More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_01927 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
398 aa  800    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  58.31 
 
 
392 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  59.01 
 
 
394 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  53.62 
 
 
400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  59.95 
 
 
396 aa  408  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.69 
 
 
408 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.97 
 
 
421 aa  384  1e-105  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  52.48 
 
 
402 aa  373  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.97 
 
 
397 aa  328  7e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.67 
 
 
402 aa  328  8e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.31 
 
 
400 aa  327  2.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.31 
 
 
400 aa  327  2.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  46.49 
 
 
413 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  45.72 
 
 
418 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.48 
 
 
373 aa  298  8e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.88 
 
 
405 aa  290  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.24 
 
 
362 aa  281  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.99 
 
 
392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.56 
 
 
403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.94 
 
 
388 aa  265  1e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  36.74 
 
 
453 aa  186  5e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  34.77 
 
 
484 aa  186  5e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.59 
 
 
429 aa  177  4e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.68 
 
 
431 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.84 
 
 
428 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.14 
 
 
411 aa  171  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.99 
 
 
430 aa  167  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.41 
 
 
410 aa  168  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.52 
 
 
411 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  35.31 
 
 
415 aa  162  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  35.48 
 
 
402 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.94 
 
 
416 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  34.4 
 
 
402 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.54 
 
 
410 aa  152  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  32 
 
 
416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  35.96 
 
 
408 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  31.83 
 
 
382 aa  147  2.0000000000000003e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.77 
 
 
415 aa  146  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  33.69 
 
 
402 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.56 
 
 
409 aa  145  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.85 
 
 
418 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.79 
 
 
413 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.73 
 
 
428 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.31 
 
 
419 aa  144  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.19 
 
 
412 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.8 
 
 
414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.36 
 
 
440 aa  136  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.24 
 
 
508 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.26 
 
 
414 aa  134  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.77 
 
 
442 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  30.62 
 
 
423 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  30.22 
 
 
414 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  30.35 
 
 
423 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.33 
 
 
404 aa  126  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  30.59 
 
 
431 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  32.07 
 
 
418 aa  125  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.87 
 
 
404 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  27.69 
 
 
417 aa  124  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  31.78 
 
 
417 aa  124  3e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  30.62 
 
 
451 aa  124  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  30.32 
 
 
431 aa  124  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.94 
 
 
416 aa  123  5e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  26.8 
 
 
402 aa  122  8e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  31.1 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  31.1 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  31.1 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  31.1 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  31.1 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  29.72 
 
 
414 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  31.1 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  31.1 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  29.51 
 
 
418 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  25.41 
 
 
403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 
414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 
414 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 
414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  26.8 
 
 
402 aa  120  3e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  24.59 
 
 
430 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  31.02 
 
 
434 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  27.3 
 
 
401 aa  120  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  26.98 
 
 
401 aa  120  3e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  25.45 
 
 
412 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.54 
 
 
408 aa  120  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  27.02 
 
 
402 aa  120  6e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  31.4 
 
 
423 aa  120  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.59 
 
 
417 aa  119  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  27.79 
 
 
386 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  26.84 
 
 
407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  26.46 
 
 
399 aa  117  3e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  29.86 
 
 
416 aa  117  3e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  29.21 
 
 
421 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  25.14 
 
 
412 aa  116  6e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  28.76 
 
 
423 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  31.64 
 
 
445 aa  116  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 
445 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  30.94 
 
 
420 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  30 
 
 
419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  28.57 
 
 
414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  28.25 
 
 
414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 
435 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>