More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2337 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
408 aa  810    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  66.75 
 
 
409 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.72 
 
 
413 aa  431  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.77 
 
 
411 aa  426  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  52.76 
 
 
416 aa  412  1e-114  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  53.02 
 
 
415 aa  410  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.37 
 
 
410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.12 
 
 
410 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.25 
 
 
411 aa  389  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.76 
 
 
414 aa  378  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  49.88 
 
 
402 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  47.63 
 
 
402 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.26 
 
 
412 aa  371  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.49 
 
 
404 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  52.14 
 
 
408 aa  367  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  47.83 
 
 
402 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.9 
 
 
404 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.21 
 
 
428 aa  261  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.55 
 
 
430 aa  261  2e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.96 
 
 
431 aa  260  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.95 
 
 
429 aa  259  6e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.88 
 
 
416 aa  247  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.28 
 
 
414 aa  240  2.9999999999999997e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.6 
 
 
419 aa  230  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.03 
 
 
417 aa  218  1e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.44 
 
 
442 aa  209  9e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.69 
 
 
415 aa  194  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 
440 aa  193  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.53 
 
 
508 aa  188  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.58 
 
 
397 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  33.16 
 
 
418 aa  166  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.69 
 
 
408 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.26 
 
 
428 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  36.62 
 
 
402 aa  159  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  33 
 
 
413 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  31.27 
 
 
400 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.48 
 
 
392 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.88 
 
 
373 aa  156  7e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  34.26 
 
 
422 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  35.1 
 
 
427 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  34.85 
 
 
427 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.08 
 
 
402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.57 
 
 
421 aa  153  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  30.75 
 
 
447 aa  153  5.9999999999999996e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  34.85 
 
 
427 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.03 
 
 
405 aa  150  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  33.68 
 
 
394 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.95 
 
 
388 aa  149  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  35.15 
 
 
425 aa  148  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.07 
 
 
418 aa  147  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.68 
 
 
416 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  34.11 
 
 
414 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  33.85 
 
 
414 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 
414 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  33.85 
 
 
414 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  31.71 
 
 
417 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  36.52 
 
 
484 aa  144  3e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 
399 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  30.4 
 
 
402 aa  141  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.44 
 
 
400 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.44 
 
 
400 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  31.36 
 
 
416 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.87 
 
 
392 aa  140  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  30.12 
 
 
423 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  33.06 
 
 
417 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 
414 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  31.46 
 
 
429 aa  137  2e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  36.22 
 
 
414 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  30.11 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.07 
 
 
362 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  30.13 
 
 
402 aa  137  4e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  36.22 
 
 
414 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  36.22 
 
 
414 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  31.88 
 
 
401 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  32.92 
 
 
418 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  31.44 
 
 
419 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  32.55 
 
 
414 aa  136  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  32.65 
 
 
417 aa  136  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  32.65 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  29.66 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  35.9 
 
 
414 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  32.24 
 
 
414 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  32.47 
 
 
414 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  31.1 
 
 
420 aa  134  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  32.12 
 
 
414 aa  133  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  34.72 
 
 
419 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  32.69 
 
 
414 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  30.34 
 
 
403 aa  132  7.999999999999999e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  33.07 
 
 
414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  32.49 
 
 
421 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  30.41 
 
 
402 aa  130  4.0000000000000003e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  32.54 
 
 
398 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  34.92 
 
 
414 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  30.08 
 
 
419 aa  130  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2675  diaminopimelate decarboxylase  32.61 
 
 
419 aa  130  6e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  27.3 
 
 
435 aa  129  9.000000000000001e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  35.32 
 
 
419 aa  129  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 
396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  28.8 
 
 
412 aa  127  2.0000000000000002e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  33.15 
 
 
414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>