More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0700 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 414 aa  825    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  76.11 
 
 		 412 aa  597  1e-169  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  71.01 
 
 		 415 aa  586  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  62.65 
 
 		 410 aa  511  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  62.75 
 
 		 411 aa  510  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  61.82 
 
 		 416 aa  504  1e-141  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  60.15 
 
 		 410 aa  499  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.05 
 
 		 411 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  58.45 
 
 		 408 aa  451  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.86 
 
 		 404 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  52.42 
 
 		 402 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  53.02 
 
 		 402 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  52.86 
 
 		 402 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.3 
 
 		 409 aa  369  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.76 
 
 		 408 aa  366  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.88 
 
 		 413 aa  368  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.64 
 
 		 404 aa  327  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.28 
 
 		 430 aa  306  3e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.07 
 
 		 429 aa  282  9e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.46 
 
 		 431 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.3 
 
 		 416 aa  280  3e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.96 
 
 		 428 aa  278  9e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.16 
 
 		 419 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.65 
 
 		 414 aa  258  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.38 
 
 		 442 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.39 
 
 		 440 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.81 
 
 		 415 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.93 
 
 		 417 aa  239  5e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.4 
 
 		 508 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.69 
 
 		 428 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.24 
 
 		 416 aa  188  1e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.49 
 
 		 388 aa  184  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.51 
 
 		 397 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.55 
 
 		 418 aa  178  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  35.34 
 
 		 413 aa  177  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.27 
 
 		 392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.92 
 
 		 400 aa  171  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.92 
 
 		 400 aa  171  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.1 
 
 		 405 aa  169  9e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  31.45 
 
 		 400 aa  167  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.17 
 
 		 421 aa  164  3e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  32.26 
 
 		 399 aa  161  2e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  33.6 
 
 		 418 aa  160  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  30.3 
 
 		 412 aa  160  5e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.85 
 
 		 408 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  32.79 
 
 		 407 aa  158  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  31.28 
 
 		 402 aa  157  4e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  30.34 
 
 		 447 aa  155  1e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  32.18 
 
 		 401 aa  155  1e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.1 
 
 		 402 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  31.02 
 
 		 402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  31.02 
 
 		 402 aa  153  4e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 421 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  31.25 
 
 		 429 aa  153  5e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  31 
 
 		 430 aa  153  5.9999999999999996e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  34.74 
 
 		 402 aa  152  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  32.88 
 
 		 394 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  31.36 
 
 		 416 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  34.04 
 
 		 394 aa  151  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  30.49 
 
 		 420 aa  150  4e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  34.1 
 
 		 421 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 		 421 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  32.68 
 
 		 422 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  34.31 
 
 		 484 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  30.36 
 
 		 433 aa  147  5e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.51 
 
 		 373 aa  146  8.000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  33.67 
 
 		 421 aa  145  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 		 430 aa  145  1e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 398 aa  145  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  31.28 
 
 		 429 aa  145  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  34.4 
 
 		 425 aa  145  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  33.08 
 
 		 421 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.98 
 
 		 362 aa  145  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  28.12 
 
 		 419 aa  145  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4395  decarboxylase domain-containing protein  56.52 
 
 		 171 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  32.58 
 
 		 422 aa  144  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  33.66 
 
 		 421 aa  143  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  30.61 
 
 		 403 aa  142  9e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  33 
 
 		 421 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  31.58 
 
 		 427 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  28.33 
 
 		 384 aa  140  4.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  32.76 
 
 		 421 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  30.68 
 
 		 425 aa  140  6e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  30.42 
 
 		 401 aa  139  7e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  32.51 
 
 		 414 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  31.34 
 
 		 427 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  29.27 
 
 		 418 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.96 
 
 		 422 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  31.03 
 
 		 415 aa  138  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 		 417 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  30.98 
 
 		 422 aa  138  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.78 
 
 		 392 aa  138  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  29.06 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  30.45 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 		 427 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  32.2 
 
 		 423 aa  137  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  29.56 
 
 		 417 aa  136  5e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  31.46 
 
 		 416 aa  137  5e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  31.82 
 
 		 421 aa  137  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  28.88 
 
 		 417 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>