70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3535 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 		 431 aa  817    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  69.96 
 
 		 454 aa  487  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  65.18 
 
 		 450 aa  485  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  65.74 
 
 		 390 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  69.49 
 
 		 450 aa  479  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  65.85 
 
 		 448 aa  478  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  66.13 
 
 		 401 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  67.11 
 
 		 449 aa  476  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  68.08 
 
 		 449 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  67.67 
 
 		 452 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  68.3 
 
 		 450 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  69.04 
 
 		 451 aa  461  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  62.47 
 
 		 450 aa  460  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  63.88 
 
 		 439 aa  455  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  62.41 
 
 		 440 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  65.86 
 
 		 453 aa  451  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  65.86 
 
 		 453 aa  451  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  63.51 
 
 		 407 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  58.97 
 
 		 419 aa  437  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  83.33 
 
 		 450 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  82.53 
 
 		 451 aa  426  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  76.72 
 
 		 436 aa  420  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  60.05 
 
 		 414 aa  410  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  66.42 
 
 		 420 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  67.03 
 
 		 454 aa  384  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  52.05 
 
 		 444 aa  356  5.999999999999999e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4200  conjugal transfer protein TrbL  64.66 
 
 		 457 aa  355  6.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  68.36 
 
 		 438 aa  355  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  53.15 
 
 		 461 aa  352  5.9999999999999994e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2693  conjugal transfer protein TrbL  48.24 
 
 		 450 aa  351  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.300912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3500  conjugal transfer protein TrbL  49.65 
 
 		 450 aa  345  7e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  49.18 
 
 		 450 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  63.05 
 
 		 418 aa  342  9e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0601  conjugal transfer protein TrbL  66.3 
 
 		 407 aa  341  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  46.9 
 
 		 468 aa  340  2e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0432  conjugal transfer protein TrbL  63.24 
 
 		 457 aa  340  2.9999999999999998e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.8375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3994  conjugal transfer protein TrbL  65.94 
 
 		 429 aa  339  5e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.199092  normal  0.121156 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0732  conjugal transfer protein TrbL  62.13 
 
 		 463 aa  336  5.999999999999999e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  65.78 
 
 		 457 aa  335  7e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  48.28 
 
 		 387 aa  334  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  48.72 
 
 		 456 aa  334  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  65.02 
 
 		 426 aa  329  7e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1901  conjugal transfer protein TrbL  47.56 
 
 		 460 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1322  conjugal transfer protein TrbL  60.66 
 
 		 459 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  59.56 
 
 		 459 aa  325  1e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1556  conjugal transfer protein TrbL  59.56 
 
 		 461 aa  322  7e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000247967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3700  conjugal transfer protein TrbL  59.56 
 
 		 461 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.182482  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1288  conjugal transfer protein TrbL  60.66 
 
 		 460 aa  318  1e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2356  conjugal transfer protein TrbL  61.03 
 
 		 460 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144363  normal  0.293284 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2010  conjugal transfer protein TrbL  61.4 
 
 		 464 aa  317  3e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411126  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2578  conjugal transfer protein TrbL  60.29 
 
 		 457 aa  316  6e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35660  conjugal transfer protein TrbL  60.66 
 
 		 457 aa  313  2.9999999999999996e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  59.85 
 
 		 387 aa  310  2.9999999999999997e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  44.52 
 
 		 449 aa  290  3e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  38.89 
 
 		 437 aa  179  7e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  34.21 
 
 		 426 aa  157  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  31.27 
 
 		 396 aa  122  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  32.23 
 
 		 391 aa  121  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3573  Type IV secretory pathway TrbL components-like  29.21 
 
 		 483 aa  109  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0464734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  28.73 
 
 		 409 aa  106  7e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1488  conjugal transfer protein; TrbL  64 
 
 		 70 aa  62.4  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.49 
 
 		 463 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  24.39 
 
 		 647 aa  53.1  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  27.44 
 
 		 547 aa  50.8  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  25 
 
 		 541 aa  49.7  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  26.11 
 
 		 402 aa  48.5  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  25.49 
 
 		 534 aa  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  23.81 
 
 		 398 aa  47  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  23.04 
 
 		 394 aa  46.2  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  23.56 
 
 		 384 aa  45.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>