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  28.71 
 
 		 421 aa  124  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  27.21 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 		 423 aa  124  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  27.41 
 
 		 421 aa  124  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1473  diaminopimelate decarboxylase  24.94 
 
 		 436 aa  124  4e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  26.87 
 
 		 421 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  30.34 
 
 		 423 aa  124  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  28.49 
 
 		 422 aa  123  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  24.74 
 
 		 420 aa  123  7e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  27.34 
 
 		 421 aa  123  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  27.07 
 
 		 418 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  24.4 
 
 		 420 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  27.09 
 
 		 421 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  27.44 
 
 		 418 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  29.29 
 
 		 421 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  29.25 
 
 		 418 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  25.31 
 
 		 407 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 		 421 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  27.89 
 
 		 423 aa  121  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  28.22 
 
 		 421 aa  121  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  28.64 
 
 		 421 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  29.64 
 
 		 423 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0485  diaminopimelate decarboxylase  25.68 
 
 		 420 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  30.73 
 
 		 430 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  27.37 
 
 		 423 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  28.22 
 
 		 421 aa  121  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  27.29 
 
 		 416 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  28.3 
 
 		 412 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  26.38 
 
 		 384 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  26.03 
 
 		 443 aa  120  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  28.57 
 
 		 421 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  27.38 
 
 		 415 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  28.15 
 
 		 440 aa  120  9e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  25.55 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  26.18 
 
 		 416 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3116  diaminopimelate decarboxylase  30.71 
 
 		 424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675356 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  27.47 
 
 		 422 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  26.28 
 
 		 443 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  24.46 
 
 		 415 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  27.86 
 
 		 422 aa  119  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  27.56 
 
 		 425 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  25.77 
 
 		 423 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  25.63 
 
 		 386 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  27.41 
 
 		 423 aa  118  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  26.35 
 
 		 434 aa  118  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  26.84 
 
 		 433 aa  118  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 		 415 aa  118  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0515  diaminopimelate decarboxylase  24.62 
 
 		 436 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.843079  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  22.47 
 
 		 430 aa  118  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  25.31 
 
 		 421 aa  117  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  28.85 
 
 		 431 aa  117  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  29.48 
 
 		 422 aa  117  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  24.7 
 
 		 421 aa  117  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  28.85 
 
 		 431 aa  117  8.999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0669  diaminopimelate decarboxylase  27.01 
 
 		 428 aa  116  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.478543  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3415  diaminopimelate decarboxylase  29.66 
 
 		 444 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.656066  normal  0.0355245 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  26.25 
 
 		 434 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  24.88 
 
 		 393 aa  116  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  26.59 
 
 		 417 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  28.33 
 
 		 451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>