More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3918 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3918  ABC transporter related  100 
 
 		 230 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.333313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4112  ABC transporter related protein  96.07 
 
 		 230 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.39261  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1291  ABC transporter component  50.92 
 
 		 221 aa  227  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6457  ABC transporter related  54.05 
 
 		 259 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.394794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3904  ABC transporter related  51.12 
 
 		 230 aa  222  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.233959 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4228  ABC transporter related  51.12 
 
 		 230 aa  218  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0274229 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0607  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  47.98 
 
 		 237 aa  213  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1759  ABC transporter related  44.84 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0432501  hitchhiker  0.0000000000939298 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1598  ABC transporter related  43.5 
 
 		 228 aa  171  6.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2317  ABC transporter ATP-binding protein  43.69 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0467206  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2425  ABC transporter related  42.92 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3452  ABC transporter related  43.24 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0356163  hitchhiker  0.0000197884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1919  ABC transporter related  43.44 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000203037  hitchhiker  0.000000000000141091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2297  ABC transporter ATP-binding protein  45.45 
 
 		 227 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101815  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5709  ABC transporter related  42.86 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0544  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  46.04 
 
 		 228 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27150  ABC transporter ATP-binding protein  44.95 
 
 		 227 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.358472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2067  ABC transporter  43.84 
 
 		 227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168595  normal  0.288661 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00446  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  46.46 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0573  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  46.46 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3115  ABC transporter related protein  46.46 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00451  hypothetical protein  46.46 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0534  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  46.46 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3121  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  46.46 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114112 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0430  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  46.46 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.811195  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0599  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  46.46 
 
 		 228 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.962067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2267  ABC transporter, ATP-binding protein  43.64 
 
 		 227 aa  162  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0167995  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0035  ABC transporter related  39.9 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0939  ABC transporter related  41.98 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.2553  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1400  ABC transporter, ATP-binding protein  45.18 
 
 		 219 aa  161  6e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2110  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein LolD  42.15 
 
 		 227 aa  161  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.327519  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2658  ABC transporter-related protein  45.02 
 
 		 227 aa  161  9e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7810  ABC transporter related  45.07 
 
 		 261 aa  160  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2174  lipoprotein releasing system ATP-binding protein  41.26 
 
 		 227 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638459  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1672  ABC transporter related  42.59 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0501975  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2147  ABC transporter related  43.96 
 
 		 252 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.852094 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02358  ABC transporter ATP-binding subunit  36.73 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000106167  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1836  ABC transporter related  44.12 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.175217 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1047  lipoprotein releasing system ATP-binding protein  39.29 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0939  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  39.29 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25440  putative lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  40.54 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3433  ABC transporter related protein  41.07 
 
 		 234 aa  159  4e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2288  ABC transporter, ATPase subunit  43.35 
 
 		 228 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.979484  normal  0.103299 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1905  ABC transporter  41.26 
 
 		 232 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.030671  hitchhiker  0.00477686 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1906  ABC transporter related  44.12 
 
 		 233 aa  158  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4015  ABC transporter-like  45.23 
 
 		 227 aa  158  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000527031  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0225  ABC transporter related  43.94 
 
 		 225 aa  158  8e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0223  ABC transporter related  43.94 
 
 		 225 aa  158  8e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3858  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  41.83 
 
 		 232 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.802026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2730  ABC transporter related  43.15 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0669  ABC transporter related  39.45 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1920  ABC transporter related  43.06 
 
 		 235 aa  156  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00773  hypothetical protein  39.81 
 
 		 242 aa  156  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2221  ABC transporter related  44.72 
 
 		 252 aa  156  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0541  ABC transporter related protein  41.78 
 
 		 233 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0553  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  45.96 
 
 		 228 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1941  ABC transporter related  42.45 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.462892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2361  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  40.18 
 
 		 227 aa  156  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0014315  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0570  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  45.96 
 
 		 228 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.661781 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0560  ABC transporter related  41.18 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.206066  normal  0.575191 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0560  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  45.96 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3983  ABC transporter related  41.48 
 
 		 233 aa  156  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0614  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  45.96 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1217  ABC transporter, ATP-binding protein  44.88 
 
 		 238 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2270  ABC transporter related  40.09 
 
 		 250 aa  155  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.42707  normal  0.355714 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3362  ABC transporter, ATP-binding protein  44.88 
 
 		 238 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.793068  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3212  cyclic nucleotide-binding protein  40.8 
 
 		 388 aa  155  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.868968  normal  0.113236 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1450  ABC transporter, ATP-binding protein  44.88 
 
 		 238 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.100396  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2309  ABC transporter, ATP-binding protein  44.88 
 
 		 238 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0550  ABC transporter related  41.12 
 
 		 224 aa  155  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0929666  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0081  ABC transporter, ATPase subunit  44.93 
 
 		 240 aa  155  4e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.00000000000000360668  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0253  ABC transporter related  45.05 
 
 		 229 aa  155  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.588254 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1943  ABC transporter, ATP-binding protein  44.88 
 
 		 238 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1250  putative ATP-binding component of a transport system  42.93 
 
 		 227 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.40949e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2348  ABC transporter, ATP-binding protein  44.88 
 
 		 238 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.378115  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001466  ABC transporter ATP-binding protein  44.72 
 
 		 238 aa  155  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0555  putative ABC transporter ATP-binding protein YbbA  45.96 
 
 		 228 aa  155  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05403  ABC transporter ATPase subunit  43.69 
 
 		 237 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2131  ABC transporter, ATP-binding protein  43.13 
 
 		 238 aa  155  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.152618  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1966  ABC transporter related protein  42.67 
 
 		 233 aa  155  6e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0254088  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1604  ABC transporter related  43.81 
 
 		 242 aa  155  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1073  ABC transporter related  40.21 
 
 		 231 aa  155  7e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0321  ABC transporter related  40.27 
 
 		 227 aa  155  7e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.549176 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1913  ABC transporter related  42.57 
 
 		 228 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.598774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1173  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  42.42 
 
 		 230 aa  154  8e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.659944  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0321  ABC transporter related  41.85 
 
 		 271 aa  154  9e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0586621 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14700  lipoprotein-releasing ABC transporter  43.27 
 
 		 232 aa  154  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.072484  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3993  ABC transporter related  44.39 
 
 		 260 aa  154  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222107  normal  0.622959 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1918  ABC transporter related  41.98 
 
 		 224 aa  154  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4362  ABC transporter related  44.39 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0073  ABC transporter related  39.46 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0776828 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2467  ABC transporter, ATP-binding protein  44.39 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6161  ABC transporter related  41.98 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.455478  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2155  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  39.73 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390667  normal  0.080358 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2238  hypothetical protein  38.81 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3445  ABC transporter, ATP-binding protein  42.65 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937681  hitchhiker  0.0000228782 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23060  ABC transporter ATP-binding protein  47.15 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2094  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  41.78 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0980636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1763  ABC transporter related protein  41.95 
 
 		 246 aa  154  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.261961  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0066  ABC transporter related  41.59 
 
 		 236 aa  153  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>