74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0167 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 
438 aa  830    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  52.18 
 
 
450 aa  378  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  52.21 
 
 
450 aa  378  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  52.05 
 
 
454 aa  372  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  51.61 
 
 
452 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  50.33 
 
 
448 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  62.72 
 
 
454 aa  366  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  66.42 
 
 
414 aa  366  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  49.67 
 
 
450 aa  362  6e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  66.79 
 
 
450 aa  361  2e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  67.38 
 
 
451 aa  359  5e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  65.7 
 
 
450 aa  358  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  66.43 
 
 
449 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  66.79 
 
 
453 aa  355  7.999999999999999e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  66.79 
 
 
453 aa  355  7.999999999999999e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  66.06 
 
 
449 aa  354  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  66.43 
 
 
390 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  65.78 
 
 
436 aa  348  9e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  64.98 
 
 
439 aa  348  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  68.03 
 
 
431 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  64.26 
 
 
440 aa  345  8e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  47.7 
 
 
407 aa  343  4e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  62.91 
 
 
420 aa  338  8e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  64.68 
 
 
451 aa  338  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  63.18 
 
 
418 aa  328  1.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  60.66 
 
 
419 aa  326  6e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  60.29 
 
 
429 aa  323  4e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  62.36 
 
 
457 aa  316  5e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  61.22 
 
 
426 aa  312  5.999999999999999e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  46.88 
 
 
450 aa  312  6.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  47.11 
 
 
450 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  55.79 
 
 
457 aa  306  7e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  47.11 
 
 
450 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  41.47 
 
 
468 aa  303  4.0000000000000003e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  57.14 
 
 
457 aa  303  5.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  56.04 
 
 
444 aa  299  7e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  55.68 
 
 
463 aa  297  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  42.37 
 
 
461 aa  294  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  42.92 
 
 
387 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  44.04 
 
 
456 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  54.21 
 
 
459 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  52.75 
 
 
459 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  44.77 
 
 
460 aa  282  7.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  53.48 
 
 
461 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  52.75 
 
 
461 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  54.65 
 
 
387 aa  277  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  53.48 
 
 
460 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  54.91 
 
 
457 aa  274  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  54.21 
 
 
464 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  53.85 
 
 
460 aa  273  6e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  52.38 
 
 
457 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  51.69 
 
 
449 aa  251  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  38.52 
 
 
437 aa  176  8e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  37.97 
 
 
426 aa  166  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  33.93 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  29.74 
 
 
483 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  33.58 
 
 
396 aa  119  9.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  29.63 
 
 
409 aa  103  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.28 
 
 
463 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  26.18 
 
 
647 aa  64.3  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  26.98 
 
 
534 aa  60.8  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  27.54 
 
 
547 aa  60.5  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.9 
 
 
394 aa  55.1  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  27.54 
 
 
398 aa  53.5  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  27.7 
 
 
384 aa  52.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  28.3 
 
 
402 aa  49.7  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  24.6 
 
 
541 aa  48.5  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2235  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.29 
 
 
456 aa  47.4  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0056  conjugal transfer protein TrbL/VirB6  23.5 
 
 
473 aa  47.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4264  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  25.09 
 
 
577 aa  47.4  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.121202  decreased coverage  0.00233607 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6625  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.46 
 
 
572 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6512  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.46 
 
 
572 aa  47  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9653  conjugal transfer protein TrbL  28.8 
 
 
368 aa  46.6  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.912606  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1488  conjugal transfer protein; TrbL  42.86 
 
 
70 aa  44.7  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>