More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0584 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 405 aa  847    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.29 
 
 		 397 aa  421  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  51.51 
 
 		 413 aa  404  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.09 
 
 		 400 aa  344  2e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.09 
 
 		 400 aa  344  2e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.21 
 
 		 408 aa  340  2.9999999999999998e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.65 
 
 		 403 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  45.43 
 
 		 402 aa  322  9.000000000000001e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.85 
 
 		 388 aa  322  9.000000000000001e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  41.11 
 
 		 400 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.97 
 
 		 392 aa  291  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  42.31 
 
 		 394 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.33 
 
 		 421 aa  283  5.000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.18 
 
 		 402 aa  279  6e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  41.88 
 
 		 398 aa  271  1e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  38.62 
 
 		 418 aa  263  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  41.78 
 
 		 396 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.67 
 
 		 362 aa  252  7e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.41 
 
 		 373 aa  251  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.57 
 
 		 392 aa  225  1e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  35.55 
 
 		 453 aa  218  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  33.41 
 
 		 484 aa  206  5e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.75 
 
 		 410 aa  183  5.0000000000000004e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.83 
 
 		 416 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.61 
 
 		 411 aa  179  5.999999999999999e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.15 
 
 		 419 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.59 
 
 		 410 aa  176  6e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.14 
 
 		 411 aa  176  7e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.73 
 
 		 417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.21 
 
 		 442 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.82 
 
 		 431 aa  169  7e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.06 
 
 		 415 aa  169  7e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.56 
 
 		 428 aa  169  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.31 
 
 		 402 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  31.81 
 
 		 415 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.02 
 
 		 430 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.62 
 
 		 413 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.67 
 
 		 409 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  31.69 
 
 		 402 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.65 
 
 		 412 aa  164  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  32.72 
 
 		 408 aa  164  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  30.73 
 
 		 402 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.72 
 
 		 429 aa  162  7e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.09 
 
 		 416 aa  162  7e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.46 
 
 		 508 aa  160  3e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.1 
 
 		 414 aa  160  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.27 
 
 		 440 aa  159  9e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30 
 
 		 404 aa  158  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.64 
 
 		 418 aa  155  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  30.93 
 
 		 418 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  30.1 
 
 		 416 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  29.17 
 
 		 434 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  31.55 
 
 		 414 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  27.52 
 
 		 412 aa  143  6e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.02 
 
 		 416 aa  142  8e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  28.34 
 
 		 417 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 		 417 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  29.91 
 
 		 414 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  31.56 
 
 		 415 aa  140  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  28.88 
 
 		 417 aa  140  6e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  30.06 
 
 		 414 aa  140  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  30.06 
 
 		 414 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  28.28 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  30.36 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  29.76 
 
 		 414 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  28.88 
 
 		 414 aa  136  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  28.09 
 
 		 415 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 		 417 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.16 
 
 		 428 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  29.16 
 
 		 414 aa  133  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.02 
 
 		 408 aa  133  6.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  26.58 
 
 		 399 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  28.9 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  30.03 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 		 418 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  27.37 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  28.13 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  28.33 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  27.51 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  27.34 
 
 		 382 aa  130  3e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  26.38 
 
 		 412 aa  131  3e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  28.33 
 
 		 414 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  28.07 
 
 		 401 aa  130  4.0000000000000003e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  26.15 
 
 		 403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  28.33 
 
 		 414 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  28.33 
 
 		 414 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  25.69 
 
 		 401 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.83 
 
 		 404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  27.76 
 
 		 417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 		 417 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  29.12 
 
 		 415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  27.64 
 
 		 417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  29.62 
 
 		 415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  28.41 
 
 		 418 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  27.4 
 
 		 414 aa  126  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  25.71 
 
 		 418 aa  125  9e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  29.35 
 
 		 421 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4492  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  28.76 
 
 		 415 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.799972  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  26.76 
 
 		 431 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  28.34 
 
 		 421 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>