More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1043 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 382 aa  770    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  52.86 
 
 		 386 aa  414  1e-114  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  53.52 
 
 		 393 aa  412  1e-114  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  53.39 
 
 		 386 aa  412  1e-114  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  41.77 
 
 		 419 aa  287  2e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  40.81 
 
 		 427 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  38.11 
 
 		 416 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  40.55 
 
 		 427 aa  282  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  41.43 
 
 		 420 aa  281  1e-74  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  40.3 
 
 		 427 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  37.59 
 
 		 419 aa  280  4e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  39.65 
 
 		 443 aa  278  8e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  38.97 
 
 		 412 aa  278  1e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  41.67 
 
 		 401 aa  278  1e-73  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  39.69 
 
 		 415 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  39.69 
 
 		 415 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  40 
 
 		 422 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  36.62 
 
 		 434 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  39.09 
 
 		 417 aa  274  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  40.72 
 
 		 407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  37.06 
 
 		 417 aa  273  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  38.4 
 
 		 443 aa  273  4.0000000000000004e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  39.24 
 
 		 445 aa  273  4.0000000000000004e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  40.99 
 
 		 401 aa  271  2e-71  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  38.42 
 
 		 415 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  39.18 
 
 		 399 aa  270  4e-71  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  39.85 
 
 		 415 aa  269  7e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  39.43 
 
 		 402 aa  269  7e-71  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  37.5 
 
 		 415 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  37.5 
 
 		 415 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  39.07 
 
 		 417 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  37.76 
 
 		 415 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  38.92 
 
 		 402 aa  267  2.9999999999999995e-70  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  36.64 
 
 		 416 aa  266  5e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  37.91 
 
 		 415 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  37.24 
 
 		 418 aa  265  7e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  39.14 
 
 		 423 aa  265  1e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  36.96 
 
 		 422 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  38.66 
 
 		 423 aa  263  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  38.66 
 
 		 402 aa  263  3e-69  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  38.32 
 
 		 445 aa  263  3e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  38.68 
 
 		 415 aa  263  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  38.27 
 
 		 416 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  36.68 
 
 		 423 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  38.56 
 
 		 417 aa  262  6e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  38.92 
 
 		 418 aa  262  6.999999999999999e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  37.95 
 
 		 422 aa  262  8e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  37.28 
 
 		 419 aa  261  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  35.93 
 
 		 423 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  38.21 
 
 		 403 aa  260  3e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  37.56 
 
 		 414 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  37.63 
 
 		 414 aa  259  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  36.62 
 
 		 423 aa  259  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  38.54 
 
 		 414 aa  259  7e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  38.68 
 
 		 415 aa  258  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  39.15 
 
 		 412 aa  258  9e-68  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  38.21 
 
 		 420 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  38.75 
 
 		 427 aa  258  1e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  39.29 
 
 		 403 aa  258  1e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  36.64 
 
 		 414 aa  257  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  36.39 
 
 		 414 aa  258  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  38.4 
 
 		 418 aa  256  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  37.72 
 
 		 416 aa  257  3e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  36.98 
 
 		 414 aa  257  3e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  38.27 
 
 		 423 aa  256  3e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  36.59 
 
 		 423 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  36.13 
 
 		 414 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  36.13 
 
 		 414 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  36.13 
 
 		 414 aa  256  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  36.59 
 
 		 423 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  36.59 
 
 		 423 aa  256  5e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  36.59 
 
 		 423 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  38.52 
 
 		 415 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  36.59 
 
 		 423 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  37.69 
 
 		 419 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  36.59 
 
 		 423 aa  256  5e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  37.15 
 
 		 423 aa  256  5e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  37.44 
 
 		 420 aa  256  6e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  37.24 
 
 		 415 aa  255  8e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  37.63 
 
 		 422 aa  255  8e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  39.29 
 
 		 417 aa  255  8e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  37.69 
 
 		 415 aa  255  8e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  36.43 
 
 		 451 aa  255  9e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0515  diaminopimelate decarboxylase  37.38 
 
 		 436 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.843079  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  36.71 
 
 		 423 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  35.61 
 
 		 417 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  36.29 
 
 		 417 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  35.25 
 
 		 447 aa  254  2.0000000000000002e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  36.78 
 
 		 421 aa  253  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  35.44 
 
 		 415 aa  253  3e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  36.78 
 
 		 421 aa  253  3e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  37.22 
 
 		 416 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  37.78 
 
 		 422 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  36.02 
 
 		 422 aa  253  6e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  37.28 
 
 		 421 aa  253  6e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  35.75 
 
 		 423 aa  253  6e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  36.29 
 
 		 417 aa  252  6e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  35.25 
 
 		 431 aa  252  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  37.78 
 
 		 422 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  36.02 
 
 		 422 aa  252  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>