70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_A3573 on replicon NC_007515
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  100 
 
 
483 aa  928    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  39.56 
 
 
391 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  35.31 
 
 
468 aa  145  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  29.47 
 
 
387 aa  133  7.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  33.45 
 
 
401 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  32 
 
 
450 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  31.64 
 
 
450 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  32.26 
 
 
451 aa  130  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  30.91 
 
 
450 aa  130  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  32.73 
 
 
450 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  32.49 
 
 
453 aa  128  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  32.49 
 
 
453 aa  128  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  28.73 
 
 
450 aa  127  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  30.58 
 
 
448 aa  127  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  32 
 
 
452 aa  127  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  29.82 
 
 
449 aa  126  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  31.27 
 
 
440 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  30.8 
 
 
438 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  30.91 
 
 
454 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  33.83 
 
 
396 aa  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  30.63 
 
 
457 aa  125  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  32.09 
 
 
418 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  30.11 
 
 
429 aa  124  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  31.27 
 
 
439 aa  124  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  31.27 
 
 
449 aa  123  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  29.78 
 
 
450 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  30.66 
 
 
450 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0601  conjugal transfer protein TrbL  30.47 
 
 
407 aa  119  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  31.02 
 
 
457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  30.29 
 
 
450 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  30.18 
 
 
444 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  34.23 
 
 
409 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  32.93 
 
 
461 aa  117  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  30.94 
 
 
407 aa  116  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  31 
 
 
414 aa  116  8.999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  30.26 
 
 
420 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  29.56 
 
 
460 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  29.3 
 
 
456 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  30.91 
 
 
390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  29.56 
 
 
457 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  28.31 
 
 
461 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  28.47 
 
 
460 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  28.04 
 
 
463 aa  115  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  30.37 
 
 
419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  29.2 
 
 
459 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  29.28 
 
 
457 aa  113  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  28.83 
 
 
459 aa  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  29.74 
 
 
451 aa  113  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  30.29 
 
 
460 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  29.2 
 
 
457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  29.75 
 
 
449 aa  113  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  31.27 
 
 
464 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  30.47 
 
 
426 aa  110  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.23 
 
 
437 aa  110  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  28.47 
 
 
461 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  29.21 
 
 
431 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  30.37 
 
 
436 aa  107  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  29.34 
 
 
426 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  28.62 
 
 
387 aa  101  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  27.5 
 
 
454 aa  100  8e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  27.02 
 
 
394 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.64 
 
 
647 aa  65.1  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4694  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.23 
 
 
443 aa  63.5  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  25.9 
 
 
547 aa  62.8  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  24.5 
 
 
534 aa  57.8  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1614  P-type conjugative transfer protein TrbL  29.23 
 
 
493 aa  57.8  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1175  hypothetical protein  22.17 
 
 
527 aa  55.5  0.000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  30.88 
 
 
541 aa  53.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  23.7 
 
 
463 aa  50.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1718  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  23.22 
 
 
550 aa  43.9  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>