32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6625 on replicon NC_008385
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007337  Reut_D6512  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  100 
 
 		 572 aa  1092    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6625  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  100 
 
 		 572 aa  1092    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4264  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  95.32 
 
 		 577 aa  827    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.121202  decreased coverage  0.00233607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15540  putative mating pair formation protein TrbL  51.25 
 
 		 540 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145282  unclonable  1.75241e-21 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004334  conjugative transfer protein TrbL  52.94 
 
 		 534 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0056  conjugal transfer protein TrbL/VirB6  54.58 
 
 		 473 aa  305  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2646  P-type conjugative transfer protein TrbL  47.06 
 
 		 463 aa  295  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.740918  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1718  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  56.33 
 
 		 550 aa  285  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0685182  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2235  P-type conjugative transfer protein TrbL  55.41 
 
 		 456 aa  282  1e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2536  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  50.52 
 
 		 532 aa  265  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.804219  hitchhiker  0.0000361128 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4694  P-type conjugative transfer protein TrbL  26.44 
 
 		 443 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4643  conjugal transfer protein  48.75 
 
 		 323 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.846302  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0366  trbL protein  29.76 
 
 		 547 aa  120  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5382  conjugal transfer protein TrbL  28.32 
 
 		 402 aa  100  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0685398 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9261  conjugal transfer protein TrbL  29.3 
 
 		 398 aa  98.6  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.24282  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4563  conjugal transfer protein TrbL  27.54 
 
 		 384 aa  90.1  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87565  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2505  Type IV secretory pathway TrbL components-like protein  26.32 
 
 		 541 aa  88.6  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0763  P-type conjugative transfer protein TrbL  25.85 
 
 		 394 aa  85.5  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9653  conjugal transfer protein TrbL  29.37 
 
 		 368 aa  84.3  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.912606  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5488  conjugal transfer protein TrbL  28.36 
 
 		 382 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0710712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8328  conjugal transfer protein TrbL  28.57 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169501  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0395  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  30.81 
 
 		 647 aa  74.3  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1614  P-type conjugative transfer protein TrbL  22.96 
 
 		 493 aa  63.9  0.000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1433  putative plasmid conjugal transfer protein  41.58 
 
 		 124 aa  59.3  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1234  putative conjugal transfer protein TrbL  54.17 
 
 		 48 aa  54.7  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0251  P-type conjugative transfer protein TrbL  23.83 
 
 		 563 aa  50.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1343  P-type conjugative transfer protein TrbL  24.1 
 
 		 589 aa  49.3  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.794081 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2830  conjugal transfer protein TrbL  22.34 
 
 		 454 aa  48.9  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1642  conjugal transfer protein trbL, putative  24.1 
 
 		 589 aa  49.3  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.476386  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2273  conjugal transfer protein TrbL  25.17 
 
 		 418 aa  48.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0312  conjugal transfer protein TrbL  23.62 
 
 		 436 aa  47.4  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3857  conjugal transfer protein TrbL  21.65 
 
 		 450 aa  44.3  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0260483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>