More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0136 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  100 
 
 
402 aa  818    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  89.55 
 
 
402 aa  746    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  68.41 
 
 
402 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  57.14 
 
 
404 aa  462  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.78 
 
 
411 aa  456  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  56.78 
 
 
415 aa  442  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.2 
 
 
410 aa  437  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  53.88 
 
 
416 aa  434  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.94 
 
 
410 aa  425  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.73 
 
 
412 aa  422  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.92 
 
 
411 aa  402  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.42 
 
 
414 aa  403  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  52.69 
 
 
408 aa  393  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.63 
 
 
408 aa  346  4e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.62 
 
 
409 aa  341  2e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.63 
 
 
404 aa  329  6e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.47 
 
 
413 aa  325  9e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.29 
 
 
431 aa  296  5e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.54 
 
 
428 aa  294  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.04 
 
 
429 aa  293  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.06 
 
 
430 aa  292  9e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.43 
 
 
416 aa  272  6e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.85 
 
 
419 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.41 
 
 
440 aa  250  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.64 
 
 
442 aa  248  9e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.64 
 
 
417 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.91 
 
 
414 aa  238  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.32 
 
 
415 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.4 
 
 
508 aa  208  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.5 
 
 
418 aa  188  2e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.54 
 
 
428 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.37 
 
 
416 aa  177  4e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  32.82 
 
 
413 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.75 
 
 
421 aa  169  9e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.31 
 
 
405 aa  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.93 
 
 
397 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  30.09 
 
 
429 aa  166  6.9999999999999995e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  31.17 
 
 
418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  30.59 
 
 
400 aa  164  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.47 
 
 
392 aa  163  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.49 
 
 
400 aa  160  4e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.51 
 
 
408 aa  160  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.49 
 
 
400 aa  160  4e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.95 
 
 
402 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  30.63 
 
 
402 aa  159  9e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 
420 aa  158  1e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  30.37 
 
 
402 aa  155  9e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 
403 aa  155  9e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.98 
 
 
388 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  30.08 
 
 
402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  33.83 
 
 
394 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  31.22 
 
 
407 aa  153  7e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  32.89 
 
 
402 aa  152  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  30.61 
 
 
418 aa  152  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  28.76 
 
 
412 aa  151  2e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  30.1 
 
 
399 aa  150  3e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  31.77 
 
 
416 aa  150  5e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  28.06 
 
 
419 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  31.2 
 
 
415 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  28.69 
 
 
401 aa  144  4e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  37.06 
 
 
484 aa  143  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  31.34 
 
 
416 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  30.96 
 
 
415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  29.47 
 
 
401 aa  140  3e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.33 
 
 
362 aa  141  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.95 
 
 
422 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  28.27 
 
 
403 aa  139  6e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  30.41 
 
 
421 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  30.27 
 
 
416 aa  139  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  27.83 
 
 
402 aa  139  7e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  31.18 
 
 
427 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  30.3 
 
 
414 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  30.92 
 
 
427 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  31.34 
 
 
414 aa  138  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  32.27 
 
 
429 aa  138  2e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  29.34 
 
 
445 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  28.32 
 
 
424 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  30.56 
 
 
430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  30.71 
 
 
421 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  30.46 
 
 
421 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  29.15 
 
 
434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  31.61 
 
 
422 aa  137  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.181053 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 
430 aa  137  4e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  30.7 
 
 
427 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  30.89 
 
 
421 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  29.32 
 
 
433 aa  136  8e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3940  diaminopimelate decarboxylase  29.22 
 
 
461 aa  135  9e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  30.79 
 
 
414 aa  135  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  27.79 
 
 
437 aa  135  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  30.03 
 
 
421 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  27.96 
 
 
407 aa  135  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  31.06 
 
 
419 aa  134  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  26.52 
 
 
433 aa  133  6e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  30.32 
 
 
394 aa  132  6.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  27.61 
 
 
414 aa  132  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.6 
 
 
392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  28.78 
 
 
418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  29.78 
 
 
425 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  28.31 
 
 
439 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>