More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_3096 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
394 aa  784    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  76.59 
 
 
396 aa  534  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  58.31 
 
 
392 aa  468  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  56.52 
 
 
400 aa  449  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.58 
 
 
421 aa  419  1e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  59.01 
 
 
398 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  54.8 
 
 
402 aa  402  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  55.1 
 
 
408 aa  393  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  50.65 
 
 
413 aa  353  4e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.47 
 
 
402 aa  345  8e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  46.48 
 
 
418 aa  335  9e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.83 
 
 
397 aa  334  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.46 
 
 
400 aa  330  2e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.46 
 
 
400 aa  330  2e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.31 
 
 
405 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.07 
 
 
373 aa  301  1e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.32 
 
 
403 aa  294  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.22 
 
 
388 aa  288  1e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.52 
 
 
362 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.47 
 
 
392 aa  272  9e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.03 
 
 
428 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.01 
 
 
431 aa  186  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  37.28 
 
 
484 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.37 
 
 
410 aa  182  9.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  36.68 
 
 
415 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 
429 aa  180  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.9 
 
 
410 aa  180  4e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.43 
 
 
411 aa  177  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.22 
 
 
411 aa  177  3e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  34.73 
 
 
416 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.31 
 
 
419 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.27 
 
 
508 aa  170  4e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  34.08 
 
 
402 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  34 
 
 
402 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  33.78 
 
 
402 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.89 
 
 
404 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.72 
 
 
415 aa  161  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  36.57 
 
 
453 aa  160  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  34.85 
 
 
408 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.22 
 
 
417 aa  157  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.27 
 
 
428 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4492  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  32.16 
 
 
415 aa  149  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.799972  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.15 
 
 
430 aa  149  9e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.42 
 
 
412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.51 
 
 
414 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  32.71 
 
 
419 aa  146  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  32.71 
 
 
419 aa  146  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.8 
 
 
413 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.41 
 
 
404 aa  144  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.56 
 
 
416 aa  142  9e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35 
 
 
409 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.21 
 
 
408 aa  139  7e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.25 
 
 
418 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  31.35 
 
 
414 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  31.45 
 
 
414 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  32 
 
 
414 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.8 
 
 
440 aa  134  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  28.07 
 
 
417 aa  133  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  31.73 
 
 
414 aa  133  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2183  Diaminopimelate decarboxylase  29.02 
 
 
412 aa  132  9e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  31.13 
 
 
423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  32 
 
 
414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  30.52 
 
 
414 aa  130  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  29.63 
 
 
414 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  27.08 
 
 
417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  29.14 
 
 
416 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  26.83 
 
 
399 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  31.03 
 
 
416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  30.69 
 
 
434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.77 
 
 
414 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  30.21 
 
 
423 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  29.33 
 
 
445 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 
418 aa  127  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  29.89 
 
 
427 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  30.22 
 
 
423 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.29 
 
 
442 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  32.08 
 
 
418 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  31.59 
 
 
451 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  30.75 
 
 
414 aa  126  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 
423 aa  126  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 
423 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  29.01 
 
 
421 aa  126  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  25.42 
 
 
419 aa  126  8.000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 
423 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 
423 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 
423 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  29.95 
 
 
423 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  31.78 
 
 
382 aa  125  1e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  25.81 
 
 
401 aa  125  1e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  27.49 
 
 
417 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  25.68 
 
 
402 aa  124  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  29.3 
 
 
427 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  25.68 
 
 
402 aa  124  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  28.19 
 
 
423 aa  123  4e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  29.14 
 
 
421 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  28.73 
 
 
384 aa  124  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  26.95 
 
 
417 aa  123  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  27.85 
 
 
416 aa  124  4e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  29.03 
 
 
427 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  22.97 
 
 
412 aa  123  5e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>