69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2505 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  100 
 
 		 541 aa  1063    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1614  P-type conjugative transfer protein TrbL  33.22 
 
 		 493 aa  144  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  35.23 
 
 		 647 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.85 
 
 		 463 aa  107  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  26.52 
 
 		 547 aa  104  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0056  conjugal transfer protein TrbL/VirB6  26.01 
 
 		 473 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1343  P-type conjugative transfer protein TrbL  27.78 
 
 		 589 aa  97.8  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.794081 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1642  conjugal transfer protein trbL, putative  27.78 
 
 		 589 aa  96.7  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.476386  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0251  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.35 
 
 		 563 aa  96.3  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  27.8 
 
 		 384 aa  95.9  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  25.72 
 
 		 398 aa  90.1  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2235  P-type conjugative transfer protein TrbL  30 
 
 		 456 aa  89.7  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  25.73 
 
 		 402 aa  88.6  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9653  conjugal transfer protein TrbL  26.54 
 
 		 368 aa  79  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.912606  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  25.44 
 
 		 426 aa  76.3  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4694  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.32 
 
 		 443 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4264  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.09 
 
 		 577 aa  72.4  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.121202  decreased coverage  0.00233607 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6625  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.09 
 
 		 572 aa  72  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5488  conjugal transfer protein TrbL  27.06 
 
 		 382 aa  72  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0710712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6512  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.09 
 
 		 572 aa  72  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  22.09 
 
 		 534 aa  71.6  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15540  putative mating pair formation protein TrbL  24.9 
 
 		 540 aa  67  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145282  unclonable  1.75241e-21 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8328  conjugal transfer protein TrbL  26.17 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169501  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2536  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.02 
 
 		 532 aa  60.5  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.804219  hitchhiker  0.0000361128 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  25 
 
 		 463 aa  60.5  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  22.46 
 
 		 437 aa  60.1  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  29.46 
 
 		 456 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  30 
 
 		 460 aa  59.7  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  31.78 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  31.01 
 
 		 457 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.1 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  29.46 
 
 		 459 aa  58.2  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  29.46 
 
 		 461 aa  58.2  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  26.11 
 
 		 457 aa  58.2  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  29.46 
 
 		 457 aa  57.4  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  28.68 
 
 		 459 aa  56.2  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  30.23 
 
 		 464 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  25.2 
 
 		 454 aa  55.1  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  30.23 
 
 		 460 aa  55.1  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.95 
 
 		 387 aa  55.1  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  28.68 
 
 		 461 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  27.91 
 
 		 450 aa  53.9  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1718  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  21.79 
 
 		 550 aa  53.5  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685182  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  29.13 
 
 		 483 aa  53.5  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  27.91 
 
 		 450 aa  53.5  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  22.89 
 
 		 436 aa  53.1  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  27.91 
 
 		 450 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.58 
 
 		 409 aa  51.2  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  25.63 
 
 		 461 aa  50.8  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  25.6 
 
 		 426 aa  50.8  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  26.56 
 
 		 457 aa  50.4  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  24.4 
 
 		 418 aa  50.4  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  30.23 
 
 		 457 aa  50.4  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  24.37 
 
 		 429 aa  48.5  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  26 
 
 		 450 aa  48.5  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  24.06 
 
 		 438 aa  48.5  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  25 
 
 		 431 aa  47.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  25.55 
 
 		 387 aa  47.4  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  26.11 
 
 		 440 aa  47  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  26.11 
 
 		 439 aa  47  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4643  conjugal transfer protein  40.91 
 
 		 323 aa  46.6  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.846302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  27.48 
 
 		 444 aa  45.4  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0601  conjugal transfer protein TrbL  24.12 
 
 		 407 aa  45.4  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  23.83 
 
 		 468 aa  45.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  25.62 
 
 		 401 aa  44.3  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  23.83 
 
 		 454 aa  44.3  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  28.93 
 
 		 449 aa  44.3  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  25.35 
 
 		 449 aa  43.9  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  24 
 
 		 450 aa  43.9  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>