70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3200 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 		 440 aa  828    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  90.23 
 
 		 439 aa  625  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  72.93 
 
 		 448 aa  534  1e-150  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  70.13 
 
 		 450 aa  533  1e-150  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  72.52 
 
 		 452 aa  526  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  72.83 
 
 		 450 aa  523  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  72.73 
 
 		 451 aa  522  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  69.6 
 
 		 454 aa  518  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  73.23 
 
 		 453 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  73.23 
 
 		 453 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  71.43 
 
 		 449 aa  507  9.999999999999999e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  69.62 
 
 		 449 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  72.06 
 
 		 450 aa  504  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  69.84 
 
 		 450 aa  492  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  66.89 
 
 		 450 aa  481  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  66.52 
 
 		 451 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  61.12 
 
 		 436 aa  452  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  58.76 
 
 		 454 aa  439  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  61.96 
 
 		 431 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  60.14 
 
 		 390 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  61.78 
 
 		 401 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  55.86 
 
 		 407 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  69.26 
 
 		 414 aa  384  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  54.92 
 
 		 419 aa  385  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  64.84 
 
 		 420 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  48.5 
 
 		 468 aa  353  2.9999999999999997e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  64.16 
 
 		 438 aa  346  5e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  49.89 
 
 		 457 aa  342  5e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  66.06 
 
 		 429 aa  342  8e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0601  conjugal transfer protein TrbL  65.7 
 
 		 407 aa  341  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  53.75 
 
 		 461 aa  338  8e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  62.64 
 
 		 444 aa  338  9e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  60.94 
 
 		 418 aa  335  1e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  50.88 
 
 		 450 aa  332  1e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  61.54 
 
 		 463 aa  331  2e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  65.78 
 
 		 457 aa  331  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  66.16 
 
 		 426 aa  329  7e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 457 aa  325  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  60.44 
 
 		 450 aa  325  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 		 459 aa  324  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  60.44 
 
 		 456 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 		 450 aa  323  5e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  58.97 
 
 		 459 aa  322  8e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 		 460 aa  322  9.999999999999999e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  58.97 
 
 		 461 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  58.61 
 
 		 461 aa  317  4e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  44.14 
 
 		 387 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 		 460 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  60.44 
 
 		 457 aa  306  4.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 		 464 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 457 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  59.34 
 
 		 460 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  59.85 
 
 		 387 aa  303  4.0000000000000003e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  45.27 
 
 		 449 aa  288  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  39.63 
 
 		 437 aa  183  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  36.43 
 
 		 426 aa  164  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.14 
 
 		 391 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.85 
 
 		 396 aa  121  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  29.96 
 
 		 483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.57 
 
 		 409 aa  100  5e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.79 
 
 		 463 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  26.64 
 
 		 384 aa  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  24.14 
 
 		 402 aa  51.2  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  27.03 
 
 		 398 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  23.85 
 
 		 647 aa  49.3  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1175  hypothetical protein  22.76 
 
 		 527 aa  47.4  0.0005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9653  conjugal transfer protein TrbL  27.16 
 
 		 368 aa  47.4  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.912606  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  26.11 
 
 		 541 aa  45.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  24.01 
 
 		 534 aa  44.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  27.63 
 
 		 547 aa  43.1  0.01  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>