68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1347 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 		 459 aa  891    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  96.08 
 
 		 459 aa  630  1e-179  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  91.72 
 
 		 456 aa  624  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  89.35 
 
 		 460 aa  610  1e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  81 
 
 		 450 aa  589  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  91.18 
 
 		 461 aa  588  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  93.04 
 
 		 461 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  80.39 
 
 		 450 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  87.8 
 
 		 460 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  87.36 
 
 		 457 aa  565  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  85.87 
 
 		 460 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  83.59 
 
 		 463 aa  555  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  86.85 
 
 		 464 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  81.7 
 
 		 457 aa  539  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  78.6 
 
 		 450 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  87.36 
 
 		 457 aa  535  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  73.02 
 
 		 457 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  74.78 
 
 		 444 aa  518  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  57.08 
 
 		 387 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  62.14 
 
 		 454 aa  361  2e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  50.45 
 
 		 454 aa  356  5.999999999999999e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  47.94 
 
 		 450 aa  355  7.999999999999999e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  63.1 
 
 		 414 aa  344  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  48.48 
 
 		 450 aa  342  7e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  50.11 
 
 		 452 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  50.22 
 
 		 451 aa  336  5.999999999999999e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  47.87 
 
 		 450 aa  324  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  47.06 
 
 		 450 aa  324  2e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  47.39 
 
 		 448 aa  324  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  48.18 
 
 		 419 aa  323  3e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  60.15 
 
 		 420 aa  323  6e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  60.36 
 
 		 440 aa  318  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  60.54 
 
 		 436 aa  318  2e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  47.3 
 
 		 449 aa  317  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  49.44 
 
 		 453 aa  316  5e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  49.44 
 
 		 453 aa  316  5e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  59.71 
 
 		 387 aa  315  8e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  44.3 
 
 		 468 aa  315  9.999999999999999e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  48.99 
 
 		 449 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  60.36 
 
 		 429 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  59.64 
 
 		 439 aa  313  3.9999999999999997e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0601  conjugal transfer protein TrbL  60.71 
 
 		 407 aa  313  5.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  59.27 
 
 		 450 aa  312  6.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  48.51 
 
 		 461 aa  309  9e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  60.3 
 
 		 431 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  58.93 
 
 		 401 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  59.7 
 
 		 451 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  58.21 
 
 		 390 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  53.9 
 
 		 418 aa  293  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  58.21 
 
 		 457 aa  293  4e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  56.62 
 
 		 407 aa  292  9e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  54.48 
 
 		 426 aa  278  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  53.43 
 
 		 438 aa  278  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  54.24 
 
 		 449 aa  273  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  35.06 
 
 		 426 aa  163  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  34.67 
 
 		 437 aa  159  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  32.14 
 
 		 391 aa  143  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.6 
 
 		 396 aa  122  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  28.83 
 
 		 483 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  29 
 
 		 409 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  25.59 
 
 		 463 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.79 
 
 		 647 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  29.46 
 
 		 541 aa  55.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  27.27 
 
 		 402 aa  50.1  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.22 
 
 		 394 aa  48.9  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  28.7 
 
 		 547 aa  47  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4694  P-type conjugative transfer protein TrbL  20.45 
 
 		 443 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  27.6 
 
 		 398 aa  45.1  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>