71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1478 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 		 450 aa  855    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  85.02 
 
 		 452 aa  604  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  74.89 
 
 		 454 aa  570  1e-161  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  74.39 
 
 		 450 aa  569  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  74.83 
 
 		 448 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  77.26 
 
 		 451 aa  553  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  76.55 
 
 		 450 aa  550  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  76.55 
 
 		 450 aa  543  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  74.61 
 
 		 449 aa  542  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  76.11 
 
 		 439 aa  535  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  76.37 
 
 		 449 aa  535  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  74.84 
 
 		 453 aa  533  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  74.84 
 
 		 453 aa  533  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  73.05 
 
 		 440 aa  528  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  72.35 
 
 		 450 aa  528  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  72.73 
 
 		 451 aa  507  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  60.13 
 
 		 454 aa  462  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  63.9 
 
 		 431 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  62.56 
 
 		 401 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  79.85 
 
 		 436 aa  421  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  80.14 
 
 		 390 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  57.4 
 
 		 407 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  53.83 
 
 		 419 aa  399  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  59.76 
 
 		 414 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  66.91 
 
 		 420 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  50.11 
 
 		 468 aa  372  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  55.1 
 
 		 461 aa  356  3.9999999999999996e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  65.95 
 
 		 438 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  66.79 
 
 		 429 aa  342  7e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  62.96 
 
 		 418 aa  340  2e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0601  conjugal transfer protein TrbL  66.79 
 
 		 407 aa  341  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  63.37 
 
 		 444 aa  341  2e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  62.54 
 
 		 457 aa  338  8e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  49.65 
 
 		 450 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  48.68 
 
 		 450 aa  337  2.9999999999999997e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  63 
 
 		 463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  66.92 
 
 		 457 aa  335  1e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  67.3 
 
 		 426 aa  332  6e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  61.17 
 
 		 457 aa  328  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  61.17 
 
 		 456 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  61.17 
 
 		 450 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 459 aa  326  5e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  60.44 
 
 		 459 aa  326  6e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  60.44 
 
 		 460 aa  324  2e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 461 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  59.34 
 
 		 461 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  61.17 
 
 		 460 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  44.49 
 
 		 387 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  60.81 
 
 		 464 aa  309  5e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  60.44 
 
 		 457 aa  309  9e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  60.81 
 
 		 457 aa  308  1.0000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 		 460 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  59.85 
 
 		 387 aa  302  8.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  46.19 
 
 		 449 aa  301  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  39.11 
 
 		 437 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  35.32 
 
 		 426 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  33.11 
 
 		 391 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  32.59 
 
 		 396 aa  121  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  31.34 
 
 		 483 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.62 
 
 		 409 aa  100  8e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1488  conjugal transfer protein; TrbL  60.42 
 
 		 70 aa  63.2  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.89 
 
 		 463 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  24.14 
 
 		 402 aa  52.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  25.7 
 
 		 384 aa  52.4  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  27.96 
 
 		 398 aa  50.8  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  23.08 
 
 		 647 aa  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  25.42 
 
 		 541 aa  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  25.82 
 
 		 547 aa  47.8  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  27.13 
 
 		 534 aa  47  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1175  hypothetical protein  21.62 
 
 		 527 aa  45.8  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9653  conjugal transfer protein TrbL  27.04 
 
 		 368 aa  45.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.912606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>