More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4712 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4712  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  100 
 
 
473 aa  944    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.531002  normal  0.0413693 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3436  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  67.13 
 
 
471 aa  610  1e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0040  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.96 
 
 
492 aa  264  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0639189  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2544  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  36.59 
 
 
437 aa  257  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.110449  normal  0.225812 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2977  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  35.25 
 
 
435 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3225  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  34.79 
 
 
435 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0246  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.66 
 
 
480 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.777594  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2967  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  33.03 
 
 
448 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.34356  normal  0.656863 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2740  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.03 
 
 
448 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3383  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.94 
 
 
435 aa  238  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0275  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31.67 
 
 
481 aa  237  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2542  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  33.33 
 
 
446 aa  237  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0794  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.42 
 
 
433 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2862  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.78 
 
 
455 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2513  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.69 
 
 
420 aa  234  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3318  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.75 
 
 
447 aa  230  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3973  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.5 
 
 
479 aa  229  7e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4391  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35.05 
 
 
438 aa  228  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.687432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7140  HlyD family secretion protein  31.09 
 
 
446 aa  227  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.706887  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02273  HlyD family secretion protein  30.22 
 
 
436 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3025  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.76 
 
 
437 aa  226  8e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2037  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.36 
 
 
477 aa  224  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0566594 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0939  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.16 
 
 
494 aa  225  2e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05157  hypothetical protein  32.38 
 
 
446 aa  224  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16250  Type I secretion membrane fusion protein  30.48 
 
 
441 aa  224  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0934  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.37 
 
 
440 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0970473  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0719  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.38 
 
 
438 aa  223  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0064  putative type I secretion protein, HlyD family  28.83 
 
 
429 aa  223  9e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2949  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.1 
 
 
447 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0970  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.88 
 
 
505 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.995954  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1406  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.61 
 
 
441 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.575733  normal  0.479497 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4335  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.11 
 
 
443 aa  217  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526899  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0617  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.13 
 
 
432 aa  216  5e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.290614  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001279  membrane-fusion protein  30.82 
 
 
446 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2478  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.94 
 
 
440 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0599642 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4337  putative toxin/protease secretion system  29.41 
 
 
661 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165043  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6291  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.9 
 
 
442 aa  213  7.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.702424  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0801  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30 
 
 
440 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0963  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.48 
 
 
447 aa  211  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0138  type I secretion membrane fusion protein  29.6 
 
 
435 aa  211  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1797  HlyD family secretion protein  29.27 
 
 
441 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250049  normal  0.0164192 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0155  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.19 
 
 
505 aa  210  4e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.353804  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1275  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.95 
 
 
460 aa  210  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0751929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3886  putative RTX secretion protein D  30.84 
 
 
447 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.652406  normal  0.810853 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5957  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.91 
 
 
445 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1562  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.21 
 
 
440 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0271  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.01 
 
 
457 aa  204  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0649  HlyD family secretion protein  27.61 
 
 
506 aa  203  7e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4813  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.32 
 
 
456 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.474577  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3995  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.48 
 
 
449 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4324  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31.49 
 
 
449 aa  201  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2600  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.72 
 
 
444 aa  200  5e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1563  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.3 
 
 
451 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.838754  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1322  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.78 
 
 
458 aa  199  9e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1509  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.62 
 
 
471 aa  199  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1162  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.73 
 
 
460 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.793756 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8003  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.25 
 
 
460 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4006  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.91 
 
 
471 aa  195  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3160  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30.34 
 
 
445 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22456  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2681  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.01 
 
 
449 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293137 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1640  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.86 
 
 
445 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.893315 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48100  alkaline protease secretion protein AprE  28.95 
 
 
432 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00322213 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2552  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.79 
 
 
433 aa  194  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.768701  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0893  RTX secretion protein D  29.79 
 
 
433 aa  194  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1665  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.71 
 
 
448 aa  194  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195288  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4145  alkaline protease secretion protein AprE  28.3 
 
 
432 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3587  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.17 
 
 
408 aa  194  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.50636  normal  0.508963 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1982  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.71 
 
 
448 aa  193  7e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1120  HlyD family protein secretion protein , membrane fusion protein  33.65 
 
 
433 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.121585  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0114  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  29.76 
 
 
433 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0685446  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2782  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.65 
 
 
433 aa  192  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.316985 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0458  sape  28.1 
 
 
427 aa  191  2e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00190667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3329  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.66 
 
 
417 aa  190  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.40218  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3834  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.26 
 
 
439 aa  190  5e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0519478  normal  0.0754142 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1706  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.05 
 
 
431 aa  189  8e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5906  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.07 
 
 
454 aa  189  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.418691  hitchhiker  0.00374749 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1817  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.44 
 
 
455 aa  187  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000964329  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1346  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.59 
 
 
462 aa  187  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1643  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.03 
 
 
453 aa  186  6e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1760  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.14 
 
 
453 aa  183  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0245  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29 
 
 
446 aa  183  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0584  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.52 
 
 
455 aa  182  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.767498  normal  0.0809109 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1556  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.23 
 
 
442 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1113  ABC transporter membrane spanning protein (bacteriocin)  25.83 
 
 
462 aa  178  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2108  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.38 
 
 
448 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20040  metalloprotease secretion protein  28.94 
 
 
443 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0389263  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1281  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.01 
 
 
454 aa  177  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2906  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.96 
 
 
442 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1724  metalloprotease secretion protein  28.31 
 
 
443 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0434  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.56 
 
 
435 aa  172  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3355  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.97 
 
 
446 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242422  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2559  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.44 
 
 
446 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3156  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.44 
 
 
446 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.55639 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2437  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.57 
 
 
428 aa  167  4e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1408  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.55 
 
 
452 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2495  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.28 
 
 
436 aa  165  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.848242  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3260  HlyD family secretion protein  26.47 
 
 
460 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4083  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.29 
 
 
442 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0133  HlyD family hemolysin secretion protein  27.53 
 
 
442 aa  160  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0743  metalloprotease secretion protein  27.94 
 
 
389 aa  159  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.554659  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>