More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6954 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
403 aa  816    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  53.11 
 
 
413 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.53 
 
 
397 aa  362  9e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.65 
 
 
405 aa  340  2e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.03 
 
 
408 aa  340  2.9999999999999998e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.8 
 
 
400 aa  328  8e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.8 
 
 
400 aa  328  8e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.41 
 
 
388 aa  313  2.9999999999999996e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  45.12 
 
 
402 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.94 
 
 
392 aa  289  6e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  43.32 
 
 
394 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  38.01 
 
 
400 aa  278  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  43.56 
 
 
398 aa  269  5e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.42 
 
 
373 aa  265  1e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.01 
 
 
362 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.17 
 
 
392 aa  252  7e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.06 
 
 
402 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  40.05 
 
 
418 aa  249  6e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  43.19 
 
 
396 aa  245  8e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.38 
 
 
421 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  38.33 
 
 
453 aa  217  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  35.87 
 
 
484 aa  213  4.9999999999999996e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  33.16 
 
 
402 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.29 
 
 
419 aa  162  9e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.8 
 
 
415 aa  160  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  33.94 
 
 
402 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.96 
 
 
430 aa  158  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.81 
 
 
411 aa  157  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  32.09 
 
 
415 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.62 
 
 
411 aa  154  4e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  31.25 
 
 
416 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  33.5 
 
 
402 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.62 
 
 
410 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.65 
 
 
429 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.52 
 
 
416 aa  146  6e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  32.99 
 
 
408 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.9 
 
 
418 aa  144  3e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.59 
 
 
404 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.52 
 
 
409 aa  140  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.42 
 
 
428 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.42 
 
 
431 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.41 
 
 
417 aa  139  8.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.55 
 
 
410 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.22 
 
 
413 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.3 
 
 
416 aa  134  3e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.89 
 
 
508 aa  133  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.91 
 
 
442 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.65 
 
 
440 aa  130  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.93 
 
 
412 aa  129  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.39 
 
 
428 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  26.87 
 
 
384 aa  127  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.3 
 
 
414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  26.65 
 
 
402 aa  126  7e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  26.65 
 
 
402 aa  126  7e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  27.86 
 
 
402 aa  125  1e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 
429 aa  123  6e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 
443 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  22.92 
 
 
382 aa  120  6e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  29.82 
 
 
419 aa  119  9e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  29.61 
 
 
414 aa  119  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  29.82 
 
 
419 aa  119  9e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  31.65 
 
 
414 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.9 
 
 
414 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  27.03 
 
 
416 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.09 
 
 
408 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  29.4 
 
 
414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  25.97 
 
 
416 aa  117  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.28 
 
 
404 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  29.71 
 
 
421 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  28.32 
 
 
416 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  29.44 
 
 
414 aa  116  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  28.99 
 
 
414 aa  116  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  26.53 
 
 
412 aa  116  6e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  29.44 
 
 
414 aa  116  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  29.44 
 
 
414 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  23.96 
 
 
420 aa  116  7.999999999999999e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  29.36 
 
 
443 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  25.75 
 
 
419 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  27.87 
 
 
430 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  29.18 
 
 
414 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  31.74 
 
 
422 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  29.32 
 
 
418 aa  114  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  26.56 
 
 
416 aa  114  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  29.65 
 
 
417 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  26.79 
 
 
417 aa  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  27.6 
 
 
382 aa  112  9e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  30.91 
 
 
430 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  24.93 
 
 
412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 
434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  27.51 
 
 
427 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  28.91 
 
 
417 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  29.38 
 
 
416 aa  111  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  26.02 
 
 
418 aa  110  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  31.98 
 
 
415 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  29.08 
 
 
414 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  29.07 
 
 
417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  26.9 
 
 
417 aa  110  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  27.51 
 
 
427 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  27.17 
 
 
417 aa  110  6e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  29.88 
 
 
421 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>