60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3895 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 		 390 aa  739    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  73.96 
 
 		 401 aa  513  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  59.91 
 
 		 450 aa  472  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  66.2 
 
 		 431 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  61.52 
 
 		 454 aa  464  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  63.3 
 
 		 448 aa  463  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  61.2 
 
 		 450 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  65.69 
 
 		 407 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  61.54 
 
 		 451 aa  450  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  62.36 
 
 		 452 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  61.19 
 
 		 439 aa  440  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  61.43 
 
 		 450 aa  439  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  82.31 
 
 		 450 aa  438  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  82.67 
 
 		 449 aa  433  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  80.87 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  80.87 
 
 		 453 aa  424  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  55.95 
 
 		 419 aa  408  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  69.18 
 
 		 454 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  69.82 
 
 		 420 aa  391  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  64.75 
 
 		 418 aa  348  9e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  45.09 
 
 		 468 aa  346  4e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  63.6 
 
 		 457 aa  345  7e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0601  conjugal transfer protein TrbL  66.79 
 
 		 407 aa  343  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  66.06 
 
 		 429 aa  342  9e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  63 
 
 		 444 aa  340  4e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  49.87 
 
 		 387 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  47.99 
 
 		 450 aa  333  3e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  65.4 
 
 		 426 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  60.07 
 
 		 457 aa  311  1e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 460 aa  311  1e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 460 aa  310  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  58.24 
 
 		 461 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  57.88 
 
 		 461 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 457 aa  306  4.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  63.4 
 
 		 461 aa  302  5.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  57.25 
 
 		 387 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  54.34 
 
 		 449 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  38.38 
 
 		 437 aa  170  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  33.46 
 
 		 426 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.19 
 
 		 391 aa  122  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.25 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  29.59 
 
 		 483 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.41 
 
 		 409 aa  97.8  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  28.65 
 
 		 647 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  27.66 
 
 		 463 aa  60.1  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  43.28 
 
 		 436 aa  58.5  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1488  conjugal transfer protein; TrbL  65 
 
 		 70 aa  58.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  26.72 
 
 		 384 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  25.43 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  65.91 
 
 		 450 aa  50.8  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  27.66 
 
 		 398 aa  50.8  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  27.7 
 
 		 394 aa  49.3  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  25.59 
 
 		 547 aa  48.5  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  66.67 
 
 		 451 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  43.96 
 
 		 449 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9653  conjugal transfer protein TrbL  28.09 
 
 		 368 aa  47.4  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.912606  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  52.27 
 
 		 440 aa  47.4  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  24.02 
 
 		 534 aa  47  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1175  hypothetical protein  21.78 
 
 		 527 aa  45.4  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  36.15 
 
 		 457 aa  43.5  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>