More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_17190 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_17190  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 395 aa  816    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.479032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2183  Diaminopimelate decarboxylase  35.96 
 
 		 412 aa  246  6e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.77 
 
 		 431 aa  172  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.28 
 
 		 428 aa  172  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.53 
 
 		 429 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30 
 
 		 416 aa  161  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.5 
 
 		 417 aa  160  4e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.12 
 
 		 508 aa  155  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.33 
 
 		 388 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.65 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.69 
 
 		 440 aa  146  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.17 
 
 		 414 aa  143  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.26 
 
 		 428 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.93 
 
 		 412 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 		 416 aa  129  8.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11320  diaminopimelate decarboxylase lysA (dap decarboxylase)  27.36 
 
 		 447 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.18 
 
 		 410 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.84 
 
 		 397 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  27.39 
 
 		 415 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  30.18 
 
 		 413 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  27.55 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.23 
 
 		 419 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  28.29 
 
 		 417 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.03 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  28.72 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  29.37 
 
 		 421 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.27 
 
 		 414 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  28.36 
 
 		 418 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  27.69 
 
 		 414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  27.69 
 
 		 416 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  25.32 
 
 		 400 aa  120  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  26.3 
 
 		 431 aa  120  6e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  25.34 
 
 		 418 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  27.94 
 
 		 414 aa  119  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.21 
 
 		 415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  26.05 
 
 		 431 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.65 
 
 		 418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.4 
 
 		 411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  27.72 
 
 		 418 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.42 
 
 		 411 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  24.88 
 
 		 421 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  27.44 
 
 		 402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  27.07 
 
 		 417 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  26.02 
 
 		 434 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.1 
 
 		 421 aa  116  5e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  27.2 
 
 		 421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1637  diaminopimelate decarboxylase  27.51 
 
 		 460 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00899819  normal  0.731678 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  26.88 
 
 		 414 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  26.2 
 
 		 418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.13 
 
 		 392 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1229  diaminopimelate decarboxylase  25.86 
 
 		 453 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.972871  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  27.72 
 
 		 402 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  27.53 
 
 		 414 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.25 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.89 
 
 		 410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  27.39 
 
 		 408 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  27.64 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  25.55 
 
 		 420 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  23.62 
 
 		 419 aa  113  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  27.37 
 
 		 414 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2425  diaminopimelate decarboxylase  27.14 
 
 		 461 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.131973  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  26.83 
 
 		 417 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  28.03 
 
 		 414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  28.03 
 
 		 414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  28.03 
 
 		 414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  28.03 
 
 		 414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  27.35 
 
 		 414 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  26.33 
 
 		 435 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0485  diaminopimelate decarboxylase  25.55 
 
 		 420 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5579  diaminopimelate decarboxylase  25.75 
 
 		 451 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  25.25 
 
 		 422 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.25 
 
 		 413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  24.46 
 
 		 421 aa  111  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  26.6 
 
 		 421 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  25.75 
 
 		 422 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  25.43 
 
 		 445 aa  111  3e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  26.42 
 
 		 417 aa  111  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  27.59 
 
 		 423 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  26.72 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  27.08 
 
 		 414 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  27.73 
 
 		 415 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  28.31 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4349  diaminopimelate decarboxylase  26.68 
 
 		 476 aa  110  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344454  normal  0.204157 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 		 417 aa  109  8.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  26.35 
 
 		 421 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.15 
 
 		 408 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  28.08 
 
 		 414 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  26.52 
 
 		 416 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.77 
 
 		 404 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.23 
 
 		 400 aa  109  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.23 
 
 		 400 aa  109  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  28.57 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  27.35 
 
 		 414 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  27.41 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  28.57 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  25.32 
 
 		 427 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  27.88 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  26.33 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  24.51 
 
 		 414 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  27.41 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>