More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2037 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2037  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  100 
 
 
477 aa  937    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0566594 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0893  RTX secretion protein D  56.81 
 
 
433 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2552  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  56.81 
 
 
433 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.768701  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0114  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  57.14 
 
 
433 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0685446  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2478  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  52.29 
 
 
440 aa  443  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0599642 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0138  type I secretion membrane fusion protein  50.81 
 
 
435 aa  438  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0434  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  45.35 
 
 
435 aa  350  2e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1113  ABC transporter membrane spanning protein (bacteriocin)  40.09 
 
 
462 aa  330  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2542  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  40.46 
 
 
446 aa  300  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3318  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  40.94 
 
 
447 aa  292  7e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1562  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  38.37 
 
 
440 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2544  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  39.71 
 
 
437 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.110449  normal  0.225812 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0801  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  38.5 
 
 
440 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2862  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  41.43 
 
 
455 aa  288  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2967  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  41.19 
 
 
448 aa  286  5e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.34356  normal  0.656863 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2740  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  41.19 
 
 
448 aa  286  5e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7140  HlyD family secretion protein  39.7 
 
 
446 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.706887  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1982  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  41.12 
 
 
448 aa  278  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1665  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  41.12 
 
 
448 aa  278  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195288  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3383  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  38.8 
 
 
435 aa  277  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0040  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  37.41 
 
 
492 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0639189  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0794  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  39.24 
 
 
433 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3025  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  37.53 
 
 
437 aa  266  7e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2977  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  37.26 
 
 
435 aa  264  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2513  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  38.95 
 
 
420 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4391  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  38.7 
 
 
438 aa  260  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.687432 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3973  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  36.99 
 
 
479 aa  259  7e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3225  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  35.92 
 
 
435 aa  257  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0458  sape  35.05 
 
 
427 aa  256  5e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00190667  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0275  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  35.75 
 
 
481 aa  253  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0246  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  33.96 
 
 
480 aa  250  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.777594  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02273  HlyD family secretion protein  34.81 
 
 
436 aa  247  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1563  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  37.74 
 
 
451 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.838754  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6291  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  37.78 
 
 
442 aa  243  7e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.702424  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4337  putative toxin/protease secretion system  34.3 
 
 
661 aa  239  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165043  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1281  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.08 
 
 
454 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0617  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35.86 
 
 
432 aa  231  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.290614  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0245  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  35.4 
 
 
446 aa  228  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0649  HlyD family secretion protein  31.31 
 
 
506 aa  228  2e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0155  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.73 
 
 
505 aa  227  3e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.353804  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1509  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  36.6 
 
 
471 aa  225  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2949  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.81 
 
 
447 aa  225  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0970  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.6 
 
 
505 aa  224  3e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.995954  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16250  Type I secretion membrane fusion protein  31.9 
 
 
441 aa  224  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2559  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  34.4 
 
 
446 aa  224  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1406  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.33 
 
 
441 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.575733  normal  0.479497 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3156  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  34.17 
 
 
446 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.55639 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4712  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.36 
 
 
473 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.531002  normal  0.0413693 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3355  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.56 
 
 
446 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242422  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3436  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.22 
 
 
471 aa  220  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0963  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.5 
 
 
447 aa  219  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0271  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.31 
 
 
457 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5906  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.81 
 
 
454 aa  216  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.418691  hitchhiker  0.00374749 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1817  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.73 
 
 
455 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000964329  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1760  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.86 
 
 
453 aa  214  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1640  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.42 
 
 
445 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.893315 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1724  metalloprotease secretion protein  37.23 
 
 
443 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1322  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  33.1 
 
 
458 aa  213  7.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20040  metalloprotease secretion protein  36.99 
 
 
443 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0389263  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1162  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.86 
 
 
460 aa  210  4e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.793756 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8003  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32 
 
 
460 aa  209  8e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1797  HlyD family secretion protein  32.4 
 
 
441 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250049  normal  0.0164192 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1346  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.39 
 
 
462 aa  208  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3834  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.18 
 
 
439 aa  206  9e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0519478  normal  0.0754142 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4813  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.96 
 
 
456 aa  204  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.474577  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0719  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.94 
 
 
438 aa  204  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5957  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  33.09 
 
 
445 aa  203  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1275  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.22 
 
 
460 aa  202  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0751929 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0934  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.47 
 
 
440 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0970473  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1556  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.05 
 
 
442 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05157  hypothetical protein  30.14 
 
 
446 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1706  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30.14 
 
 
431 aa  200  6e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001279  membrane-fusion protein  30.2 
 
 
446 aa  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3886  putative RTX secretion protein D  31.75 
 
 
447 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.652406  normal  0.810853 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2906  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.01 
 
 
442 aa  195  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4324  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.48 
 
 
449 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3587  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.51 
 
 
408 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.50636  normal  0.508963 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3995  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.6 
 
 
449 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4006  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.3 
 
 
471 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48100  alkaline protease secretion protein AprE  31.03 
 
 
432 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00322213 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0939  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.06 
 
 
494 aa  187  5e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2600  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.46 
 
 
444 aa  186  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2108  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.05 
 
 
448 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4335  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.66 
 
 
443 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526899  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0584  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.2 
 
 
455 aa  182  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.767498  normal  0.0809109 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4145  alkaline protease secretion protein AprE  30.42 
 
 
432 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3329  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.12 
 
 
417 aa  182  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.40218  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3160  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30.59 
 
 
445 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22456  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2681  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.93 
 
 
449 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293137 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1408  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.24 
 
 
452 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1643  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.98 
 
 
453 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0064  putative type I secretion protein, HlyD family  26.94 
 
 
429 aa  169  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1597  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.5 
 
 
443 aa  167  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.362914  normal  0.115374 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4927  secretion protein HlyD  31.26 
 
 
349 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6075  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.71 
 
 
474 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0374496  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6372  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.71 
 
 
474 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.17068  normal  0.732434 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2495  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.45 
 
 
436 aa  157  5.0000000000000005e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.848242  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1876  HlyD family secretion protein  30.03 
 
 
475 aa  154  5e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.111027 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4141  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.76 
 
 
460 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.504346  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1976  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.76 
 
 
448 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>