66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_30880 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 
456 aa  882    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  92.39 
 
 
460 aa  627  1e-178  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  91.72 
 
 
459 aa  588  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  90.85 
 
 
459 aa  579  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  78.95 
 
 
450 aa  573  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  89.68 
 
 
461 aa  568  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  78.29 
 
 
450 aa  560  1e-158  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  89.8 
 
 
461 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  83.26 
 
 
460 aa  544  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  81.21 
 
 
463 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  84.46 
 
 
457 aa  533  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  76.97 
 
 
450 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  82.83 
 
 
460 aa  528  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  72.87 
 
 
457 aa  528  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  78.77 
 
 
457 aa  516  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  81.25 
 
 
464 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  83.59 
 
 
457 aa  508  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  73.74 
 
 
444 aa  502  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  56.48 
 
 
387 aa  444  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  62.54 
 
 
454 aa  358  9e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  49.67 
 
 
450 aa  353  4e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  49.89 
 
 
454 aa  347  3e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  63.84 
 
 
414 aa  343  5e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  51.01 
 
 
452 aa  334  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  48.31 
 
 
450 aa  332  6e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  49.67 
 
 
451 aa  332  7.000000000000001e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  47.56 
 
 
450 aa  323  3e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  47.27 
 
 
448 aa  323  4e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  48.12 
 
 
439 aa  323  6e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  59.78 
 
 
420 aa  322  9.000000000000001e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  47.03 
 
 
401 aa  319  6e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  61.82 
 
 
440 aa  317  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  45.19 
 
 
468 aa  317  3e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  61.3 
 
 
436 aa  315  8e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  49.44 
 
 
453 aa  315  9.999999999999999e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  49.44 
 
 
453 aa  315  9.999999999999999e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  46.71 
 
 
449 aa  313  5.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  48.75 
 
 
449 aa  312  9e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 
387 aa  311  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  50.11 
 
 
457 aa  312  1e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  59.29 
 
 
450 aa  311  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  60 
 
 
450 aa  310  4e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0601  conjugal transfer protein TrbL  61.79 
 
 
407 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  61.05 
 
 
431 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  49.05 
 
 
461 aa  306  6e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  60.36 
 
 
429 aa  304  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  58.21 
 
 
390 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  45.35 
 
 
419 aa  300  5e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  59.33 
 
 
451 aa  297  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  49.38 
 
 
407 aa  296  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  53.9 
 
 
418 aa  287  4e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  46.32 
 
 
449 aa  280  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  55.6 
 
 
426 aa  276  4e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  53.79 
 
 
438 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  36.53 
 
 
426 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  35.04 
 
 
437 aa  155  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  34.09 
 
 
391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  32.34 
 
 
396 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  29.3 
 
 
483 aa  117  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.62 
 
 
409 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.88 
 
 
463 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  29.46 
 
 
541 aa  57.8  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.16 
 
 
394 aa  55.8  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.05 
 
 
647 aa  55.8  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  26.32 
 
 
402 aa  47  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  23.08 
 
 
384 aa  45.8  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>