More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4053 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
484 aa  952    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  60.25 
 
 
453 aa  472  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  38.69 
 
 
413 aa  261  3e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.64 
 
 
397 aa  239  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.93 
 
 
388 aa  223  4.9999999999999996e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.41 
 
 
405 aa  216  8e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.3 
 
 
408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.87 
 
 
403 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  41 
 
 
402 aa  207  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.74 
 
 
400 aa  204  4e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.74 
 
 
400 aa  204  4e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.64 
 
 
392 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.36 
 
 
421 aa  193  5e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  32.09 
 
 
400 aa  191  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  32.62 
 
 
418 aa  189  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  34.77 
 
 
398 aa  186  6e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.14 
 
 
402 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  37.21 
 
 
396 aa  178  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  34.01 
 
 
394 aa  176  9e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.33 
 
 
411 aa  173  6.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  33.26 
 
 
415 aa  167  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.51 
 
 
410 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.57 
 
 
410 aa  160  4e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.89 
 
 
373 aa  160  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.26 
 
 
429 aa  160  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.09 
 
 
411 aa  159  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.55 
 
 
362 aa  158  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  31.45 
 
 
416 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30 
 
 
415 aa  154  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  32.13 
 
 
402 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.29 
 
 
428 aa  153  8e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.97 
 
 
431 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  32.51 
 
 
402 aa  148  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.62 
 
 
392 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.43 
 
 
414 aa  143  9e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.62 
 
 
412 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  32.64 
 
 
408 aa  137  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.57 
 
 
413 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.63 
 
 
402 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.43 
 
 
409 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.39 
 
 
419 aa  134  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.66 
 
 
408 aa  134  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.3 
 
 
416 aa  131  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  32.99 
 
 
421 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.83 
 
 
417 aa  129  9.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.71 
 
 
428 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.15 
 
 
404 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.75 
 
 
430 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.3 
 
 
416 aa  126  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  30.71 
 
 
421 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  28.08 
 
 
419 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  28.04 
 
 
420 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.52 
 
 
414 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.87 
 
 
418 aa  124  4e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  32.31 
 
 
421 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 
421 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 
416 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.1 
 
 
442 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 
412 aa  117  3e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  30.55 
 
 
419 aa  118  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  32.31 
 
 
421 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 
425 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.71 
 
 
440 aa  117  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.53 
 
 
508 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  28.49 
 
 
443 aa  117  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  29.54 
 
 
421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  27.32 
 
 
419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  28.97 
 
 
416 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  29.21 
 
 
412 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  35.2 
 
 
422 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.181053 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  27.91 
 
 
443 aa  114  3e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  32 
 
 
419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 
420 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  29.77 
 
 
451 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  27.8 
 
 
416 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  31.08 
 
 
421 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  28.1 
 
 
407 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  28.57 
 
 
415 aa  111  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.8 
 
 
404 aa  110  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  28.47 
 
 
416 aa  110  6e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  30.65 
 
 
421 aa  109  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  27.27 
 
 
417 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  27.53 
 
 
418 aa  109  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  31.87 
 
 
422 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  24.35 
 
 
399 aa  108  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  29.61 
 
 
420 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  30.4 
 
 
423 aa  108  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  27.86 
 
 
417 aa  108  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  31.11 
 
 
429 aa  107  3e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  26.14 
 
 
414 aa  108  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  31.62 
 
 
414 aa  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  29.78 
 
 
421 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  27.13 
 
 
417 aa  107  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  27.89 
 
 
435 aa  107  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  30.21 
 
 
423 aa  107  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  25.77 
 
 
403 aa  107  6e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  28.72 
 
 
403 aa  107  7e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  29.5 
 
 
415 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  29.6 
 
 
430 aa  106  9e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  26.32 
 
 
434 aa  106  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>