More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1564 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1564  ABC transporter related  100 
 
 		 249 aa  501  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3395  ABC transporter related  65.79 
 
 		 239 aa  288  5.0000000000000004e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.502723  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3558  ABC transporter-related protein  63.29 
 
 		 243 aa  279  3e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.171808 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0507  efflux ABC transporter ATP-binding protein  61.26 
 
 		 236 aa  252  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.843726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0542  ABC transporter related  60.81 
 
 		 236 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.855318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0552  ABC transporter related  60.81 
 
 		 236 aa  251  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.933539 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1826  putative ATP-binding component of ABC transporter  63.18 
 
 		 236 aa  250  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0560  ABC transporter related  59.21 
 
 		 236 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.206066  normal  0.575191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5026  ABC transporter-like  57.33 
 
 		 236 aa  240  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2131  ABC transporter, ATP-binding protein  53.48 
 
 		 238 aa  236  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00773  hypothetical protein  52.49 
 
 		 242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4470  ABC transporter  56.25 
 
 		 236 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.991602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0705  ABC transporter related  54.05 
 
 		 232 aa  233  3e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.349974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001700  ABC-type antimicrobial peptide transport system ATPase component  51.53 
 
 		 242 aa  231  6e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3864  ABC transporter related  58.18 
 
 		 235 aa  230  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0682  ABC transporter, ATP-binding protein  55.36 
 
 		 236 aa  228  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06640  ABC transporter, ATP-binding component  57.89 
 
 		 215 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.523965  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3494  ABC transporter related  53.62 
 
 		 241 aa  222  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1038  ABC transporter ATP-binding protein  54.35 
 
 		 234 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11310  ABC transporter ATP-binding protein  54.04 
 
 		 234 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.440508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3431  ABC transporter related  48.87 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0427  ABC transporter, ATP-binding protein  46.02 
 
 		 229 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.9166  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1972  ABC transporter ATP-binding protein  44.05 
 
 		 247 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0306  ABC transporter related  44.93 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03781  ABC transporter, ATP-binding protein  39 
 
 		 254 aa  175  7e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2158  ABC transporter related  48.89 
 
 		 226 aa  171  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.605751 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3904  ABC transporter related  40.83 
 
 		 230 aa  151  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.233959 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3918  ABC transporter related  39.91 
 
 		 230 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.333313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1813  ABC transporter, ATP-binding protein  43.08 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.519348  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4112  ABC transporter related protein  39.45 
 
 		 230 aa  149  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.39261  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0939  ABC transporter related  42.57 
 
 		 224 aa  149  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.2553  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1966  ABC transporter related protein  41.01 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0254088  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1919  ABC transporter related  44.16 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000203037  hitchhiker  0.000000000000141091 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4228  ABC transporter related  38.99 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0274229 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3452  ABC transporter related  42.93 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0356163  hitchhiker  0.0000197884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2317  ABC transporter ATP-binding protein  42.93 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0467206  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1759  ABC transporter related  42.93 
 
 		 227 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0432501  hitchhiker  0.0000000000939298 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0607  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  39.37 
 
 		 237 aa  142  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0964  ABC transporter related  38.61 
 
 		 241 aa  142  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1291  ABC transporter component  38.6 
 
 		 221 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0723  ABC transporter, ATP-binding protein  42.86 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000098011  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1809  ABC transporter, ATP-binding protein  38.21 
 
 		 235 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.596439  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2238  hypothetical protein  41.92 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5154  ABC transporter related  43.01 
 
 		 245 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6019  ABC transporter related  38.74 
 
 		 219 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6457  ABC transporter related  39.91 
 
 		 259 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.394794 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25580  ABC-type antimicrobial peptide transport system, ATPase component  40.61 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.470855  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29510  ABC-type antimicrobial peptide transport system, ATPase component  39.32 
 
 		 250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2210  hypothetical protein  40.91 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3022  ABC transporter related  40.18 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000385784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2644  ABC transporter, ATP-binding protein  38.46 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0570  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.33 
 
 		 228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.661781 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0560  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.33 
 
 		 228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1689  ABC transporter related protein  42.79 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0942959 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0127  ABC transporter related  39.8 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713745  normal  0.982283 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0553  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.33 
 
 		 228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00446  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  41.15 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3115  ABC transporter related protein  41.15 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1291  lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD  43.72 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.286185 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1393  ABC transporter related  40.82 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0544  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.15 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0534  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.15 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3121  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.15 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114112 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0599  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.15 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.962067 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00451  hypothetical protein  41.15 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0573  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.15 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0430  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.15 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.811195  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0035  ABC transporter related  37.63 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12101  ABC transporter for amino acids, ATP binding component  42.65 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27150  ABC transporter ATP-binding protein  40.87 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.358472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1211  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  38.53 
 
 		 225 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3710  ABC transporter related  40.32 
 
 		 255 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0555  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.33 
 
 		 228 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0550  ABC transporter related  39.58 
 
 		 224 aa  132  5e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0929666  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3107  ABC transporter related  37.56 
 
 		 224 aa  132  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000083288  normal  0.565906 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0614  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  41.33 
 
 		 228 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2540  ABC transporter related  38.61 
 
 		 241 aa  132  6e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.656818  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1041  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  38.33 
 
 		 249 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.658094 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1758  ABC transporter related  40.93 
 
 		 241 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0223  ABC transporter related  42.27 
 
 		 225 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0225  ABC transporter related  42.27 
 
 		 225 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2309  ABC transporter ATP-binding protein  41.05 
 
 		 237 aa  131  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0709631  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0218  ABC transporter related  38.12 
 
 		 231 aa  131  9e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.489811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1366  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  37.67 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1123  ABC transporter related  40.82 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0137163  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6782  ABC transporter related  40.36 
 
 		 225 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1173  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  38.14 
 
 		 230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.659944  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3192  ABC transporter related protein  40.82 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.110755  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1057  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  38.39 
 
 		 242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.441915 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05802  ABC transporter ATP-binding protein  41.05 
 
 		 233 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2297  ABC transporter ATP-binding protein  41.62 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101815  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14241  ABC-type polar amino acid transport system, ATPase component  37.61 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2147  ABC transporter related  36.16 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.852094 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1629  ABC transporter related  41.4 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3264  ABC transporter related protein  38.79 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1806  ATPase  40.89 
 
 		 247 aa  129  3e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.842088 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1215  ABC transporter related protein  40 
 
 		 249 aa  129  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0198  ABC transporter related  41.55 
 
 		 251 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3983  ABC transporter related  40.59 
 
 		 233 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07200  ABC-type antimicrobial peptide transport system, ATPase component  38.14 
 
 		 242 aa  129  3e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.408967  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>