More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4492 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4492  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
415 aa  853    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.799972  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  29.87 
 
 
413 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.81 
 
 
392 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.1 
 
 
419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  29.76 
 
 
400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.12 
 
 
428 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.32 
 
 
442 aa  137  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  31.17 
 
 
394 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.77 
 
 
411 aa  136  8e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.33 
 
 
431 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.97 
 
 
402 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.89 
 
 
428 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.64 
 
 
429 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  29.13 
 
 
402 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.58 
 
 
411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  31.21 
 
 
396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.82 
 
 
440 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.34 
 
 
414 aa  132  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.85 
 
 
397 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  29.77 
 
 
402 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  32.5 
 
 
445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.43 
 
 
421 aa  127  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.76 
 
 
405 aa  125  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.89 
 
 
400 aa  124  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.57 
 
 
430 aa  124  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.89 
 
 
400 aa  124  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  29.09 
 
 
416 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  29.05 
 
 
402 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.27 
 
 
410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.12 
 
 
408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.36 
 
 
416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.19 
 
 
388 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  27.11 
 
 
418 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.49 
 
 
414 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  28.17 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.31 
 
 
508 aa  119  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.05 
 
 
418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.83 
 
 
417 aa  117  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  27.87 
 
 
421 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0402  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  30.39 
 
 
868 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  28.82 
 
 
427 aa  117  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  28.45 
 
 
415 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.37 
 
 
416 aa  117  5e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.69 
 
 
409 aa  117  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0461  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  30.21 
 
 
868 aa  116  6e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.94 
 
 
410 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  26.58 
 
 
422 aa  116  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  27.82 
 
 
425 aa  116  8.999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  28.17 
 
 
415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.8 
 
 
404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 
416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  29.62 
 
 
415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  28.17 
 
 
415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.4 
 
 
413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  29.31 
 
 
422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  29.33 
 
 
415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  30 
 
 
415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  27.59 
 
 
415 aa  113  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  26.85 
 
 
418 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  29.72 
 
 
415 aa  113  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  29.62 
 
 
417 aa  112  9e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  30.72 
 
 
415 aa  112  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.72 
 
 
412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  28.39 
 
 
420 aa  112  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  29.12 
 
 
416 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.27 
 
 
414 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  30.23 
 
 
415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  28.87 
 
 
394 aa  111  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  26.27 
 
 
386 aa  110  3e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  27.86 
 
 
445 aa  111  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  28.02 
 
 
434 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  28.9 
 
 
433 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  29.29 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  29.09 
 
 
850 aa  110  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  27.2 
 
 
431 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3116  diaminopimelate decarboxylase  27.89 
 
 
424 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0675356 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  27.2 
 
 
431 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.89 
 
 
415 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1011  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  29.67 
 
 
864 aa  109  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.834007  normal  0.825142 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.14 
 
 
392 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.79 
 
 
373 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  26.68 
 
 
422 aa  108  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  28.65 
 
 
419 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17190  diaminopimelate decarboxylase  26.55 
 
 
395 aa  107  4e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.479032  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  26.27 
 
 
386 aa  107  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  27.59 
 
 
427 aa  106  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  27.94 
 
 
415 aa  106  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  24.35 
 
 
384 aa  106  9e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0669  diaminopimelate decarboxylase  27.44 
 
 
428 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.478543  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  29.79 
 
 
418 aa  106  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0299  diaminopimelate decarboxylase  26.15 
 
 
417 aa  105  2e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000126182  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  24.56 
 
 
420 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.14 
 
 
362 aa  104  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 
416 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  26.53 
 
 
402 aa  103  4e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  26.58 
 
 
408 aa  103  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  29.03 
 
 
415 aa  103  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  28.76 
 
 
417 aa  103  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  27.99 
 
 
421 aa  103  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  27.11 
 
 
417 aa  103  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>