More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1408 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1408  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  100 
 
 
452 aa  899    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1724  metalloprotease secretion protein  50.88 
 
 
443 aa  415  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20040  metalloprotease secretion protein  51.97 
 
 
443 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0389263  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2108  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  47.74 
 
 
448 aa  405  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1556  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  47.9 
 
 
442 aa  392  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4083  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  50.7 
 
 
442 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3891  HlyD family hemolysin secretion protein  50.47 
 
 
442 aa  389  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.76201 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0133  HlyD family hemolysin secretion protein  50.47 
 
 
442 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2906  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  47.89 
 
 
442 aa  383  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4145  alkaline protease secretion protein AprE  47.66 
 
 
432 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1281  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  43.9 
 
 
454 aa  377  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48100  alkaline protease secretion protein AprE  46.12 
 
 
432 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00322213 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1597  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  45.56 
 
 
443 aa  360  3e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.362914  normal  0.115374 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2681  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  45.43 
 
 
449 aa  359  6e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000293137 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3160  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  44.99 
 
 
445 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22456  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3329  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.37 
 
 
417 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.40218  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2559  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  40.38 
 
 
446 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3156  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  40.38 
 
 
446 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.55639 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3355  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  39.91 
 
 
446 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242422  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1346  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  36.78 
 
 
462 aa  279  7e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0584  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  38.91 
 
 
455 aa  276  7e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.767498  normal  0.0809109 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0040  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  35.59 
 
 
492 aa  270  4e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0639189  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16250  Type I secretion membrane fusion protein  35.03 
 
 
441 aa  263  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0719  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  36.81 
 
 
438 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1643  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  38.52 
 
 
453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4927  secretion protein HlyD  35.8 
 
 
349 aa  249  5e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0934  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  34.7 
 
 
440 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0970473  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1406  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.41 
 
 
441 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.575733  normal  0.479497 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1797  HlyD family secretion protein  32.95 
 
 
441 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250049  normal  0.0164192 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1817  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.49 
 
 
455 aa  225  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.000000000964329  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1747  secretion protein HlyD family protein  33.56 
 
 
393 aa  223  4e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.570517  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0380  secretion protein HlyD family protein  34.82 
 
 
393 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000127057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4337  putative toxin/protease secretion system  32.02 
 
 
661 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165043  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0458  sape  29.77 
 
 
427 aa  220  3.9999999999999997e-56  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00190667  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0155  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.03 
 
 
505 aa  219  6e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.353804  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1706  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30.37 
 
 
431 aa  219  1e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3025  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.02 
 
 
437 aa  216  7e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2542  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  34.03 
 
 
446 aa  216  8e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2513  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  35.35 
 
 
420 aa  216  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0970  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.63 
 
 
505 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.995954  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2544  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  33.25 
 
 
437 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.110449  normal  0.225812 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3383  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  34.1 
 
 
435 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0649  HlyD family secretion protein  32.55 
 
 
506 aa  212  1e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02273  HlyD family secretion protein  32.21 
 
 
436 aa  212  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0743  metalloprotease secretion protein  32.06 
 
 
389 aa  211  3e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.554659  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3886  putative RTX secretion protein D  32.87 
 
 
447 aa  210  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.652406  normal  0.810853 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2862  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.88 
 
 
455 aa  206  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6291  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.92 
 
 
442 aa  206  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.702424  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1562  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  32.09 
 
 
440 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2740  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.33 
 
 
448 aa  205  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2967  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  33.33 
 
 
448 aa  205  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.34356  normal  0.656863 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0246  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31.26 
 
 
480 aa  205  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.777594  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3973  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.78 
 
 
479 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0275  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31.46 
 
 
481 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4391  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.78 
 
 
438 aa  200  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.687432 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0114  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.54 
 
 
433 aa  199  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0685446  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0801  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  33.25 
 
 
440 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2552  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.4 
 
 
433 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.768701  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0893  RTX secretion protein D  31.4 
 
 
433 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276128  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2977  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.27 
 
 
435 aa  196  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7140  HlyD family secretion protein  31.02 
 
 
446 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.706887  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3225  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  29.78 
 
 
435 aa  193  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1509  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.4 
 
 
471 aa  192  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3318  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.01 
 
 
447 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1563  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30.62 
 
 
451 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.838754  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2204  secretion protein HlyD family protein  30.5 
 
 
392 aa  188  2e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2037  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.01 
 
 
477 aa  187  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0566594 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1275  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.44 
 
 
460 aa  187  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0751929 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2495  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.54 
 
 
436 aa  186  5e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.848242  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3587  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.42 
 
 
408 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.50636  normal  0.508963 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0617  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.71 
 
 
432 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.290614  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8003  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  31.09 
 
 
460 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0963  type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.15 
 
 
447 aa  182  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0271  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.99 
 
 
457 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0681  metalloprotease secretion protein  30.07 
 
 
393 aa  181  2e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123046  normal  0.158856 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4813  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.39 
 
 
456 aa  181  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.474577  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0794  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.92 
 
 
433 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2600  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.55 
 
 
444 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2949  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.69 
 
 
447 aa  179  5.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4324  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.64 
 
 
449 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4006  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.34 
 
 
471 aa  179  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5906  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32 
 
 
454 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.418691  hitchhiker  0.00374749 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3436  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.68 
 
 
471 aa  177  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3834  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.74 
 
 
439 aa  176  5e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0519478  normal  0.0754142 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1162  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  30.28 
 
 
460 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.793756 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1322  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  30.28 
 
 
458 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2478  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  30.36 
 
 
440 aa  175  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0599642 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1113  ABC transporter membrane spanning protein (bacteriocin)  30.5 
 
 
462 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0138  type I secretion membrane fusion protein  30.35 
 
 
435 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0939  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.73 
 
 
494 aa  173  5.999999999999999e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4712  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.13 
 
 
473 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.531002  normal  0.0413693 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3995  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.92 
 
 
449 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0434  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  29.58 
 
 
435 aa  172  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001279  membrane-fusion protein  28.06 
 
 
446 aa  170  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0064  putative type I secretion protein, HlyD family  26.32 
 
 
429 aa  164  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5957  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  28.18 
 
 
445 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05157  hypothetical protein  27.34 
 
 
446 aa  161  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4335  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.67 
 
 
443 aa  159  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526899  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1760  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.37 
 
 
453 aa  158  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0245  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.43 
 
 
446 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>