69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0150 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 		 439 aa  829    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  89.77 
 
 		 440 aa  630  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  73.23 
 
 		 448 aa  543  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  70.89 
 
 		 450 aa  540  9.999999999999999e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  75.29 
 
 		 452 aa  536  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  75.22 
 
 		 450 aa  536  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  74.22 
 
 		 451 aa  527  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  69.37 
 
 		 454 aa  517  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  73.21 
 
 		 449 aa  512  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  72.44 
 
 		 450 aa  511  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  70.67 
 
 		 449 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  72.79 
 
 		 453 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  72.79 
 
 		 453 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  70.44 
 
 		 450 aa  500  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  67.78 
 
 		 450 aa  486  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  67.63 
 
 		 451 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  60.49 
 
 		 436 aa  457  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  59.42 
 
 		 454 aa  447  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  63.66 
 
 		 431 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  62.24 
 
 		 390 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  62.01 
 
 		 401 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  58.65 
 
 		 407 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  54.13 
 
 		 419 aa  389  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  56.25 
 
 		 414 aa  386  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  65.45 
 
 		 420 aa  376  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  47.64 
 
 		 468 aa  355  8.999999999999999e-97  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  64.87 
 
 		 438 aa  348  1e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  66.43 
 
 		 429 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  50.11 
 
 		 461 aa  340  4e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  61.62 
 
 		 418 aa  337  1.9999999999999998e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  62.19 
 
 		 457 aa  336  3.9999999999999995e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  62.27 
 
 		 444 aa  335  1e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  49.78 
 
 		 450 aa  333  4e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  66.16 
 
 		 457 aa  333  5e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  66.54 
 
 		 426 aa  330  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  48.12 
 
 		 450 aa  330  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  61.17 
 
 		 463 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 459 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  48.94 
 
 		 450 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 		 456 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  59.34 
 
 		 457 aa  321  1.9999999999999998e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  58.61 
 
 		 459 aa  319  6e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 460 aa  318  1e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  58.61 
 
 		 461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  58.24 
 
 		 461 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 460 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 		 457 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 464 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  59.34 
 
 		 457 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  59.85 
 
 		 387 aa  303  5.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  58.97 
 
 		 460 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  43.92 
 
 		 387 aa  302  8.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  45.6 
 
 		 449 aa  295  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  39.63 
 
 		 437 aa  183  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  36.43 
 
 		 426 aa  164  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.14 
 
 		 391 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.85 
 
 		 396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  29.96 
 
 		 483 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.25 
 
 		 409 aa  99.8  9e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  26.53 
 
 		 384 aa  53.5  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  24.14 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.57 
 
 		 463 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  27.65 
 
 		 547 aa  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  27.03 
 
 		 398 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1488  conjugal transfer protein; TrbL  60.47 
 
 		 70 aa  49.7  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  23.85 
 
 		 647 aa  48.9  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9653  conjugal transfer protein TrbL  27.16 
 
 		 368 aa  47.8  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.912606  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  26.11 
 
 		 541 aa  45.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  25.2 
 
 		 534 aa  45.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>