68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4563 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  100 
 
 		 384 aa  740    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  70.09 
 
 		 398 aa  466  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  67.76 
 
 		 402 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5488  conjugal transfer protein TrbL  67.03 
 
 		 382 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0710712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9653  conjugal transfer protein TrbL  69.15 
 
 		 368 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.912606  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8328  conjugal transfer protein TrbL  69.91 
 
 		 342 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169501  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  29.52 
 
 		 647 aa  99.8  7e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  28.24 
 
 		 534 aa  97.8  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  27.8 
 
 		 541 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.39 
 
 		 463 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4694  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.12 
 
 		 443 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1614  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.77 
 
 		 493 aa  88.2  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  27.18 
 
 		 547 aa  85.5  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6512  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.8 
 
 		 572 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6625  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.8 
 
 		 572 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4264  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.6 
 
 		 577 aa  79.7  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.121202  decreased coverage  0.00233607 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2536  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  30.04 
 
 		 532 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.804219  hitchhiker  0.0000361128 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1718  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  27.64 
 
 		 550 aa  78.6  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685182  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15540  putative mating pair formation protein TrbL  28.28 
 
 		 540 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145282  unclonable  1.75241e-21 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.68 
 
 		 394 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0056  conjugal transfer protein TrbL/VirB6  20.92 
 
 		 473 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2235  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.99 
 
 		 456 aa  64.3  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5370  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.34 
 
 		 437 aa  61.2  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228409  normal  0.443323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0693  conjugal transfer protein TrbL  28.38 
 
 		 451 aa  61.2  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2032  conjugal transfer protein TrbL  28.75 
 
 		 449 aa  58.9  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.176924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0251  P-type conjugative transfer protein TrbL  23.48 
 
 		 563 aa  59.3  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1007  conjugal transfer protein TrbL  26.52 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  26.64 
 
 		 450 aa  59.3  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3833  conjugal transfer protein TrbL  26.2 
 
 		 454 aa  58.2  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00915506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  29.32 
 
 		 418 aa  57.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7446  conjugal transfer protein TrbL  26.52 
 
 		 420 aa  57  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1188  conjugal transfer protein TrbL  28.26 
 
 		 453 aa  56.6  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3547  conjugal transfer protein TrbL  28.26 
 
 		 453 aa  56.6  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1343  P-type conjugative transfer protein TrbL  23.38 
 
 		 589 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.794081 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2318  conjugal transfer protein TrbL  25.71 
 
 		 448 aa  55.8  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.774569  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3092  conjugal transfer protein TrbL  26.2 
 
 		 450 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1642  conjugal transfer protein trbL, putative  23.11 
 
 		 589 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.476386  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3218  conjugal transfer protein TrbL  27.95 
 
 		 452 aa  55.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.191716  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  26.09 
 
 		 454 aa  55.5  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1505  conjugal transfer protein TrbL  26.29 
 
 		 401 aa  55.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2998  conjugal transfer protein TrbL  25.76 
 
 		 451 aa  54.3  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0743  conjugal transfer protein TrbL  27.35 
 
 		 450 aa  53.9  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3200  conjugal transfer protein TrbL  26.64 
 
 		 440 aa  53.9  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.460801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0150  conjugal transfer protein TrbL  26.64 
 
 		 439 aa  53.9  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1478  conjugal transfer protein TrbL  27.47 
 
 		 450 aa  53.9  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3370  conjugal transfer protein TrbL  25.75 
 
 		 407 aa  53.5  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3895  conjugal transfer protein TrbL  26.72 
 
 		 390 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.261118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7747  conjugal transfer protein TrbL  25.11 
 
 		 449 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0292615  normal  0.0769303 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5217  P-type conjugative transfer protein TrbL  27.81 
 
 		 426 aa  51.6  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0503  conjugal transfer protein TrbL  25.96 
 
 		 449 aa  51.6  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19353  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2884  conjugal transfer protein TrbL  26.96 
 
 		 450 aa  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.923893  normal  0.0750106 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0961  conjugal transfer protein TrbL  26.41 
 
 		 468 aa  50.8  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2608  conjugal transfer protein TrbL  27.39 
 
 		 457 aa  50.8  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  26.43 
 
 		 436 aa  50.1  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0167  conjugal transfer protein TrbL  27.78 
 
 		 438 aa  49.3  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.281494 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1840  conjugal transfer protein TrbL  25.32 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2905  conjugal transfer protein TrbL  25.54 
 
 		 444 aa  47.4  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2480  conjugal transfer protein TrbL  25.44 
 
 		 426 aa  47.4  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1714  P-type conjugative transfer protein TrbL  22.82 
 
 		 409 aa  46.6  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00575847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2352  P-type conjugative transfer protein TrbL  25.96 
 
 		 396 aa  46.2  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.366259  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30880  conjugal transfer protein TrbL  23.08 
 
 		 456 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015108  unclonable  5.46381e-22 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2346  P-type conjugative transfer protein TrbL  23.08 
 
 		 391 aa  46.2  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3535  conjugal transfer protein TrbL  23.56 
 
 		 431 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3697  conjugal transfer protein TrbL  28.75 
 
 		 461 aa  44.7  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2650  conjugal transfer protein TrbL  23.08 
 
 		 450 aa  43.9  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229686  normal  0.77675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1145  P-type conjugative transfer protein TrbL  25.67 
 
 		 387 aa  43.5  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1347  conjugal transfer protein TrbL  24.52 
 
 		 459 aa  43.1  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2094  conjugal transfer protein TrbL  25 
 
 		 414 aa  43.1  0.009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106471  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>