More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_09300 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 396 aa  797    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  76.59 
 
 		 394 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  60.05 
 
 		 392 aa  465  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  56.01 
 
 		 400 aa  449  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  59.95 
 
 		 398 aa  431  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.54 
 
 		 408 aa  398  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.52 
 
 		 421 aa  395  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  55.08 
 
 		 402 aa  394  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  51.16 
 
 		 413 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  48.49 
 
 		 418 aa  353  4e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.46 
 
 		 402 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.62 
 
 		 397 aa  348  8e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.58 
 
 		 400 aa  334  1e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.58 
 
 		 400 aa  334  1e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.26 
 
 		 373 aa  309  5e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.25 
 
 		 362 aa  299  6e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.78 
 
 		 405 aa  294  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.92 
 
 		 388 aa  285  1.0000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.19 
 
 		 403 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.01 
 
 		 392 aa  275  7e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  37.2 
 
 		 415 aa  195  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  37.21 
 
 		 484 aa  188  1e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.43 
 
 		 428 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.04 
 
 		 411 aa  177  4e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.04 
 
 		 410 aa  176  4e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.03 
 
 		 410 aa  176  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.59 
 
 		 431 aa  176  9e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.77 
 
 		 429 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.09 
 
 		 419 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.25 
 
 		 428 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  36.61 
 
 		 453 aa  172  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.66 
 
 		 411 aa  171  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.28 
 
 		 415 aa  169  6e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  33.94 
 
 		 416 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  36.15 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.25 
 
 		 413 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.64 
 
 		 430 aa  159  6e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.69 
 
 		 412 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.07 
 
 		 508 aa  157  4e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.05 
 
 		 409 aa  155  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.23 
 
 		 440 aa  155  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.11 
 
 		 416 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  31.65 
 
 		 402 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.36 
 
 		 442 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  31.91 
 
 		 414 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  32.88 
 
 		 418 aa  149  8e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  32.71 
 
 		 402 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4492  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  32.7 
 
 		 415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.799972  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  34.05 
 
 		 419 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  30.29 
 
 		 414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  34.05 
 
 		 419 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  31.73 
 
 		 416 aa  145  9e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  31.47 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.89 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  31.47 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  31.47 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  31.75 
 
 		 414 aa  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.38 
 
 		 417 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.54 
 
 		 414 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  31.75 
 
 		 421 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.47 
 
 		 414 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  30.67 
 
 		 414 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.03 
 
 		 404 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  31.64 
 
 		 434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.55 
 
 		 404 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.87 
 
 		 402 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 417 aa  140  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  31.59 
 
 		 423 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.07 
 
 		 408 aa  140  4.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  30.28 
 
 		 431 aa  139  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  31.47 
 
 		 414 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  29.83 
 
 		 421 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  28.65 
 
 		 417 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  29.33 
 
 		 414 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  31.32 
 
 		 423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  29.3 
 
 		 417 aa  137  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  29.56 
 
 		 421 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  29.56 
 
 		 421 aa  137  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  30.58 
 
 		 419 aa  136  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.09 
 
 		 414 aa  136  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.64 
 
 		 422 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  29.21 
 
 		 407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  29.81 
 
 		 417 aa  134  3e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  32.05 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  30.83 
 
 		 427 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  30.73 
 
 		 427 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  28.24 
 
 		 384 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  30.46 
 
 		 427 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  31.59 
 
 		 451 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.53 
 
 		 416 aa  133  5e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  28.73 
 
 		 412 aa  133  6.999999999999999e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  30.03 
 
 		 421 aa  132  7.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0666  diaminopimelate decarboxylase  27.6 
 
 		 434 aa  132  9e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  31.62 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  28.3 
 
 		 399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  31.3 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  28.41 
 
 		 421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  29.25 
 
 		 417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2183  Diaminopimelate decarboxylase  30.16 
 
 		 412 aa  130  3e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  27.82 
 
 		 417 aa  130  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>