More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0552 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0552  ABC transporter related  100 
 
 		 236 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.933539 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0507  efflux ABC transporter ATP-binding protein  93.64 
 
 		 236 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.843726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0542  ABC transporter related  92.37 
 
 		 236 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.855318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0560  ABC transporter related  91.1 
 
 		 236 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.206066  normal  0.575191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5026  ABC transporter-like  81.7 
 
 		 236 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0682  ABC transporter, ATP-binding protein  80.95 
 
 		 236 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4470  ABC transporter  80.95 
 
 		 236 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.991602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3864  ABC transporter related  80.08 
 
 		 235 aa  351  5e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06640  ABC transporter, ATP-binding component  78.14 
 
 		 215 aa  319  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.523965  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1038  ABC transporter ATP-binding protein  75.11 
 
 		 234 aa  318  6e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11310  ABC transporter ATP-binding protein  75.11 
 
 		 234 aa  317  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.440508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1564  ABC transporter related  60.45 
 
 		 249 aa  248  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2131  ABC transporter, ATP-binding protein  58.15 
 
 		 238 aa  243  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001700  ABC-type antimicrobial peptide transport system ATPase component  54.55 
 
 		 242 aa  239  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00773  hypothetical protein  52.84 
 
 		 242 aa  234  7e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0705  ABC transporter related  56.28 
 
 		 232 aa  231  5e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.349974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3395  ABC transporter related  54.67 
 
 		 239 aa  231  7.000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.502723  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3494  ABC transporter related  57.39 
 
 		 241 aa  231  7.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1826  putative ATP-binding component of ABC transporter  57.64 
 
 		 236 aa  227  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3558  ABC transporter-related protein  55.32 
 
 		 243 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.171808 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0427  ABC transporter, ATP-binding protein  54.15 
 
 		 229 aa  222  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.9166  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3431  ABC transporter related  51.14 
 
 		 237 aa  205  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2158  ABC transporter related  53.54 
 
 		 226 aa  199  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.605751 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1972  ABC transporter ATP-binding protein  47.16 
 
 		 247 aa  195  6e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0306  ABC transporter related  49.54 
 
 		 284 aa  186  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03781  ABC transporter, ATP-binding protein  46.43 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3107  ABC transporter related  44.74 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000083288  normal  0.565906 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1291  ABC transporter component  46.08 
 
 		 221 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1813  ABC transporter, ATP-binding protein  39.74 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.519348  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3904  ABC transporter related  39.09 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.233959 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1966  ABC transporter related protein  41.04 
 
 		 233 aa  149  4e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0254088  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0493  ABC transporter-related protein  38.33 
 
 		 224 aa  148  8e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2131  ABC transporter, ATP-binding protein  42.92 
 
 		 238 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.152618  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4228  ABC transporter related  37.73 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0274229 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2147  ABC transporter related  40.1 
 
 		 252 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.852094 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1393  ABC transporter related  41.13 
 
 		 230 aa  145  7.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0223  ABC transporter related  38.39 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0225  ABC transporter related  38.39 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1718  ABC transporter ATP-binding protein  44.71 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.529173  normal  0.324708 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3918  ABC transporter related  39.22 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.333313  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0276  ABC transporter related protein  38.5 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1689  ABC transporter related protein  39.82 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0942959 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4112  ABC transporter related protein  40.69 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.39261  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2172  ABC transporter, ATP-binding protein  38.26 
 
 		 222 aa  142  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003050  ABC-type antimicrobial peptide transport system ATPase component  38.16 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0791  ABC transporter, ATP-binding protein  40.85 
 
 		 220 aa  141  8e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.271834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1862  ABC transporter related  44.23 
 
 		 236 aa  141  9e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000203223 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2348  ABC transporter, ATP-binding protein  41.18 
 
 		 238 aa  141  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.378115  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1450  ABC transporter, ATP-binding protein  41.18 
 
 		 238 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.100396  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3799  ABC exporter ATP-binding subunit, DevA family  40.29 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3362  ABC transporter, ATP-binding protein  41.18 
 
 		 238 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.793068  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2309  ABC transporter, ATP-binding protein  41.18 
 
 		 238 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2619  ABC transporter related  43.59 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.512871  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1943  ABC transporter, ATP-binding protein  41.18 
 
 		 238 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3750  ABC exporter ATP-binding subunit, DevA family  40.29 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1217  ABC transporter, ATP-binding protein  41.18 
 
 		 238 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2216  ABC transporter-related protein  39.5 
 
 		 233 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22614 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1529  ABC transporter related  43.75 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.177051 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1755  ABC transporter related  32.02 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0195851  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2467  ABC transporter, ATP-binding protein  41.18 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0035  ABC transporter related  38.38 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02834  hypothetical protein  38.05 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2317  ABC transporter ATP-binding protein  40.87 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0467206  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3638  ABC transporter-like  36.4 
 
 		 250 aa  139  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3452  ABC transporter related  40.87 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0356163  hitchhiker  0.0000197884 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1340  ABC transporter related  38.96 
 
 		 644 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0607  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  38.29 
 
 		 237 aa  139  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0064  ABC transporter-related protein  35.09 
 
 		 222 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.283331  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1759  ABC transporter related  40.87 
 
 		 227 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0432501  hitchhiker  0.0000000000939298 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0308  ABC transporter ATP-binding protein  36.96 
 
 		 237 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0332817 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2931  ABC transporter related  36.4 
 
 		 228 aa  138  6e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000152083  normal  0.599943 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0939  ABC transporter related  41.84 
 
 		 224 aa  138  6e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.2553  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1919  ABC transporter related  40.43 
 
 		 227 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000203037  hitchhiker  0.000000000000141091 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2437  ABC transporter related  40 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0908  ABC transporter related  37.72 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0060  ABC transporter related  37.44 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0442  ABC transporter related  41.95 
 
 		 305 aa  137  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0818201  normal  0.869538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5400  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  41.92 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1913  ABC transporter related  38.5 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.598774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0669  ABC transporter related  38.76 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0028  ABC transporter related protein  40 
 
 		 628 aa  137  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2425  ABC transporter related  37.89 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3550  ABC transporter related protein  44.28 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4480  ABC transporter related  41 
 
 		 217 aa  137  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.859777  normal  0.280923 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3710  ABC transporter related  40.59 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0267  ABC transporter related  40.49 
 
 		 277 aa  136  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.481305  normal  0.0672685 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1000  ABC transporter-related protein  37.99 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286652 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2241  ABC transporter related  40.45 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0103221  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4127  ABC transporter related  39 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.330151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5642  ABC transporter related protein  41.86 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.109368 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0257  ABC transporter related  44.02 
 
 		 222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2590  ABC transporter related  36.19 
 
 		 234 aa  136  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2214  ABC transporter, ATPase subunit  39.62 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6457  ABC transporter related  39.37 
 
 		 259 aa  135  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.394794 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4034  ABC transporter related  37.61 
 
 		 236 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.530357  normal  0.188181 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4354  ABC transporter related  42 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2288  ABC transporter, ATPase subunit  38.26 
 
 		 228 aa  135  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.979484  normal  0.103299 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1252  ABC transporter related  36.12 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.252759 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1100  ABC transporter related  39.73 
 
 		 235 aa  135  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1672  ABC transporter related  39.61 
 
 		 217 aa  135  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0501975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>